Налоговый, социальный гнет местного населения, усугубляемый национальным неравенством, не мог не привести к проявлениям недовольства со стороны местного населения. В 1898 году вспыхнуло Андижанское восстание, которое вошло в историю как одно из самых крупных народных движений конца 19 в. в Средней Азии. В восстании приняли участие представители кыргызской, узбекской, таджикской национальностей, различные слои населения. Восстание было возглавлено служителями религии. Все участники восстания при­числяли себя к мусульманам. Восстание было направлено на защиту интересов и чаяний основной массы населения и носило национально-освободительный характер.

Как было отмечено, восстание вспыхнуло в мае 1898 г., когда в кишлаке Таджик (Мин-Добе) собрались около 200 узбеков и кыргызов. Возглавил их ишан этого селения Мадали Дукчи (ийикчи - веретенщик). Идейным руководителем движения был Зиядин Максым уулу (Зияутдин Магзуми).

Восставшие двинулись к Андижану, по пути к ним присоединялись жители других кишлаков. Они вошли в Андижан и напали на солдат 20-го Туркестанского линейного батальона. Однако силы были неравны. Восставшие были вооружены палками и серпами по сравнению с хорошо подготовленными и оснащенными хорошим оружием русскими войсками. В селе Чарбак, расположенном в 90 верстах от Андижана, Мадали был взят в плен и повешен.

Но восстание продолжало распространяться по Ферганской долине. Начал сплачиваться народ и в Кетмен-Тюбе. Возглавил их Шадыбек Шергазы уулу, однако повстанцы во главе с предводителем были схвачены. Шадыбеку грозила смертная казнь, замененная позднее пожизненной каторгой. 54 человека были высланы в Сибирь на 7 лет. Среди них оказался и схваченный по доносу недругов акын Т.Сатылганов.

Таким образом, восстание, не имея опытного предводителя и разобщенное на мелкие группы, быстро было подавлено. Всего были арестованы 777 человек, 415 привлечены к судебной ответственности, 18 человек повешены, 322 приговоренным к смертной казни заменили длительными сроками каторги.

Однако, несмотря на поражение, это восстание было первым проявлением народной борьбы против колониальной политики царизма. Это была борьба за независимость.                                                                  

Усиление налогового пресса,русификация Туркестана, как основа колониально-националистической политики и массовое переселение крестьян из России, а также усиление произвола при их расселении послужили причинами и народного восстания 1916 года. Так, если в 1916 г. русским, составлявшим 6% населения Туркестана, были выделены 57,7 % пригодных для возделывания земель, то местному населению, составлявшему 94% всех жителей, были оставлены лишь 42,3% земель.

В условиях военного времени (как известно, в 1914 году началась первая мировая война), положение народных масс особенно ухуд­шилось, что и привело к восстанию 1916 г. Социальный состав его участников был широк. Кроме простого люда в нем участвовали и представители бай-манапской верхушки и мусульманского духовенства, то есть восстание было общенародным. Кроме того, в восстании участвовали и представители многих национальных меньшинств Кыргызстана.

Поводом к восстанию явился царский указ от 25 июня 1916 г. о мобилизации мужчин из местного населения призывных возрастов (от 19 до 43 лет) на военно-тыловые работы. Однако исторические корни восстания были более глубоки.

Началом восстания на всей территории Средней Азии и Казахстана послужили волнения жителей Ходжента в Самаркандской области 4 июля 1916 г., решительно отказавшихся выполнять царский указ о мобилизации. Глухое недовольство, зревшее в народных массах в соседних районах, прорвалось открытыми выступлениями горожан -коренных жителей края в уездных и областных городах Ферганской области, в том числе в Оше, в краевом центре - Ташкенте в конце первой и начале второй декады июля. Все они были жестоко подавлены. С 10 июля до конца месяца выступали кыргызские и узбекские дехкане в южной части Кыргызстана. Волнения в Ошском и соседних с ним уездах Ферганской области (Андижанском, Наманганском и Кокандском) были быстро подавлены. В Туркестане было введено военное положение. Вскоре движение распространилось и на долины Кетмен-Тобе, Чаткала, Тогуз-Торо, в Ошский уезд и другие территории юга Кыргызстана.

