Переработка лесосеменного сырья заключается в его предварительной сортировке, извлечении семян из плодов и шишек, в обескрыливании семян, очистке их от примесей, сортировке, калибровке и просушке до рекомендуемой влажности.

В ходе переработки лесосеменного сырья, а также хранения семян технологические режимы не должны нарушать нормального биологического состояния основных частей семени — зародыша и запасного органического вещества. В момент сбора лесосеменного сырья при достижении семенами урожайной спелости семена находятся в состоянии покоя, все процессы жизнедеятельности (потребление запасных питательных веществ, дыхание и пр.) замедлены, а биологическая система семени находится в состоянии относительного равновесия. Состояние покоя позволяет им оставаться жизнеспособными при минимальном дыхании в течение неблагоприятного для жизни периода (в природной обстановке) или же при более или менее длительном их хранении. Если такое состояние будет выдержано при переработке лесосеменного сырья и хранении семян, то это даст возможность хорошо сохранить посевные качества семян вплоть до их предпосевной подготовки.

Биологическая система семени может быть выведена из покоя в возбуждённое состояние при повышении влажности семян, воздействии на них повышенной или же переменной температуры, световой энергией и реакцией на фотопериодизм. Поэтому непременным условием при сборе, переработке лесосеменного сырья и хранении семян является недопустимость воздействия факторов, сокращающих срок пребывания семян в состоянии покоя. Нельзя допускать механических повреждений семян и развития микро­биологических процессов, так как при этом возрастает интенсивность дыхания и усиливается расходование запасных питательных веществ.

Лесосеменное сырьё перерабатывается двумя способами: тепловым (термическим) и механическим. Тепловым способом извлекают из шишек семена основных хвойных пород – лесообразователей (сосны, ели, лиственницы). Этот процесс осуществляется в сушильных камерах стационарных и передвижных шишкосушилок, где под влиянием повышенной температуры происходит интенсивное испарение влаги из шишек. При этом чешуйки шишек, теряя влагу, отгибаются и из-под них высыпаются семена с крылышками.

Для раскрытия шишек необходим хорошо просушенный воздух, но без значительного и резкого повышения температуры, ведущей к снижению посевных качеств семян. Это объясняется тем, что высокая температура окружающей среды приводит к уплотнению запасного питательного вещества семени и нарушению обмена веществ, затруднению работы ферментов при прорастании семян. Уплотнившееся запасное питательное вещество не может в полной мере и всем необходимым снабжать живой покоящийся зародыш длительное время, что приводит к его ослаблению, а в отдельных случаях и к полной гибели.

На качество семян влияет не только температура сушки, но и влажность воздуха и шишек. Сочетание высокой температуры с повышенной влажностью шишек и воздуха в сушильной камере оказывает губительное воздействие на качество семян. Так, при температуре +80°С и абсолютно сухом воздухе семена сосны имеют всхожесть 80%, а при температуре +66°С и относительной влажности воздуха 95% те же семена полностью теряют всхожесть.

Скорость сушки шишек увеличивается при их обдувании нагретым воздухом, так как в этом случае возрастает тепло- и влагообмен между материалом и агентом сушки. Шишки, поступающие в сушильную камеру предварительно подсушенными, раскрываются быстрее, а семена меньше подвергаются отрицательному действию высоких температур. Кроме того, при переработке лесосеменного сырья необходим постоянный воздухообмен, который позволяет удалять лишнюю влагу из камеры сушки.

Шишкосушилки должны обеспечивать: полное извлечение нормально развитых семян из шишек, сохранение исходных посевных качеств семян, возможно короткий цикл сушки и высокую производительность, механизацию и автоматизацию производственных процессов, автоматическое регулирование температуры и влажности, удобное для эксплуатации расположение помещений и оборудования, противопожарную безопасность, нормальные условия труда обслуживающего персонала. В настоящее время имеются полностью механизированные промышленные комплексы, которые включают в себя: помещение для приёмки и сортировки лесосеменного сырья; склад для хранения шишек; технологическое отделение для переработки.

Механический способ переработки лесосеменного сырья заключается в дроблении, измельчении, разминании плодов или шишек, в высверливании у шишек их стержней с последующим отделением семян из механически обработанного лесосеменного сырья.