Безусловно, разрешение униатского вопроса имело первостепенное значение для судьбы Православия на белорусских землях после присоединения их к Российской империи. По слову святителя Георгия Конисского († 1795) униаты, «вид униатской веры за принуждение на себе носившие, в самом существе точно в греко-восточном исповедании (православном) пребывали». Между тем, далеко не все униаты, составлявшие большинство населения Белоруссии, сами понимали к какому исповеданию христианской веры они вообще принадлежат. В крестьянской массе бытовали самые смутные представления о важнейших истинах учения о Боге – Святой Троице и о Христе – Спасителе. Конечно, отмечались известные церковные праздники и посты, по рукам ходили молитвенники как на церковнославянском, так и на польском языках, но само знание христианской веры было недостаточным для понимания конфессиональных различий. Крепостному крестьянину было доступнее представлять дело таким образом, что у пана есть «своя» вера – католическая («польская»), а у него, крестьянина, также «своя» – мужицкая, «хлопская» вера. Соответственно пан идет на службу в каменный костел, а его крепостной – в простую деревянную церквушку.

Российское правительство в первое время руководствовалось в религиозном отношении политикой уступок польскому дворянству на присоединенных территориях. Императрица Екатерина II писала в своем указе губернаторам после первого раздела Речи Посполитой в 1772 г.: «Весьма бы вредный для спокойствия и безопасности своих граждан был порок – запрещение или недозволение различных вер». В своей деятельности новые администраторы края должны были руководствоваться правилами «Православия, политики и здравого рассудка». Что касается правил политики, то ими руководствовались по-видимому гораздо больше, чем остальными. Пункт 5 мирного соглашения с Польшей после первого раздела гарантирует на присоединенных к России территориях сохранение своего положения «римским обоего звания католикам», т.е. католикам обряда латинского и униатского (греко-восточного). Не смотря на то, что в конце правления имп. Екатерины II († 1796) произошел значительный переход униатов в Православие, последние согласно императорской инструкции, могли быть причислены к католикам, что и исполнилось со всей определенностью при основании римско-католической коллегии с ее ведением униатских дел в 1798 г. Таким образом, разрешение униатского вопроса продлилось еще несколько десятков лет, когда сами видные представители молодого униатского духовенства увидели православную сущность своего исповедания и связали его будущую судьбу с возвращением в лоно Русской Церкви.

Все время от разделов Речи Посполитой до Полоцкого Собора 1839 г. Православие имело только декларативный вид «господствующего» исповедания. При своем вступлении на белорусскую кафедру в 1755 г. свт. Георгий Конисский нашел едва 130 православных приходов. В результате второго раздела в 1793 г. на присоединенных территориях была образована Минская епархия (до этого кафедра была в Слуцке), которая включала кроме значительной части Белоруссии еще и территории Украины. После третьего раздела и последующих административных гражданских и церковных межеваний размеры Минской епархии стали более отвечать местным условиям. Так в церковном отношении Белоруссия была разделена на две православные епархии: Могилевскую (собственно Белорусскую) и Минскую (Литовскую). Могилевская епархия имела меньшую территорию, но большее количество храмов. В обеих епархиях в нач. XIX в. насчитывалось немногим более 600 церквей (включая приходы бывших униатов). Для сравнения: в двух униатских епархиях (Полоцкой и Брестской) в то же время было свыше 1200 храмов. Три католических епархии на Беларуси (Могилевская, Минская и Виленская) имели 500 приходских храмов и почти такое же количество монастырей (на один монастырь приходилось иногда по 2-3 монаха).

В 1833 г. была восстановлена Полоцкая православная епархия, в состав которой вошли немногим более 80 церквей и монастырей. В последующие годы полоцкий епископ Смарагд (Крыжановский) удвоил количество храмов своей епархии за счет обращения униатов, однако эти частные обращения мешали делу общего воссоединения, которое готовили униатские епископы и, в частности, еп. Полоцкий Василий Лужинский. После совершившегося воссоединения была образована еще одна православная епархия – Виленская (в 1840 г.).

Большинство православных храмов были деревянными. Не только старые церкви, построенные еще во время Речи Посполитой, но и новые, построенные уже при российском правлении, были простыми церквушками. Часто можно было увидеть контрастное соседство великолепного каменного костела и такой деревянной церквушки. Эта картина служила наглядным выражением реального конфессиональной ситуации. Согласно 40 статьи Основного закона Российской империи, изданного в 1 томе свода законов 1832 г., Греко-Восточная Церковь объявлялась господствующей в государстве. Однако это положение не было таким уж чувствительным в западных губерниях. Для ремонта ветхого деревянного православного или униатского храма или постройки нового на месте сгоревшего от пожара необходимо было обращаться к местному пану. Однако пан был католиком по вере и поляком по культурному своему обличью. (Размеры конфискаций и раздачи имений в пользу русских помещиков до польского восстания 1831 г. были незначительными.) В деле строительства церквей для «схизматиков» паны не проявляли особого энтузиазма, а российская администрация не имела реальных средств для воздействия. Ей необходимо было делать напоминания панам о том, чтобы они не препятствовали различными работами собираться в храм на праздничные богослужения своим православным подданным, да еще быть настороже, чтобы предотвращать обращение православных в католичество, которое с успехом проводили иезуиты и базилиане в местностях с преобладающим католическим населением.

Преодоление бывшего разделения униатов и православных в западных губерниях России положило здесь начало новому периоду церковной истории. После времени упадка наступило время внутреннего сплочения и возрождения Православия на Беларуси.