К началу нового времени среди эфиопского духовенства сложилось два основных лагеря: шоанский — тоуахдо (умеренное монофизитство, близкое к православию) и годжамско-тигрейский — кыбат (строгое монофизитство) с центром в Дэбрэ-Уорк. После расправы с католиками при Фасиледэсе борьба между ними стала центральным содержанием внутренней политики; она велась на периодически созывавшихся церковных соборах и при дворе и время от времени приводила к восстаниям и свержению императора, поддерживавшего тот или иной толк.

В XVII в., уже начиная с Яыкоба, эфиопские императоры жили главным образом в Дэмбии, а Фасиледэс построил себе прекрасную резиденцию в Гондэре. Таким образом, центр тяжести сместился на север из Шоа, которое мало-помалу превращалось в анклав эфиосемитского (амхара и аргобба) христианского населения в окружении племен оромо. Здесь ещё во время войны с Ахмедом Левшой обосновался сын Либнэ-Дынгыля — Яыкоб; от его сына Сыгыуо-Каля вели происхождение удельные князья Шоа вплоть до XX в.; представителем этой линии был Менелик II.

Сын Фасиледэса — Иоанн, или Йоханныс I (1667—1682) издал в 1668 г. указ, запрещавший мусульманам владеть землей и жить в одних селениях и кварталах городов с христианами. Но этот указ соблюдался не везде, и через десять лет потребовалось его подтвердить. Такие же стеснения были установлены и для фалаша. На соборе 1681 г. была объявлена анафема последователям кыбат, позднее она повторялась несколько раз. Первые четыре гондэрских императора — Фасиледэс, Йоханныс I, Иясу I и Тэкле-Хайманот были приверженцами тоуахдо.

Сын Йоханныса I — Иясу I Великий (точнее, Старший), правивший в 1682—1706 гг., был последним из эфиопских императоров, пытавшихся централизовать и реформировать управление. Сместив наместников основных областей и высших церковных сановников и назначив на их место новых, он затем реорганизовал постоянно действующий совещательный орган — мыкыр-бет, или совет вельмож. Новый порядок выступлений на этом совете (по традиции все вельможи должны были выступать «по местам», от наименее важного к самым главным, император брал слово последним) уменьшил значение князей церкви в пользу правителя Тигре (Тигре-мэконнын) и наместника Сымена. Иясу I попытался упорядочить сбор торговых пошлин, преследуя интересы казны и купцов. Организацию торгового дела он поручил двум «начальникам купцов» (нэггадерас): армянину и египтянину. Было заключено торговое соглашение также с турецким наибом, правившим в Массауа и Аркико (турецкая колония Хабэш). Для укрепления своей власти Иясу I предпринял походы в Сымен и Тигре, вновь подчинил эритрейские области (Кэрэн, Хабаб и др.); он также совершил два похода в Шоа. Женившись на дочери правителя Хамасена, он ещё больше привязал тыграйских феодалов к своему режиму. Главной проблемой оставались набеги галла; Иясу много раз отражал их, в 1699 г. в бою с императором погиб вождь галла — Диламо. Иясу I все же достаточно твердо господствовал над своей империей, постепенно возвратил былое благосостояние, и в 1-й половине XVIII в. Эфиопия ещё раз пережила расцвет.

