Германское нападение застало врасплох не только воинские части приграничных округов, но и высшее советское руководство. Когда Сталину доложили о налетах германской авиации на советские города, он спросил, не провокация ли это немецких генералов. С.К. Тимошенко ответил: «Немцы бомбят наши города на Украине, в Белоруссии, в Прибалтике, на границе начались боевые действия сухопутных войск. Какая же это провокация?» Однако Сталин возразил: «Если нужно организовать провокацию, то немецкие генералы бомбят и свои города». Затем он добавил: «Гитлер наверняка не знает об этом. Необходимо срочно связаться с Берлином». В германском посольстве сообщили, что посол просит срочно принять его. Прибыв к Молотову, фон Шуленбург сообщил, что германское правительство объявило СССР войну.

В первые часы войны в Генеральном штабе и Наркомате обороны совершенно не представляли реальной ситуации на фронте.

Из директивы наркома обороны и начальника Генштаба №2, (22 июня 7.15 утра)

«1. Войскам всеми силами и средствами обрушиться на вражеские силы и уничтожить их в районах, где они нарушили советскую границу. Впредь до особого распоряжения наземными войсками границу не переходить.

2. Разведывательной и боевой авиацией установить места сосредоточения авиации противника и группировку его наземных войск. Мощными ударами бомбардировочной и штурмовой авиации уничтожить авиацию на аэродромах противника и разбомбить основные группировки его наземных войск. Удары авиацией наносить на глубину германской территории на глубину до 100–150 км, разбомбить Кенигсберг и Мемель. На территорию Финляндии и Румынии до особых указаний налетов не делать».

Красная Армия стремительно откатывалась от границы, офицеры тщетно разыскивали свои части, а в Москве все еще боялись «провокаций». Вечером того же дня, в 21.15 нарком обороны отдал еще одну столь же нереальную директиву, требуя перейти на главных направлениях к наступательным действиям, разгромить ударные группировки врага и перенести боевые действия на его территорию. К исходу 24 июня войскам приказывалось овладеть районàìè Сувалки и Люблина. Беспорядочные попытки перейти в контрнаступление, предпринятые в соответствии с этой директивой вместо организации планомерного отхода войск, лишь привели к дополнительным жертвам и еще большей неразберихе на фронте.

Для Сталина внезапное нападение Германии стало страшным потрясением. Адмирал И.С. Исаков свидетельствовал, что в первые дни войны вождь «находился в состоянии, близком к прострации». По словам Н.С. Хрущева, Сталин «был совершенно парализован в своих действиях, не смог собраться с мыслями». Он уехал на свою «ближнюю дачу» в Кунцево и, несмотря на уговоры членов Политбюро, упорно отказывался выступить по радио с обращением к населению. А.И. Микоян вспоминал, что Сталин считал все «безвозвратно потерянным». Подавленным состоянием Сталина объясняется то, что не он, а Молотов выступил в 12 часов дня 22 июня с обращением к гражданам СССР. Именно из радиообращения Молотова жители большей части страны узнали, что началась война.

Из выступления В.М. Молотова

«Весь наш народ теперь должен быть сплочен и един как никогда. Каждый из нас должен требовать от себя и от других дисциплины, организованности, самоотверженности, достойной настоящего советского патриота, чтобы обеспечить все нужды Красной Армии, флота и авиации, чтобы обеспечить победу над врагом. Наше дело правое. Враг будет разбит. Победа будет за нами».

Сталин собрался с духом и выступил по радио только 3 июля. Ни раньше, ни позже он не говорил так: «Товарищи! Граждане! Братья и сестры! Бойцы нашей армии и флота! К вам обращаюсь я, друзья мои!»

На второй день войны, 23 июня была создана Ставка Главного Командования. Ее возглавил Тимошенко. Однако его полномочия были крайне узки.

Из мемуаров Г.К. Жукова

«Без утверждения Сталина Тимошенко не имел возможности отдать войскам какое-либо принципиальное распоряжение. Сталин ежечасно вмешивался в ход событий, по нескольку раз в день вызывал Главкома Тимошенко и меня в Кремль, нервничал, бранился и всем этим только дезорганизовал и без того недостаточно организованную работу Главного Командования в осложнившейся обстановке. 9 июля я доложил некоторым членам Политбюро о необходимости сделать Сталина юридическим Верховным Главнокомандующим…».

10 июля Ставка ГК была преобразована в Ставку ВГК. Председателем Ставки (с 19 июля — наркомом обороны, с 8 августа — Верховным Главнокомандующим) стал Сталин. Одновременно были созданы три Главных командования, каждому из которых были подчинены несколько фронтов. Северо-Западное главное командование возглавил Ворошилов, Западное — Тимошенко, Юго-Западное — Буденный. Ставка должна была стать коллективным органом Верховного Главнокомандования. Однако Сталин почти никогда не собирал ее в полном составе, а вызывал тех ее членов, которых считал нужным.

30 июня был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО), сосредоточивший всю полноту власти в стране. В состав ГКО вошли Сталин (председатель), Молотов, Ворошилов, Берия и Маленков.

Из мемуаров Г.К. Жукова

«Неодновременное образование всех высших государственных органов по руководству войной и жизнедеятельностью страны на время войны произошло потому, что в предвоенный период эти вопросы не были решены Правительством и Политбюро. Перед войной нарком обороны и Генштаб неоднократно просили Сталина, Молотова и Ворошилова рассмотреть проекты документов по организации Верховного командования и организации управления фронтами и округами, но нам каждый раз говорили: “Подождите”, а Ворошилов был вообще противник каких бы то ни было планов войны, опасаясь, что они могут стать известны разведке противника».