Древние источники сообщают, что еще до 9-10 вв. в центрально-азиатском регионе расселялись монголы, татары и другие родственные им племена. В 1206 году на курултае монгольских феодалов их госу-дарство было провозглашено империей, главой государства бьш избран Темучин, который принял титул Чингиз-хан. Он сумел создать мощное и дисциплинированное войско, с помощью которого он покорил сосед­ние народы. Так в 1206-1207 г.г он покорил ряд тюркских монгольских племен в 1211-1218гг. -завоевал северный Китай в 1218-1220 гг. -Среднюю Азию, в 1219-1224 гг. совершил походы в северный и восточ­ный Иран, Афганистан, на земли Руси, вторгся в восточную Европу.

Кыргызы Енисея еще в 1207г покорились монголам, но в 1218г они начали антимонгольское восстание, сын Чынгыз-хана Джучи смог усмирить этот регион. Западные кыргызы в 1218 году перешли под власть монголов. В годы правления Чингиз-хана и его преемников боль­шие группы кыргызов перекочевали из Саяно-Алтая на Тенир-Тоо. По приказу Чингиз-хана покоренные народы должны были обязательно участвовать в военных походах .Походы монголов отличались жестокос­тью по отношению к покоряемому населению: наведение паники в рядах противника было традиционной тактикой завоевателей. Обык­новенным явлением были массовые казни. Завоевательные походы Чингиз-хана одна из самых трагических и мрачных страниц истории средних веков.

Не раз восставали кыргызы против гнета монголов. Последнее их столкновение началось в 1273 году. Воставшие кыргызы окружили резиденцию монгольского наместника, и он отступил. Это был труд­нейший период в истории кыргызского народа. Число кыргызов значительно сократилось, они лишились территорией проживания. Насильно переселенные в другие места кыргызы не смогли вернуться назад и позже ассимировались с монголами и китайцами. Насильственное переселение кыргызов с Енисея и Алтая в другие регионы продолжалось вплоть до 1389 года.

Государство Хайду.

К 1219 г. армия Чингиз-хана захватила всю Среднюю Азию, Афганистан и часть Ирана. Захваленные територии после смерти Чингиз -хана в 1227г. были разделены между его четырьмя сыновьями. Терри­тория современного Кыргызстана вошла в состав улуса Чагатая. Этот раздел земель положил начало развалу империи монголов. В своих владениях Чингизиды были полными хозяевами и не подчинялись хану в Монголии. Усиливаются сепаратистские тенденции в среде монголь­ских федалов. Этот сепаратизм имел последствием образование в 60-х годах 13века с центром в Тянь-Шане самостоятельного государства правителем которого стал Хайду-правнук Чингисхана. В 1269г курул­тай монгольских князей собравшися на р. Талас, объявил о своей поной независимости нового государства от Монголии. Государство Хайду занимало территорию от Алтая до Амударьи, включая Восточный Туркестан. Ставка Хайду располагалась в Чуйской долине. Хайду был выдающимся государственным деятелем и полководцем. Он предпринялряд существенных мер для укрепления экономического благосостояния государства, развития торговли - внутренней и внешней.

Проводились работы по восстановлению разрушенных монголь­скими завоевателями городов и сел. Возрождались ремесла. Была проведена денежная реформа; повсеместно вводились в обращение монеты из серебра. Было осуществлена и налоговая реформа, был введен строгий порядок налогообложения и сбора податей. Нарушителей законов подвергали суровому наказанию. Ряд законов регулировали отношения в землепользовании.

Стремясь сохранить достижения в экономическом развитии страны, Хайду избегал захватнических войн, заботясь только об обороне своих владений.

В 1293 году Хайду послал на помощь кыргызам, восставшим против монгольского господства, свои войска но не смог предотвратить гибель государства Кыргыз. Но он сумел защитить от репрессий кыргыз-ов, которые находились в его владениях на Алтае и в ВосточномТянь-Шане. Смерть Хайду в 1301 году привела к длительной борьбе Чингизидов за власть, которая вновь привела к разорению городов Кыргызстана.

Государство Моголистан.

В середине 14 в на востоке Средней Азии образовалось новое государство -Моголистан. Оно занимало территорию от озера Баркуль на востоке до Сырдарьи на западе. Северной его границей было оз.Балхаш, а на юге-восточный Туркестан включительно. Ведущую роль в политической жизни Моголистана играли крупные федалы племени дуглат. Они занимали обширную область, включавшую в себя территории Восточного Туркестана, часть Ферганы, Алай, Центральный Тянь-Шань до озера Иссык-Куль. Эти земли принадлежели старшему феодалу из племени дуглат эмиру Пуладчи. Он сделал в 1348 г. ханом Моголистана Тоглук-Тимура. Тоглук-Тимур стал первым ханом Моголистана. В 1354 году он принял ислам, обьявив его официальной религией государства, силой принуждал население принимать новую религию. В 1360-1361 году-Тоглук Тимур совершил 2 похода на Мавераннахр, не встретив серьзного сопротивления. В в ответ на бесчиноства могольских эмиров в стране начались народные восстания. В1364 году Тоглук-Тимур умер, ханом стал его сын Ильяс-Кожо, который продолжил завоевательную политику своего отца и пытался завоевать^ Мавереннахр. В1365 году он разбил войска Маверан-нахра.Войска, возглавляемые Амир-Темиром, обратились в бегство. Моголы подошли к Самарканду и взяли его в окружение. Предводители войск Мавераннахра - Эмиры темир и Хусейн бежали, бросив город на произвол судьбы. Оборону Самарканда взяли в свои руки жители столицы. Потеряв большую часть войск, Ильяс-Кожо был вынужден увести свою армию обратно в Моголистан.

Бесславное возвращение Илияс-Кожо вызвало недовольство среди феодальной знати Моголистана. По приказу Эмира Камар-ад-Дина Ильяс-Кожо был казнен. Между феодалами Моголистана начались междоусобные распри, ослабившие государство.