Иясу I отрекся, узнав о мятеже сына, Тэкле-Хайманота I (1706—1708) и удалился на один из островов на озере Тана; узнав, что Тэкле-Хайманот принял кыбат, Иясу предал его анафеме, но был убит по приказу сына (1706 г.) Собор 1707 г. вновь отверг кыбат; Тэкле-Хайманот разбил противников при Йибаба на южном берегу озера Тана, но в 1708 г. при таинственных обстоятельствах погиб во время охоты на буйволов. Его преемником стал брат Иясу I — Теуофлос (Теофил) (1708—1711), которого возвел бэджыронд (казначей-ключник) Йостос, получивший в награду звание раса. Теуофлос объявил кыбат официальным вероисповеданием. В 1711 г. Йостос (Юст), не принадлежавший к соломонидам, сам захватил престол; он проводил время в удовольствиях, пока в 1715 г. не был удушен или отравлен сыном Иясу I — Давидом III (1715—1721). И Йостос, и Давид поддерживали кыбат, а Давид в 1720 г. учинил кровавую расправу над монахами — сторонниками тоуахдо. В ответ правитель Шоа — Абийе — отказался платить дань и повиноваться императору. С этого времени Шоа становится фактически независимым княжеством.

Энергичный император Бэкаффа (1721—1730), брат Давида III, был последним самостоятельным из гондэрских императоров, но период его правления был заполнен заговорами вельмож, покушениями на жизнь монарха, мятежами, попытками посадить на престол претендентов, частой сменой придворных сановников и военачальников. При нём, однако, ещё сохранялось экономическое процветание, Бэкаффа выписывал из Европы ремесленников, его жена Мынтыуаб сочетала красоту с дипломатическим талантом и любовью к литературе и искусству. Она же фактически правила при сыне Бэкаффы — Иясу II (1730—1755), раздав высшие посты в государстве своим родным и двоюродным братьям из народа куара. Вожди куара и оромо все больше влияли на политику гондэрского двора. При Иясу II был расцвет духовной жизни, официальным указом были созданы условия для того, чтобы каждый желающий учиться мог быстро продвинуться по служебной лестнице.

Семейные конфликты привели в 1755 г. к отравлению Иясу II (сестрой его двоюродного брата, утопленного императором за связь с Мынтыуаб). В 1756—1771 гг. сильнейшим человеком в Эфиопии был наместник Тигре, рас Микаэль Сыуль, опытный политик и прекрасный военачальник; он фактически отнял власть у императора Ийоаса (1755—1769) и боролся с соперничающими феодалами из племен куара и оромо. Когда в 1769 г. поднял мятеж губернатор Дамота, Фасиль, император Йиоас не пошёл на него вместе с расом Микаэлем; тот разгромил мятежника, но во время боя люди императора пытались убить Микаэля. Последний созвал совет всех сановников, на котором рассказал о происшедшем; императора приговорили к удушению муслиновой шалью. Микаэль отправил в монастырь императрицу Мынтыуаб, надеявшуюся сохранить долю власти, возвел брата Бэкаффы — Йоханныса II; это был 70-летний старец, который всю жизнь провел в диспутах в Уохни-Амба (горная крепость, подобная Амба-Гышен, где теперь содержались члены императорской семьи вместо прежней резиденции). Йоханныс II был возведен против своей воли и даже публично демонстрировал своё нежелание править. В декабре 1769 г. он был отравлен, а возведен его 15-летний сын Тэкле-Хайманот II. 1769 год традиционно считается датой окончательного распада Эфиопии на удельные княжества.

Тэкле-Хайманот II горячо поддерживал объединительные планы раса Микаэля, но тот стал жестоким, видя, что его усилия по укреплению центральной власти не приносят плодов; это оттолкнуло многих. В 1770 г. рас Гошу из Амхара и дэджазмач (командир передового полка) Уонд из Ласты выдвинули внука Иясу II — Сусныйоса; но их разгромила 40-тыс. армия Тэкле-Хайманота и раса Микаэля, они заняли Гондэр и потопили восстание в крови. В 1771 г. поднялся новый мятеж в Бэгемдыре, инсургенты осадили Гондэр и к югу от столицы, около Сыбэркуаза, меньшая по численности армия Микаэля отступила; он сдался в плен и, видимо, был убит, а править от имени императора стали Уонд и Гошу. Через несколько лет Тэкле-Хайманот попытался захватить власть, Гошу был арестован, но Уонд с войском освободил его, Тэкле-Хайманот был сослан в Уальдыбба, где умер через несколько месяцев (1777 г.) После недолгого правления марионеточного императора Сэломона II (1777—1779), сына Давида III, престол занял брат Тэкле-Хайманота II — Тэкле-Гийоргис I (1779—1784), он безуспешно пытался приостановить рост феодальной раздробленности, опираясь на расов Дамота и Тигре; его называют «последним императором». Однако все феодалы правили уже независимо, забирали себе собранные налоги, казна императора была пуста, в 1784 г. он вынужден был отречься от престола.

