Основным недостатком системы финансирования является дефицит бюджета, и вытекающие от сюда последствия. Основными из них являются частичное финансирование или отсутствие финансирования некоторых статей расходов предусмотренными сметами.

На протяжении 1994-1999 год в системе здравоохранения наблюдались процессы нестабильного финансирования. Крайне плохо были профинансированы статьи расходов (согласно экономической классификации расходов бюджета):

110300 “Приобретение предметов снабжения”;

110400 “Командировки и служебные разъезды”;

110500 “Оплата транспортных услуг”;

110600 “Оплата услуг связи”;

110700 “Оплата коммунальных услуг”;

Оплата труда работникам системы здравоохранения производится нерегулярно, с большими задержками.

Проект бюджета здравоохранения республики на 1998 год был рассчитан в сумме 455 млн. рублей, утвержден на 203.5 млн. рублей или на 44.6% от потребности. Фактическое финансирование составило 32% от потребности. Кроме того, из года в год в республике не выделялись средства на страхование неработающего населения, в том числе детей и беременных женщин.

С переходом на рыночную экономику наблюдается ускоренный рост цен на медицинскую помощь и на фоне недостаточного и неритмичного финансирования лечебных учреждений образовалась хроническая задолженность по разным статьям расходов.

Немаловажное значение сыграло в крайне недостаточном обеспечении медикаментами и питанием лечебных учреждений нецелевое использование бюджетных средств, направленных Минфином РТ на нужды здравоохранения, главами кожууных администраций. Так, например проверкой КРУ Минфина РТ выявлено, что только в 1998 году кожуунными администрациями не доведены до лечебных учреждений 3434 тысячи рублей, что составляет 1.68% от выделенных финансовых средств.

Несовершенство финансированирования здравоохранения, заключающееся в виде отпуска финансовых средств только на защищенные статьи расходов, вынуждало главных врачей идти на нецелевое использование бюджетных средств, как закупка ГСМ и командировочные расходы. Из-за отсутствия финансирование расходов на медикаменты, были приняты шаги по централизованному снабжению ЛПУ Республики Тыва медикаментами.

Принимаемые Правительством РТ нормативно- правовые акты в здравоохранении, в том числе Программы государственных гарантий обеспечения населения бесплатной медицинской помощью, фактически остаются невыполненными, из-за несовершенства финансирования здравоохранения и снижения контроля за использованием средств здравоохранения местными администрациями и главными врачами со стороны министерств финансов и здравоохранения РТ, отсутствия единой политики в организации лекарственного обеспечения между Минздравом и Государственным унитарным предприятием “Тывафармация”, неудовлетворительное состояние материально-технической базы лечебных учреждений. Более 2 лет задерживается решение вопроса по пересмотру и проведению индексации цен на медицинские услуги из-за отсутствия работы Правления Фонда обязательного медицинского страхования.

Разработанные Минздравом и принятые Правительством документы в части социальной защиты наиболее уязвимой категории населения - детей, беременных, кормящих матерей, туберкулезных больных, инвалидов - детей и взрослых, главами местных администраций не выполняются, также не осуществляется адресная медико-социальная помощь в части льготного обеспечения лекарственными средствами и изделиями медицинского назначения, обеспечение детей бесплатными молочными продуктами питания. Положение усугубляется нерешенностью вопросов их медицинского страхования. Отсутствует контроль со стороны местных администраций над выполнением мероприятий программы материнства и детства отделами по охране семьи, которые должны координировать работу между социальными и медицинскими работниками.

Немаловажную роль в оказании экстренной медицинской помощи населению играет неудовлетворительная телефонная связь и отсутствие санитарного транспорта с соответствующим медицинским оснащением.

Прогноз дальнейшего развития отмеченных негативных тенденций при отсутствии принятия срочных соответствующих мер может привести к краху государственной системы здравоохранения [14. с. 3]