Початок українського Державного архіву (термін "державний архів України" запровадив відомий український історик Іван Крип'якевич) пов'язують із зародженням козацтва, формуванням Запорозької Січі, виникненням козацького управління. Історичні джерела XVI ст. засвідчують існування військового архіву у Трахтемирові Київського воєводства. Реєстрове козацтво зберігало у цьому місті свій арсенал, казну, королівські корогви, переховувало важливі документи – козацькі привілеї.

З утворенням козацько-гетьманської держави Богдана Хмельницького архів став державним. При гетьмані існувала Генеральна військова канцелярія, до якої надходили численні акти про внутрішнє самоврядування, дипломатичні стосунки з сусідніми країнами. Необхідність наведення різних довідок для гетьманського правління зумовила утворення архіву при Генеральній військовій канцелярії. Очолював архів і опікувався веденням діловодства генеральний військовий писар. Державний архів за Богдана Хмельницького розташовувався у гетьманській резиденції в Чигирині під наглядом генерального писаря Івана Виговського. Під час військових походів деякі документи перебували в похідному архіві в гетьманському таборі. В архіві при Генеральній військовій канцелярії відкладалися документи про стосунки гетьмана з місцевою адміністрацією – полковими і сотенними канцеляріями, привілеї, угоди, листування.

За умовами Березневих статей українсько-московської угоди 1654 р. гетьман був зобов'язаний надсилати найважливіші дипломатичні акти російському цареві. Оригінальні грамоти і листування гетьмана із сусідніми державами зосереджувалися відтоді в московських приказах. Поділ України на Лівобережну та Правобережну, політичні й воєнні події після Андрусівського перемир'я 1667 р. мали катастрофічні наслідки для українських архівів – вели до розпорошування державного архіву і значних втрат документів.

Відомо, що за гетьманування Івана Виговського важливі документи (королівські грамоти) було вивезено з Чигирина, їх переховували в Межигірському монастирі. Правобережний гетьман Павло Тетеря, залишаючи Україну 1665 р., забрав до Польщі привілеї Запорозького війська. З утворенням у Лівобережній Україні окремого гетьманства при гетьмані виникла генеральна канцелярія з архівом у гетьманській столиці. Столичним містом лівобережних гетьманів був Переяслав, згодом Гадяч і Батурин, де формувався архів. При гетьмані Іванові Самойловичу чигиринський гетьманський архів перевезли до Батурина. Внаслідок погрому Батурина московськими військами 1708 р. було зруйновано архів, ймовірно, він згорів разом з гетьманськими будинками. Уціліла лише невелика кількість документів, які вивіз гетьман Іван Мазепа. Гетьман Іван Скоропадський гетьманську столицю переніс до Глухова, куди було переміщено й архів.

У XVIII ст., крім канцелярії гетьманського уряду, існували інші вищі урядові інституції Гетьманщини – Генеральна скарбова канцелярія (генеральний підскарбій відав і архівом); генеральний суд, при якому було своє діловодство; та архів. При канцелярії генерального обозного, який відав артилерією, також формувався архів. 1722 р. наказом Петра І було запроваджено правління Малоросійської колегії, яка перебувала в Глухові й підпорядковувалася Сенатові. У результаті діяльності цих центральних установ відклалися величезні архівні фонди. У фонді канцелярії гетьмана Кирила Розумовського є документ 1763 року, який повідомляє про архів Генеральної канцелярії, зокрема про правила зберігання документів, їх облік, створення довідкового апарату. В документі є перше свідчення про затвердження генерального архіваріуса.

Друга Малоросійська колегія, відновлена указом Катерини II 1764 р., стала найвищим урядом Гетьманщини. Генеральну військову канцелярію було скасовано, а її архів перевезено до будинку Малоросійської колегії. Таким чином, до складу архіву Малоросійської колегії входили справи Генеральної військової канцелярії, яка функціонувала при українських гетьманах з середини XVII ст., і справи власне Малоросійської колегії, яка існувала в 1722–1727 рр. та в 1764–1786 рр. Архіви центральних установ Гетьманщини, з'єднані в "Генеральную Малороссийскую архиву", президент Малоросійської колегії граф Петро Рум'янцев упорядкував і організував охорону архівного майна. Важливим моментом в архівній справі було утворення окремої структури у складі Малоросійської колегії, яка відала архівним матеріалом, – "Генеральной Малороссийской архивы".

