В 1867 г. в ходе военно-судебной реформы в России введены новые принципы военного судоустройства и судопроизводства, обеспечивающих суд "скорый, правый и милостивый, равный для всех подданных". Для этих целей были созданы постоянные военные суды в соответствии с изменившейся структурой армии.

Организационно оформляется и военная прокуратура, её так называемая "вертикаль". Основным законом, установившим впервые в русской армии военно-прокурорский надзор и пост Главного военного прокурора, являлся Военно-судебный устав 1867 г., согласно которому предварительное следствие в войсках осуществляли военные следователи при содействии военного начальства и полиции и под наблюдением военных прокуроров.

Первым Главным военным прокурором 1 сентября 1867 г. Императором Александром II был назначен действительный тайный советник, генерал-аудитор Владимир Дмитриевич Философов.

С этой даты и ведёт свой отсчёт история военной прокуратуры, которая в следующем году будет отмечать своё 140-летие. Сложившаяся во второй половине XIX века система органов военной прокуратуры в дальнейшем совершенствовалась, в нее вносились определенные уточнения, и она устойчиво действовала в русской армии до 1917 г. Однако с падением самодержавия институт военной прокуратуры был ликвидирован.

На основании одного из первых советских законодательных актов, — Декрета "О суде" (1917 г.), — были упразднены "доныне существовавшие институты судебных следователей, прокурорского надзора". Этим же декретом были созданы новые, советские суды. В декабре 1921 года принято решение об учреждении в составе Народного комиссариата юстиции Государственной прокуратуры, а в ноябре 1922 года после проведения судебной реформы в целях осуществления надзора за соблюдением законов и в интересах правильной постановки борьбы с преступностью была учреждена Государственная военная прокуратура. В этот же период сформированы первые восемь военных прокуратур округов.

Суровым испытанием для нашей страны явилась Великая Отечественная война (1941-1945 гг.). С первых дней структура органов военной прокуратуры была приведена в соответствии с требованиями действующей армии. Офицеры военных прокуратур осуществляли свою деятельность в боевой обстановке, а при необходимости с оружием в руках сражались с врагом в боевых порядках. На протяжении всей войны военные прокуроры и следователи проявили себя истинными патриотами, высококлассными профессионалами и смелыми офицерами. На полях сражений погибли 278 офицеров военных прокуратур, за мужество и героизм более 1800 военных и следователей были награждены орденами и медалями, а одиннадцати офицерам присвоено высокое звание Героя Советского Союза.

К числу людей, внесших значительный вклад в развитие органов военной прокуратуры в послевоенный период, безусловно, относится генерал-полковник юстиции Артем Григорьевич Горный, который в 1957 году возглавил Главную военную прокуратуру и руководил ее коллективом на протяжении 29 лет (1957-1986 гг.).

С распадом СССР, в начале 90-х годов прошлого века, органы военной прокуратуры, как и вся страна, переживали непростые времена: трудности в экономике резко осложнили финансирование, вооруженные конфликты в различных регионах, лавинообразный всплеск преступности, многочисленные реорганизации вызвали отток кадров прокуроров и следователей, существенно затрудняли обеспечение законности и правопорядка в войсках.

Поворотным пунктом стало принятие Конституции Российской Федерации (1993 г.) в статье 129 которой закреплено понятие прокуратуры Российской Федерации как единой централизованной системы с подчинением нижестоящих прокуроров вышестоящим и Генеральному прокурору Российской Федерации.

Принятием в 1995 г. новой редакции Федерального закона "О прокуратуре Российской Федерации" завершается правовое оформление органов прокуратуры Российской Федерации. Отдельной главой Федерального закона "О прокуратуре Российской Федерации" закреплено правовое положение органов военной прокуратуры как самостоятельного структурного подразделения в составе прокуратуры России, возглавляемого заместителем Генерального прокурора Российской Федерации — Главным военным прокурором, структура органов военной прокуратуры, а также полномочий её должностных лиц.

В настоящее время в соответствии с военно-административным делением России в состав органов военной прокуратуры входят: Главная военная прокуратура, военные прокуратуры Ракетных войск стратегического назначения, Западного, Южного, Центрального и Восточного военных округов, Балтийского, Северного и Тихоокеанского флотов, Московская городская военная прокуратура, а также 151 военная прокуратура гарнизонов и объединений.