В этот период в Эфиопии выделяются четыре крупных региона, в каждом из которых утверждается местная династия. Первой стала область Шоа, где в отличие от столицы представители Соломоновой династии сохранили реальную власть; здесь правил Асфа-Уосэн (1775—1808). Вторым центром силы стала провинция Тигре вместе с Сыменом; здесь распространилась особая разновидность толка кыбат, ставшая идеологическим знаменем тыграйского сепаратизма, вообще же борьба кыбат и тоуахдо потеряла остроту после распада империи. Третьим центром стала провинция Годжам, где местные амхарские феодалы (в конце XVIII в. рас Хайлю и его сын рас Мэрыд, в первой половине XIX в. дэджачи Зоуде, его сын Гошу и внук Бырру) претендовали на независимость. Наконец, в самой столице в 1784 г. власть захватил рас Али Великий (Большой), сын крещеного вождя йеджу-оромо Гуангуля и дочери правителя области Ласта; он выводил свою родословную от арабского шейха Умара. В течение почти 70 лет представители рода Серу-Гуангуль правили Гондэром и значительной частью Эфиопии, опираясь на отряды оромо и агау. Власть императоров стала чисто номинальной, однако борьба за трон не прекратилась, а усилилась.

Против Иясу III (1784—1788) выступил рас Гэбрэ-Мэскэль, который выдвинул Бэыдэ-Марьяма, другие феодальные клики выставили своих претендентов, и в 1788 г. их оказалось четыре: Иясу III, Бэыдэ-Марьям, Тэкле-Хайманот и Тэкле-Гийоргис. В 1788 г. Али Великий умер; два года царствовал император Бэыдэ-Марьям (1788—1789), одновременно был провозглашен императором Хызкияс, а в 1789 г. — снова Тэкле-Гийоргис I (1789—1794). Преемник Али Великого, его брат Алигаз (1788—1793) воевал с коалицией феодалов, не желавших допустить господства йеджу-оромо. После него в Гондэре правили два дяди Али Великого — Асрат (1793—1795) и Уольдэ-Гэбрыэль (1795—1799), при них воцарился полный хаос и упадок. Императорский титул в эти годы носили Тэкле-Гийоргис I (1789-94, 1794-95, 1795-96, 1798-99, 1800), Хызкияс (1794), Быэдэ-Марьям II (1795), Сэломон III (1796—1797), Йиоас II (1797—1798), Сэломон IV (1799), Дэмэтриос (1799—1800 и 1800—1801). Наконец, на рубеже столетий рас Мэрыд из Годжама временно навел порядок, укротил феодалов, наказывая без различия знатности, ликвидировал шайки дезертиров-грабителей; крестьяне очень уважали его, но феодалы ненавидели. Мэрыд погиб в одной из войн, и борьба возобновилась.

В Гондэре в 1799—1825 гг. правил рас Гугса, который возвел императора Ыгуале-Цыйона (1801—1818), сына Хызкыяса. Его власть держалась на огромной по эфиопским масштабам армии (120 тыс. чел.) В 1805 г. он разгромил наголову раса Гэбре из Сымена, но остался ещё один сильный враг — старый правитель Тигре, рас Уольдэ-Сылласе. Лишь после его смерти (1816 г.) рас Гугса стал господином Эфиопии; он, как и его преемники, контролировал Бэгемдыр, Уолло, Дэланту, Агоу, Ласту и Йеджу, но не Тигре и не Шоа. Большой авторитет он завоевал своими попытками разрешить этнические и религиозные противоречия. Ставленниками Гугсы были также императоры Ийоас III (1818—1821) и Гигар (1821—1826, 1830).