1764 року було скасовано гетьманське правління, а з поширенням на Україну "Учреждения о губерниях" (1781) і введенням намісницького правління ліквідовувались усі установи Гетьманщини. У 1782 р. було ліквідовано і Малоросійську колегію. Матеріали "Генеральной Малороссийской архивы", які стосувалися територій Київського, Чернігівського і Новгород-Сіверського новостворених намісництв передавалися до казенних палат трьох намісництв. Усі справи загального характеру з архіву Гетьманщини і за указом Сенату 1781 р. перевозилися до Чернігова. Пожежа 1784 р. в Глухові знищила значну частину архіву. Документи, які залишилися, 1786 р. частково було перевезено до Чернігова і розміщено в архіві намісництва (згодом – в архіві губернського правління). Багато справ відправили також до Києва та Новгород-Сіверська. Архівні документи Старої Гетьманщини поповнили приватні колекції відомих збирачів старожитностей Миколи Маркевича, Михайла Судієнка, Олександра Лазаревського, Олександра Кістяківського.

В Україні-Гетьманщині архіви формувалися і при місцевих органах влади – полкових і сотенних канцеляріях, органах міського самоврядування. Полкове діловодство зосереджувалося в полкових канцеляріях. Відав канцелярією полковий писар, який мав окремий штат службовців. У канцелярії було кілька відділень, які у XVIII ст. називали "столами", і полковий архів, де зберігалися оригінали документів. Справи з полкових канцелярій і архівів нерідко потрапляли до архіву Малоросійської колегії в Глухові.

Серед церковних архівів XVII–XVIII ст. найціннішими були монастирські фонди. Монастирі мали багаті бібліотеки, друкарні, скрипторії[4]. У монастирях документи (універсали гетьманів, жалувані грамоти російських царів, дарчі, купчі на землі і маєтки) ретельно зберігали як вагомі юридичні свідчення про надані права і привілеї. Великі за обсягом архівні фонди зосередилися у Києво-Печерській лаврі, Михайлівському Золотоверхому і Михайлівському Видубицькому. Монастирські архіви у XVIII ст. зазнали значних втрат внаслідок цілеспрямованого вилучення документів.

Піднесення політичного і культурного життя в Україні- Гетьманщині у другій половині ХVII–XVIII ст., прагнення козацько-старшинської верхівки закріпити за собою привілеї, права власності сприяли формуванню родинних (фамільних) архівів. Архівні зібрання найвпливовіших у Гетьманщині родин – Забіл, Кочубеїв, Маркевичів, Милорадовичів, Новицьких, Полуботків, Стороженків, Сулим охоплювали численні матеріали офіційних установ, документи на право власності та володіння, надання привілеїв (універсали, купчі, дарчі, духовні грамоти), офіційне і приватне листування, родовідні документи тощо. Фамільні архіви Гетьманщини розпорошувалися при неодноразових поділах майна між спадкоємцями, поповнювали приватні зібрання колекціонерів, псувалися від несприятливих умов зберігання.

Унікальним документальним комплексом 18 ст. був архів Коша Нової Запорозької Січі, матеріали якого охоплювали 1713–1776 рр. Архів Січі існував ще з 17 ст. Відомо, що Січова школа на Запоріжжі готувала канцеляристів, в обов'язки яких входило також зберігання документів. Під час руйнування Січі в 1709 р. Петром І зазнав розгрому й архів. Архів Нової Запорозької Січі сформувався в результаті діяльності військової канцелярії Коша, у якій було зосереджено його діловодство. Широкі взаємини Запорозької Січі з Росією, Кримом, Правобережною Україною, Гетьманщиною позначилися на особливостях архіву Коша. Велику частину архівних матеріалів становило зовнішнє листування з кримським ханом, султанами ногайських орд, польськими старостами, з гетьманами та Генеральною військовою канцелярією, з російською владою. В канцелярії Коша протягом року зосереджувалося від 10 до 12 тис. документів.

Діловодство військової канцелярії Запорозької Січі зазнало російського впливу, діловодні папери приводились у відповідність до вимог російських канцелярій. Документи в канцелярії систематизували, справам надавали діловодні заголовки, наприклад “Разные дела прежних годов”. Наприкінці року складали описи справ, які передавали до архіву. Щороку архів поповнювався майже 400 справами. За час існування канцелярії та архіву в ньому зосереджувалося до 15 тис. справ. Архів Коша було упорядковано, більшу частину справ зшито, складено опис (про існування опису свідчать номери на справах).