На рубеже 20-30 годов XX века усилилась тенденция к становлению командно-административной модели управления всеми сферами общественной жизни. В таможенном деле это проявилось в принятии нового (четвертого) советского таможенного тарифа 1930 года. В нем было проведено резкое сокращение товарной номенклатуры – по сравнению с таможенным тарифом 1927 года число статей уменьшилось вдвое. Кроме того, осуществлялся переход на метод ценовых пошлин, при котором пошлина стала взиматься в виде определенного процента с фиксированной государственной цены товара.

Наметившаяся тенденция снижения роли таможенного дела во внешнеторговом обороте окончательно закрепилась в 30-е годы. В 1932-1934 годах был детально регламентирован ускоренный пропуск через границу грузов обобществленного сектора и порядок централизованного осуществления расчетов по таможенным пошлинам за эти грузы. Ликвидировались таможенные склады для временного хранения экспортных и импортных грузов. Уменьшилась численность таможенных служащих.

В 1935-1938 годах были разработаны и введены в действие инструкции по осуществлению контрольно-инспекторских функций в отношении транспортировки экспортно-импортных грузов. Система управления таможенным делом последовательно упрощалась.

Сложившаяся к концу 30-х годов структура таможенных органов с незначительными изменениями просуществовала до середины 80-х годов.

Великая Отечественная война застала таможенников на их постах. Как и пограничники, они с оружием в руках встретили фашистских оккупантов на западных рубежах страны. Многие из них погибли. С началом Великой Отечественной войны по таможенной службе СССР был нанесен тяжелый удар. 24 таможни, расположенные на западных границах, оказались захваченными гитлеровцами. Здания таможен в большинстве своем были разрушены. В боях погибли многие таможенники. Наиболее пострадали Таллинская, Рижская, Феодосийская, Туапсинская, Одесская таможни. Всего же ущерб, нанесенный таможенной системе в годы войны, составил 8642878 руб. С началом войны в ряды Красной армии, ополчение и партизанское движение ушло 9/10 личного состава таможен. На 1 сентября 1941 года на 37 таможнях и таможенных постах осталось 318 человек (по штату 550). Управление состояло из 37 человек. На многих таможнях оставалось по нескольку таможенников. Лишь в Ленинградской, Московской, Архангельской, Бакинской и Владивостокской таможнях насчитывалось от 10 до 18 человек.

Во время войны на таможни были возложены обязанности по пропуску грузов, поступающих по ленд-лизу (ленд-лиз (англ. Lend-lease) – система передачи США взаймы или в аренду вооружения, боеприпасов, продовольствия, сырья союзникам по антигитлеровской коалиции в период Второй мировой войны) и по линии Международного Красного Креста. И если в первый год войны эти грузы поступали в небольших количествах, то в 1945 году они шли массовым потоком, что создавало дополнительную нагрузку для личного состава таможен.

Основное количество грузов проследовало через Архангельскую, Мурманскую, Владивостокскую, Бакинскую, Джульфинскую, Гауданскую таможни, Красноводский таможенный пост.

В 1942 году пересекли границу и прошли через таможни страны в обе стороны 205 914 человек, в 1943 г. – 93 563 человека. Из них прибыло из-за границы 51 053 пассажира, выехало за границу 42 510 человек, в упрощенном порядке через границу проследовало 463 338 человек. Досмотрено судов – 3665, самолетов – 1386, автомашин – более 121 тыс., паровозов – 3133, вагонов – 71 391, вьючных животных – более 19 тыс., повозок – 5686, дрезин – 942.

Правовое регулирование таможенного контроля осуществлялось на основе следующих документов: 6 апреля 1943 года вышла Инструкция НКВТ СССР «О порядке расчетов за получаемые в США капитанами советских судов предметы спецснабжения» и дополнительная Инструкция №40103/01 от 18 октября 1943 года «О порядке оформления приобретенных в США советскими судами предметов техснабжения, продовольствия и бухгалтерских расчетов по этим приобретениям». В связи с поступлением благотворительных грузов приказами НКВТ № 49 и № 63 был установлен порядок их пропуска и таможенного досмотра.

На Охотско-Камчатском побережье для осуществления надзора за японскими рыболовецкими участками и для проведения оперативной работы на этом побережье было организовано 36 постов со штатом 38 человек. Но из них работало лишь 15 таможенных постов со штатом 16 человек. Всего в 1943 году на 15 таможенных постах было 196 заходов пароходов, из них 37 непосредственно из-за границы. Они доставили следующие грузы: рыболовецкие принадлежности, медикаменты, продовольствие, химикаты и др. Всего 62 989 т на сумму 8 171 090 руб. Вывезено рыбной продукции 48 472 т на сумму свыше 12,5 млн. руб.

В ряды Советской Армии с Охотско-Камчатского побережья ушло 130 таможенных служащих, а вновь было принято на работу 297 человек. Для обучения принятых на работу во всех крупных таможнях были организованы курсы. Было обучено 168 человек. Из вновь прибывших на руководящую работу выдвинуто 33 человека.

На 1 января 1944 года Главное таможенное управление состояло из 31 таможни, 56 таможенных постов, 23 сезонных таможенных постов.

