Решающим моментом в отношениях Малой Руси и России стало гетманство Ивана Мазепы. Он был пажом при дворе польского короля Яна Казимира, писарем в правительстве Петра Дорошенко, генеральным есаулом в правительстве И.Самойловича. В 1687 г., когда сместили И. Самойловича, его преемником избрали И. Мазепу. «Коломацкие статьи» в 1687 г. (договорные статьи между гетманом и московским правительством) декларативно подтверждали казаческие права и вольности, сохраняли 30-тысячное реестровое казаческое войско и компанейские полки. В то же внесены ряд статей, которые запрещали гетману без согласия российского царя освобождать казаческую старшину от занимаемых должностей, а старшине и казакам запрещалось без согласия царя переизбирать гетмана. Были внесены статьи, которыми обязали старшину следить за действиями гетмана и доносить об этом царю, ограничивали права гетмана по распоряжению землями Войска Запорожского, гетману запрещалось вести самостоятельную дипломатическую деятельность с другими государствами, запрещалось всем говорить о том, что Гетманщина — это «Малороссийский край гетманского регимента» и требовалось говорить «Их царского пресветлого величества самодержавной державы».

В начале XVIII в. царским правительством был установлен новый порядок избрания гетманского старшины: по представлению гетмана старшина назначался царским указом. В 1715 г. отменяется выборность полкового и сотенного старшин.

Малороссийская коллегия — учреждение Российской империи, образованное в 1722 году в Глухове вместо Малороссийского приказа. Была создана при Петре I. Она осуществляла управление Малой Русью вместо выборного гетмана. Подчинена была сенату, в составе которого тогда же была учреждена контора для малороссийских дел. Гетману и генеральной старшине предписано было никаких указов и универсалов по важным делам без подписи коллегии к полковникам не посылать. Коллегия была также апелляционной инстанцией по делам судебным. Образование Малороссийской коллегии мотивировано было жалобами малороссиян на местные власти и необходимостью принятия мер, дабы «малороссийский народ ни от кого как неправедными судами, так и от старшины налогами утесняем не был». Тщетно гетман Скоропадский представлял Петру Великому, что такое вторжение во внутреннее управление Малороссии противоречит договорам, утверждённым многими московскими государями; столь же напрасны были жалобы Полуботка.

Когда вступил в престол Петр II, решено было упразднить Малороссийскую коллегию и восстановить гетманское достоинство. Тогда же было запрещено великороссам покупать земли в Малороссии, «чтоб оттого малороссиянам не было учинено озлобления». Малороссийские дела были переданы из Сената в Иностранную коллегию. 22 июля 1727 г. был подписан указ о выборе гетмана и старшины, но в инструкции, данной посланному в Малороссию Наумову, говорилось, что гетманом непременно должен быть выбран Апостол.

В 1728 году, гетман поехал с Наумовым и старейшинами в Москву на коронацию. Апостол был милостиво принят Петром II и из Москвы привез Решительные пункты — статьи, утверждённые государем, по которым восстановлены прежнее выборное управление, свой суд, войсковой скарб, уничтожены подати, наложенные Малороссийскою коллегиею.

Правление гетманского правительства - орган власти, созданный правительством российской императрицы Анны Иоановны после смерти гетмана Данилы Апостола для управления Гетманщиной, который существовал с 1734 по 1750 год. Правление, на момент создания, состояло из трех представителей России и трех представителей Гетманщины. В своей деятельности Правление гетманского правительства руководствовалось Решительными пунктами. Также на политику этого органа влияли тайные инструкции, которые получали царские резиденты из Петербурга. В соответствии с ними необходимо было провести унификацию порядков Гетманщины с общероссийскими, а также способствовать интеграции казацкой старшины с российским дворянством. Правление гетманского правительства также утверждало кандидатуры на должности полковой старшины. При этом наметилась тенденция все чаще назначать на эти должности не представителей Гетманщины, а российских офицеров. Во время русско-турецкой войны 1735-1739 годов Гетманщина была тылом российской армии. На Правление гетманского правительства были возложены вопросы снабжения российской армии хлебом, конями, волами. В 1750 году Правление гетманского правительства было ликвидировано в связи с избранием гетманом Кирилла Розумовского.