Но особой остротой характеризовалось восстание на севере Кыргызстана. Здесь происходили вооруженные столкновения с царскими войсками. Вместе с кыргызами в них участвовали и представители других национальностей. Одними из первых в северном Кыргызстане вооруженную борьбу начали кеминские кыргызы. Их предводителем стал Мокуш Шабдан уулу. В Пишпекском и Пржеваль­ском уездах волнения начались в конце первой декады августа. Они захватили и восточную («Кыргызскую») часть Аулие-Атинского уезда Сырдарьинской области. В Чуйской долине возмущения вспыхнули в начале августа в районе Беловодска, Пишпека и Токмака. 9 августа началось восстание на Суусамыре, в Кочкорке, Джумгале и других местностях Центрального Тянь-Шаня. 10-12 августа поднялись кыргызы Иссык-Кульской котловины. К концу августа правительственным

войскам удалось разгромить повстанцев в Пишпекском и Пржевальском уездах. Лишь в отдельных горных районах они продолжали сопротивление до сентября- октября.

Восстание 1916 года, охватившее весь Туркестан, не имело единого центра и общего руководства. Но в ходе его из народных масс выдвинулся целый ряд способных организаторов. Это Таласбай Алыбаев из Кызьш-Джарской волости Наманганского уезда, Алымкул Табалдин, Егемберди Сарыков, Ибраим Талаев из Бишкекского уезда, Чокубай Мондоев из Пржевальского уезда и др.

Восстание выделило также «главарей» из числа феодально-байской верхушки аила, претендовавшей на руководство в пределах «своих» волостей: это Сопубек Шаменов, Канат Абукин, и др. Некоторые из них остались верными восстанию до конца, разделив участь повстанцев, погибших в борьбе с карателями или репрес­сированных. Другие предали восставших, перейдя на сторону карателей, активно содействуя подавлению восстания. А большинство, боясь потерять власть и влияние на своих сородичей, бежало вместе с основной массой повстанцев в Китай.

Народно-освободительное в целом восстание 1916 г. сопровож­далось, однако, и рядом кровавых межнациональных столкновений, от которых пострадала часть переселенческого и коренного населения края.

Трагичными были по своим последствиям внезапные нападения восставших на переселенческие поселки в южной части Семиречья. Здесь, главным образом в Пишпекском и Пржевальском уездах, были разгромлены 94 переселенческих поселка. Столь же печальная участь постигла десятки русских селений по северному побережью оз.Иссык-Куль и отдельных - по южному, а также в Ат-Башинском и Нарынском участках Пржевальского уезда. В результате в Семиреченской области пострадали главным образом простые крестьяне-переселенцы, женщины, дети и старики (мужчины призывных возрастов были в армии), в то время как царская администрация во всем Семиречье понесла незначительные потери. Только в Пишпекском и Пржеваль­ском уездах го числа мирного населения было убито 2227, ранено 834, пропало без вести и взято в плен 1364 человека, имущественно пострадали 6024 семьи переселенцев. По счетам Туркестанских чиновников, коренное население Северного Кыргызстана после восстания 1916 г., уменьшилось на 42%. Почти 150 тыс.человек бежало в Китай, было убито или пропало без вести. Наряду с тяжелейшими последствиями кровавых событий 1916 г. во многих районах Туркестана в документах и памяти свидетелей восстания 1916 г. зафиксированы факты сочувствия и проявления добрососедства трудового люда. Так, отдельные рядовые общинники-кыргызы нередко тайно предупреждали своих соседей, знакомых и друзей из переселенцев о грозивших бедах, укрывали русских женщин и детей от расправы. А русские крестьяне, рискуя своей головой, спасали жизнь кыргызским семьям.

Таким образом, борьба кыргызского народа была жестоко подавлена. Но несмотря на это, восстание имело большое историческое значение. Местное население стало понимать, что только объединенными усилиями можно бороться с колониальным гнетом. Несмотря на поражение, восстание в значительное мере ослабило колониальный режим в Туркестане. Оно показало, что разрозненность выступлений, слабая вооруженность, отсутствие четких целей борьбы, отсутствие подлинно талантливых руководителей не могут привести к успеху. Но все же, независимо от итогов восстание послужило толчком к пробуждению национального самосознания.