Организационный фундамент системы таможенных органов России составляют таможни и таможенные посты. Именно они непосредственно решают основную часть задач в сфере таможенного дела. Таможня РФ входит в единую систему таможенных органов России и осуществляет свою деятельность под общим руководством ФТС России и непосредственным руководством РТУ, в состав которого она входит. В ряде случаев таможни подчиняются непосредственно ФТС России.

Таможни и их подразделения (таможенные посты, центры таможенного оформления и др.) создаются, как правило, по территориальному принципу и осуществляют свою деятельность на территории подведомственного региона. Территория подведомственного таможне региона определяется ФТС России с учетом мнения РТУ и может как совпадать, так и не совпадать с административными границами субъектов федерации, на территории которых они создаются. Так, например, юрисдикция Архангельской таможни распространяется на всю территорию Архангельской области, юрисдикция Ростовской таможни — далеко не на всю территорию Ростовской области, а вот Воронежская таможня обладает юрисдикцией на территории трех областей: Воронежской, Липецкой и Тамбовской. Следует также отметить, что в порядке, предусмотренном ФТС России, РТУ вправе изменять границы подведомственных регионов непосредственно подчиненных ему таможен.

Размещение таможен на территории страны связано как с маршрутами перемещения грузов, так и с концентрацией участников внешнеэкономической деятельности. Вплоть до начала 1990-х годов большинство таможен располагалось в приграничной зоне в районах транспортных узлов: портов, аэропортов и железнодорожных станций.

Либерализация внешнеэкономической деятельности обусловила необходимость реорганизации системы таможенных органов и создания большой сети так называемых «внутренних» таможен (таких как, например. Воронежская, Краснодарская, Новосибирская и др.). Необходимость их создания была вызвана тем, что приграничные таможни стали не в состоянии оперативно решать ряд таких важных вопросов, как, например, установление степени переработки товара, места его производства, проведение товароведческих экспертиз и т. д.

Деление таможен России на пограничные и внутренние соответствует мировой практике, способствует ускорению грузооборота через таможенную границу и делает таможенный контроль более эффективным. Таможенный пост РФ согласно действующему законодательству также входит в единую систему таможенных органов России, является первичным звеном этой системы и осуществляет свою деятельность под непосредственным руководством таможни. В ряде случаев таможенные посты могут быть подчинены РТУ либо напрямую ФТС России.

Таможенные посты могут различаться по своему юридическому статусу. В соответствии с законодательством решением ФТС России таможенному посту может быть предоставлен статус юридического лица. Таможенные посты, обладающие статусом юридического лица, наделены большими полномочиями по сравнению с таможенными постами, такового статуса не имеющими. Таможенные посты, не имеющие такого статуса обладают ограниченной правоспособностью. Так, например, в случае судебного обжалования действий или бездействия должностных лиц таможенного поста, — в качестве ответчика, как правило, выступает таможня, в состав которой входит данный таможенный пост.

Штатная численность таможенных постов определяется исходя из грузо- и пассажиропотока, проходящего через каждый конкретный таможенный пост и может колебаться от нескольких человек до ста и более.

Размещение таможенных постов также как и таможен строится по территориальному принципу: расположение таможенных постов непосредственно вблизи пунктов пропуска через таможенную границу сочетается с размещением их внутри таможенной территории страны на крупных промышленных объектах, занимающихся экспортно-импортными операциями, а также местах сосредоточения участников внешнеэкономической деятельности.