Вероломное нападение гитлеровской Германии на Советский Союз 22 июня 1941 г., о неизбежности которого внешняя разведка информировала Сталина, поставила перед разведкой госбезопасности необходимость коренной реорганизации работы. В предвоенный период, имея неопровержимые данные о подготовке Германии к войне с СССР, центральный аппарат разведки не сумел должным образом подготовиться к работе в условиях военного времени.Так, в частности, руководство внешней разведки планировало развернуть работу против Германии и ее сателлитов с территории Франции, Бельгии, Голландии и других сопредельных стран, которые были оккупированы гитлеровскими войсками. Разумеется, организовать такую работу не удалось.

Координационный совет по разведке, обеспечивавший взаимодействие всех разведслужб страны, на заседании 29 мая 1941 г. утвердил лишь инструкцию о взаимодействии в мирное время. Работу же органов безопасности в военное время было решено обсудить на следующем заседании.

В связи с тем, что внешней разведке не удалось наладить работу непосредственно в Германии и оккупированных ею странах, 18 июля 1941 г. ЦК ВКП(б) принимает постановление "Об организации борьбы в тылу германских войск". Перед внешней разведкой ставились следующие задачи:

- наладить работу по выявлению военно-политических планов Германии и ее союзников во время войны

- создать специальные отряды для ведения разведывательно-диверсионных операций,

- выявлять истинные планы и намерения США и Англии по вопросам ведения войны и послевоенного устройства,

- вести разведку нейтральных стран с тем, чтобы не допустить их перехода на сторону стран "оси",

- осуществлять научно-техническую разведку в целях укрепления военной и экономической мощи СССР.

Для решения поставленных задач были усилены разведывательные подразделения органов госбезопасности. Основным разведывательным подразделением стало Первое Управления НКГБ. В начале войны в нем было 10 отделов и две группы.

В годы Великой Отечественной войны внешнюю разведку органов госбезопасности бессменно возглавлял П.М. Фитин, которому впоследствии было присвоено звание генерал-лейтенанта.

Одновременно, наряду с 1-м управлением НКВД- КГБ СССР, занимавшимся ведением разведки на территории иностранных государств, было создано 4-е Управление НКВД. В его задачи, наряду с организацией партизанского движения на временно оккупированной территории Советского Союза, входило ведение разведки о военных планах гитлеровского командования на советско-германском фронте и ведение диверсионной работы.

Это управление возглавлял генерал-лейтенант П.А.Судоплатов. Для ведения разведывательно-диверсионной работы в тылу германской армии была создана Отдельная мотострелковая бригада особого назначения, которой командовал В.В. Гриднев.

Для ведения разведработы в тылу врага создавались специальные партизанские отряды и резидентуры в занятых врагом городах.

Великая Отечественная война стала серьезным испытанием для внешней разведки. В неимоверно сложных условиях, порой под бомбами, разведчики рисковали своей жизнью для того, чтобы добыть важную разведывательную информацию. Разведка информировала Сталина о планах германского командования под Сталинградом, на Курской дуге, о других замыслах германского вермахта. Тем самым она внесла свой вклад в победу нашего народа над самым опасным в истории человечества агрессора.

Важное место в ее деятельности в годы войны занимало выяснение подлинных планов союзников СССР по антигитлеровской коалиции в отношении сроков открытия "второго фронта", их позиции на совещаниях "Большой тройки".

Внешняя разведка получила и своевременно направила в Центр документальные данные о намерениях союзников в отношении послевоенного устройства в Европе.

Благодаря полученным разведчикам сведениям о сепаратных переговорах в Швейцарии руководителя резидентуры УСС (разведки) США А. Даллеса с нацистами, удалось сорвать планы отдельных главарей нацистского режима по внесению раскола в ряды антигитлеровской коалиции.

Роль внешней разведки в проникновении в тайны "Манхэттенского проекта" широко известна. Благодаря полученным ею в военные годы сведениям о разработке в США и Англии атомного оружия, нашей стране удалось в нелегкие послевоенные годы создать собственную бомбу и преодолеть монополию США в этой области.