Энергия, с которой корона вела борьбу против сил феодализации, вызвала реакцию со стороны крупных сеньоров вскоре после смерти Афонсу II (1223). Новый король, Саншу II, был еще ребенком; бароны захватили в свои руки власть и правили в обстановке внутренних смут. Политическая анархия отразилась в источниках: полное отсутствие письменного законодательства, документации королевской канцелярии, прекращение требования подтверждений и запросов, упоминание частых междоусобных войн.

Кортесы собирались за все царствование только один раз: в 1229 г. в Коимбре, и их созыв связан с вмешательством папского легата, приехавшего в Португалию с целью утихомирить конфликты и восстановить порядок. Из некоторых форалов явствует, что они были дарованы этим папским легатом.

Некоторые епископы, недовольные представители знати и населения городов подавали в Рим жалобы, в которых внутреннее положение в стране описано как господство абсолютной анархии и насилия. Вследствие этих жалоб папа Иннокентий IV лишил португальского монарха престола и передал его младшему брату короля, Афонсу, графу Болонскому[63], уже много лет проживавшему во Франции. Прежде чем отправиться в Португалию, Афонсу подписал в Париже в присутствии португальских епископов-эмигрантов документ, по которому обязывался не только уважать иммунитет церкви, но и сохранять за всеми общинами, селениями и рыцарями их обычные и писаные права и привилегии (bons costumes e foros escritos), существующие со времен его деда и прадеда.

Он высадился в Лиссабоне без всякого войска, но сразу же получил поддержку населения города. Саншу не подчинился решению папы и приготовился оказать вооруженное сопротивление. Борьба длилась два года; значительная часть знати поддерживала Саншу, но население городов встало на сторону Афонсу. Во многих случаях сами местные жители захватывали замки, изгоняя оттуда наместников низложенного короля.

В самом старом нарративном источнике об этих событиях — Хронике 1419 г. еще прослеживается характер этой гражданской войны, имевшей много общего с той, которая в конце следующего века приведет на трон Авишского магистра. «...Столь велика была радость людей, когда граф вступил в Португалию, ведь они ждали от него спасения от всех смут, в которые они были погружены, что многие из городов и местечек, которые там были, передавались ему по доброй воле». И в другом пассаже: «Король дон Саншу не был любим народом».

Драматические события гражданской войны породили отзвуки в литературе. Среди наиболее известных — легенда о коменданте Коимбры, который сдал городской замок только после того, как король Саншу умер, перед смертью вручив ему символические ключи. Это — образное выражение феодальной этики, которое можно сопоставить с многочисленными упоминаниями в народных песнях и родословных книгах бесчисленных измен комендантов замков. Другая интересная историческая традиция — та, что связывает с этой революцией полулегендарную-полуреальную фигуру брата Жила из Сантарена, который якобы находился в числе духовных лиц, вручивших Саншу буллу, лишавшую его престола. Согласно легенде, брат Жил, подписавший еще во Франции договор с дьяволом, позднее приобщился к лику святых. Святой для победившей партии, дьявол для побежденных.

Другим напоминанием о политическом кризисе тех лет служит перемена, сделанная в королевском флаге Португалии: герб с пятью щитами (quinas) был окружен алой полосой с изображением замков. Это было феодальное знамя, которое граф Болонский должен был использовать во Франции: щиты напоминали о португальском королевском происхождении, замки означали родство с королевой-регентшей Франции, Бланкой Кастильской. Этот феодальный штандарт, применявшийся во время гражданской войны для различения с людьми короля, становится в дальнейшем, после победы графа Болонского, государственным флагом.

Победа революции означала возврат к политической линии на союз между королем и народными массами в общей борьбе с растущим влиянием привилегированных слоев.

Спустя небольшое время после окончания войны Афонсу III созвал кортесы, из актов которых явствует присутствие представителей городов и местечек, то есть сельской и городской буржуазии, поддержавшей нового короля в гражданской войне. Открытое упоминание об этом относится к кортесам в Лейрии в 1254 г., но почти наверняка можно говорить об участии народных представителей уже в кортесах 1250 г. в Гимарайнше.

В 1258 г. был дан приказ о начале королевских расследований, итоги которых послужили основой для широкомасштабных мероприятий по реорганизации управления. Злоупотребления знати в отношении вилланов были пресечены, усилены гарантии муниципальных свобод. Хроника 1419 г. говорит: «...поддерживал [король] свое хозяйство в большом порядке, а королевство в великой справедливости и спокойствии. И поправил дела страны, которая была в большом ущербе со времен его брата, короля дона Саншу Капелу[64]».

Афонсу III умер в 1279 г., но политический курс не менялся и в первую половину царствования его преемника, Диниша I. Когда последний взошел на трон, ему пришлось столкнуться с оппозицией части знати, возглавленной братом короля, оспаривавшим у него власть. Но Диниш I всегда был достаточно силен, чтобы подавить выступления мятежных сеньоров (1281, 1287 и 1299), которые не встречали никакой поддержки населения. Наоборот, во время одного из их наступлений им пришлось столкнуться с противостоянием со стороны «коммун всей нашей земли»; это было сражение, получившее известность как «бой при Алфаятиш» в 1287 г.

Обстановка политического мира отразилась на общем развитии страны, в экономической сфере, в совершенствовании административного аппарата государства и в культурном прогрессе. Первая и вторая половины XIII в. очень разные по своим историческим характеристикам периоды. Первый — это время междоусобной борьбы и засилья знати, второй — фаза исключительного прогресса, отмеченная социальным и политическим равновесием.