Сын Гугсы, рас Йимам (1825—1827) правил от имени императора Быэдэ-Марьяма III (1826—1830). Брат Йимама — рас Марйе (1827—1831) после ряда походов подчинил Годжам и Сымен, но ему не повиновался дэджазмач Сэбагадис, владетель Агаме, мудрый правитель, добившийся хозяйственного процветания в своих владениях. В царствование императора Иясу IV (1830—1832), в январе 1831 г., рас Марйе и дэджазмач Уыбе из Сымена победили Сэбагадиса при Май-Ысламай, на р. Тэкэзе, но подошёл сын Сэбагадиса, дэджазмач Хагос, и в битве с ним Марйе погиб. Хагос тоже пал в сражении; выгоду из этих событий извлек Уыбе, который забрал себе всю добычу, а вскоре захватил Тигре и управлял этой важной провинцией в 1831—1855 гг.

Преемник Марйе — рас Дори — правил в 1831 г. лишь три месяца, его сменил Али Малый, племянник Гугсы, самый выдающийся правитель из рода Серу-Гуангуль. Он правил Эфиопией в 1831—1855 гг., его резиденцией стал Дэбрэ-Табор, его марионетками были императоры Гэбрэ-Крыстос (1832—1838), Сахле-Дынгыль (1838—1842 и 1851—1855) и Йоханныс III, сын Тэкле-Гийоргиса I (1842—1851). Али Малому пришлось мириться с фактической независимостью сильных магнатов — Гошу в Годжаме, Бырру в Дамоте и Уыбе в Тигре; независимым был и Сахле-Сылласе в Шоа (1813—1847): он добился большого экономического подъёма, покровительствовал искусству, в 1840 г. объявил государственной религией тоуахдо. Племена оромо отделяли Шоа от остальных провинций, но сами по себе они были раздроблены и большой опасности не представляли. Поэтому во время феодальных войн Шоа находилось в стороне от театра военных действий и оставалось самой процветающей частью империи.

К 1840-м гг. усилился рас Уыбе из Тигре, который был союзником турок и получил от них много огнестрельного оружия. В 1841 г. он решил захватить трон, в январе 1842 г. занял Дэбрэ-Табор и в феврале близ этого города разбил Али Малого. Но отважный полководец Али Малого — Алигаз — собрал остаток воинов и неожиданным нападением разгромил пирующих в городе победителей. Уыбе попал в плен, и ему пришлось подчиниться Али Малому.

В Эфиопии XIX в. сохранились и домашнее рабство, и пережитки родо-племенного строя. Крестьяне, сидевшие на земле феодалов и церкви, за пользование землей отбывали барщину, отдавали значительную часть урожая или поголовья скота (в скотоводческих районах). Наряду с этим существовали государственные налоги и различные повинности, в частности дырго (дурго), — обязанность крестьян кормить проезжающих знатных лиц, чиновников, проходящие войска, равно как и путешественников, снабженных соответствующим предписанием. Феодальная собственность на землю сосуществовала в отдельных районах со значительными остатками общинной, подчас родовой собственности. Труд рабов использовался главным образом в домашнем хозяйстве феодалов; небольшая часть рабов была посажена на землю.

Феодальная раздробленность Эфиопии в этот период была настолько велика, что сильнейшие княжества нередко называли «королевствами». Эфиопией уже начали интересоваться колониальные державы, прежде всего Англия и Франция; они заключали с правителями отдельных княжеств «договоры о дружбе», обещая им помощь в борьбе с соседями. Восстановление единства страны, создание сильного централизованного государства стало актуальной, но очень непростой задачей.