Нагрузки на таможенников в 1944 году возросли. Было пропущено через границу 1 014 888 человек, из них в упрощенном порядке – 932 924, пассажиров – 81 964 человека и 650 735 мест багажа. Продолжало расти количество дипломатических грузов, поступающих из-за границы, условная пошлина за эти грузы составила 19 млн. руб. По-прежнему пропуск грузов иностранным посольствам, в первую очередь английскому и американскому, превышал установленные правительством лимиты в 20 раз. Общий товарооборот без вооружения составил 5 792 493 т на сумму 12 823 543 руб., а на содержание таможенной системы было выделено 7655,5 тыс. руб., в том числе на зарплату 6003 тыс. руб.

Вопросы о деятельности таможенной системы рассматривались на заседании Коллегии Наркомвнешторга 3 ноября 1944 года. Заслушав отчет начальника ГТУ
Г.И. Кузнецова, Коллегия признала работу ГТУ неудовлетворительной и освободила его от обязанностей начальника главка, как не справившегося с работой. Исполнение обязанностей было возложено на С.С. Дмитриева. Был также освобожден от своих обязанностей начальник Московской таможни Стрелков. Коллегия отметила, что в условиях войны вопрос о таможенной работе приобретает особое значение. С.С. Дмитриеву было поручено подготовить предложения о мероприятиях по подготовке кадров, о целесообразности восстановления деятельности таможенно-тарифного комитета, об усилении таможенного контроля за пропуском импортных и экспортных грузов в портах и на границе. В 1944 году было открыто 22 таможни, 5 таможенных постов, организовано 42 временных поста для пропуска переселенцев, благотворительных грузов и обслуживания рыболовецких промыслов и портов Крайнего Севера. В таможенную систему принято 337 человек, из них инвалидов Великой Отечественной войны – 180. Выбыло 123 человека. Некомплект штата составлял 350 человек.

1945 год был годом наибольшей активности в деятельности таможенной системы. На 1 января 1945 г. сеть таможенных органов значительно выросла и имела следующую структуру: ГТУ, отделение в Ашхабаде, 53 таможни и 34 таможенных поста, штат таможенного ведомства составил 1043 единицы.

В первой половине 1945 года усилился поток грузов за наступающими частями Красной армии, во второй – объем пассажирских перевозок и военной техники в связи с переброской военных частей на Дальний Восток и возвращением граждан СССР, угнанных в Германию. Через государственную границу проследовало 20 млн. советских граждан и иностранцев, из них по паспортам и визам 48 507 человек, в упрощенном порядке – 19 145 443 человека, поездов – 79 290, судов – 11 120, самолетов – 11 720, автомашин – 1 981 279, вьючного транспорта – 278 053.

Постоянной заботой таможенников являлась борьба с попытками незаконного провоза товаров. Это требовало от таможенников высокого профессионализма и бдительности. Малочисленность личного состава, его необученность сказывались на качестве работы по борьбе с контрабандой. Если в 1942 г. было задержано контрабандных товаров на сумму 1 978 957 руб., то в 1943 году сумма контрабандных товаров составила 3 906 976 руб., т.е. 1943 год характеризуется значительным увеличением суммы контрабанды. Она была задержана в основном у пассажиров железнодорожного и морского транспорта и моряков. Особенность контрабанды в 1944 году состояла в том, что ее провоз был связан с применением ухищренных способов сокрытия, с использованием служебного положения должностными лицами под прикрытием документов, содержащих указание о секретном характере грузов, провоз в упаковке, опечатанной гербовыми сургучными печатями, под видом репарационного и возвратного груза и трофейного имущества. Кроме того, был отмечен рост контрабанды, имеющей товарный характер: табак, спички, питьевая сода, черный перец, краски для тканей и пр.

Следует отметить, что на долю таможен приходилось 4204 задержания, или свыше 70 %, из них 85 % при ввозе и
15 % при вывозе. Задержание при вывозе в 1944 году уменьшилось по сравнению с предыдущим в 2,5 раза. По товарным группам сокращение задержания при вывозе относится к иностранной валюте и изделиям из цветных металлов и драгоценных камней. При ввозе, наоборот, возросло задержание таких товаров, как ткани, на 245 %, кожа – на 198 %, часы – на 537 %. Таможенниками были вскрыты в портах и на границе 1570 случаев хищения, 1740 порто-грузов, 233 случая утопления грузов при выгрузке и погрузке, 832 недостачи, 11 простоев судов, 1983 других дефекта. За год рассмотрено в судебном порядке 121 дело о контрабанде. По данным НКФ СССР, к 1944 г. поступило в доход государства по разделу «таможенные сборы» 3 182 556 252 руб.

Номенклатура задержанной контрабанды в 1945 году выглядела следующим образом: шелк, кремни для зажигалок, швейные иглы, драгоценности, валюта и валютные ценности, золото, серебро.

Таким образом, война наложила особый отпечаток на деятельность таможенных органов. Она вскрыла недостатки в подготовке кадров и потребовала принятия экстренных мер по перестройке всей деятельности таможенного ведомства.