Преобразования в СССР и России в конце 1980 — начале 1990-х годов делали политику страны в АТР более динамичной. 1989 г. был поворотным для нормализации отношений с Китаем: в мае этого года состоялся официальный визит в Пекин М. С. Горбачева, во время которого нормализованы межгосударственные отношения СССР и КНР. Взятый тогда курс закреплен после распада СССР. В 1992 г. в период визита в Пекин уже Президента РФ Б. Н. Ельцина подписана Пекинская декларация, подтверждающая волю сторон к активному сотрудничеству. В 1990-е годы отношения между двумя странами развивались достаточно стабильно. Всего с 1991 по 1999 г. состоялось 6 российско-китайских встреч на высшем уровне, которые происходили поочередно в Москве и Пекине. КНР стал вторым по значению торговым партнером России и одним из основных покупателей российской промышленной продукции, в том числе военной техники и технологий. Российские специалисты участвовали в реализации китайских проектов по развитию атомной энергетики.
России и Китаю удалось достичь важных договоренностей в области урегулирования пограничных вопросов, длительное время осложнявших отношения между государствами. В 1991 г. подписано соглашение о восточном участке российско-китайской границы, а в 1994 — о западном. Оба договора ратифицированы парламентом. К 1997 г. российско-китайская граница была согласована на 97% ее протяженности. В апреле 1996 г. подписано российско-китайское соглашение о мерах доверия в зоне границы, к которому в 1997 г. присоединились Казахстан, Киргизия, Таджикистан (возникла так называемая “шанхайская пятерка”). Стороны согласились о взаимном сокращении вооруженных сил в районе границы, в результате чего на протяжении 7,5 тыс. км создана полоса пониженной военной активности глубиной 100 км по обе стороны ее линии. “Шанхайский форум” — встречи руководителей пяти стран на высшем уровне для обсуждения вопросов пограничного сотрудничества — регулярно проводился в 1990-е годы.
Важное место в развитии российско-китайского политического сотрудничества заняла двусторонняя Декларация о многополярном мире и формировании нового международного порядка, подписанная в Москве в апреле 1997 г. Стороны заявляли о стремлении к установлению “равноправного доверительного партнерства, направленного на стратегическое взаимодействие в XXI веке”. В документе констатировалось окончание эпохи биполярности и выражалась готовность содействовать формированию иной, многополярной структуры международных отношений. Россия и Китай осудили гегемонизм как явление международной жизни.
Достаточно устойчиво развивались отношения России с Японией. Их значение обусловлено тем, что эта страна занимает второе место в мире по экономической мощи, а также тем, что сотрудничество с ней в регионе (как и с США) является особенно важным для России в связи с ростом экономической мощи и повышением самооценки Китая. В то же время российско-японские связи были отягощены спором о принадлежности южной части Курильской гряды. Признав в 1956 г. возможность обсуждения “территориального вопроса”, советская сторона под влиянием изменения международной ситуации в начале 1960-х годов до конца 1980-х отказывалась это делать. Положение изменилось в период “перестройки”, когда во время апрельского 1991 г. визита М. С. Горбачева в Японию текст советско-японского коммюнике зафиксировал о стремление сторон к мирному урегулированию (в виде подготовки мирного договора), определил территориальные его аспекты в форме демаркации. Аппетит японцев был подогрет как ослаблением СССР, так и готовностью некоторых отечественных политиков быстро и решительно — в духе “нового мышления” — решить территориальный вопрос.
После распада СССР и до 1993 г. Япония настаивала на категоричной формуле “только все и только сразу”, т.е. на одновременной передаче всех четырех островов, отойдя даже от компромисса, зафиксированного в декларации 1956 г., которая предполагала передачу лишь двух островов при условии заключения мирного договора. В 1992 г., под влиянием критики общественности и возражений властей Сахалинской области, российское руководство в полуофициальных выступлениях своих представителей говорило о несвоевременности и неприемлемости требований японской стороны. Однако жесткая позиция Японии привела к тому, что в 1992 г. визит Ельцина в Токио дважды откладывался.
Позже Япония, убедившись в невозможности разрешения проблемы в условиях неустойчивой политической ситуации в России и сильной общественной оппозиции передаче островов, смягчила свои позиции. В ноябре 1993 г. во время визита в Японию российский президент принес извинения японскому народу за жестокости, с которыми столкнулись в СССР японские военнопленные, удерживавшиеся в советских лагерях до 1950-х годов. Тогда же была подписана Токийская декларация, в которой стороны выразили готовность продолжить поиск решения проблемы мирного договора и в этом контексте — обсуждение проблемы спорных островов. Новым шагом в этой дискуссии стала состоявшаяся в 1997 г. в Красноярске “встреча без галстуков” Б. Н. Ельцина и премьер-министра Р. Хасимото, на которой подписано соглашение о намерениях добиваться разрешения спора об островах до 2000 г. Однако в дальнейшем эта инициатива развития не получила.
Еще в январе 1990 г. восстановлены дипломатические отношения между СССР и Республикой Корея. В 1990-е годы контакты между Россией и Южной Кореей развивались достаточно стабильно. Они опирались на заключенный в 1992 г. Договор о дружбе и сотрудничестве. Это пока единственный случай подписания такого рода документа с восточно-азиатским государством-союзником США. Особенно динамично развивались торгово-экономические отношения между двумя странами. Вместе с тем установление Москвой дипломатических отношений с Сеулом привело к охлаждению ее отношений с КНДР, которые на протяжении 1990-х годов оставались достаточно натянутыми.
Россия стремилась включиться в региональные экономические процессы, используя для этого участие в многосторонних институтах региональной интеграции, которые в 1990-е годы приобрели важное значение в АТР (их насчитывалось более 15). С 1996 г. Российская Федерация в качестве гостя и наблюдателя участвовала в работе структур наиболее важной региональной организации — АСЕАН, охватывающей зону Юго-Восточной Азии. В 1998 г. наша страна принята во вторую по важности региональную структуру — Азиатско-Тихоокеанский экономический совет (АТЭС)