После рождения животное вступает в контакт с различными микроорганизмами, которые проникают через дыхательные и пищеварительные пути и заселяют ЖКТ, половые и другие органы.

Микробный пейзаж отдельных биотопов тела животного различен. Микрофлору подразделяют на постоянную (синонимы: резидентная, аутохтонная) и случайную (синонимы: транзиторная, аллохтонная). Постоянная микрофлора содержит представителей, специфичных для данного биотопа, а случайная состоит из особей, занесенных из вне.

Микрофлора кожи непостоянна, ее состав зависит от условий жизни и окружающей среды (воздуха, подстилки, выделений). Чаще всего на коже обнаруживаются шаровидные формы - стафилококки, стрептококки, сарцины, актиномицеты, микрококки. Из палочковидных – кишечная, синегнойная, псевдодифтерийная. С почвой на кожу попадают спорообразующие микроорганизмы. В зависимости от чистоты кожи на площади в 1см2 можно обнаружить от десятков тысяч до 2 млрд микробных клеток.

Микрофлору вымени составляют микрококки, стафилококки, стрептококки, коринебактерии. На коже вымени есть мелкие и грубые складки, где скапливаются практически все микроорганизмы. При недостаточно тщательной уборке и дезинфекции помещения кожа вымени может стать одним из главных источников заражения выдоенного молока.

Из патогенных микробов на коже вымени встречаются возбудители маститов

Микрофлора дыхательных путей. У новорожденных в дыхательных путях микроорганизмов нет. При дыхании на слизистые оболочки вдп оседают из воздуха различные бактерии: актиномицеты, плесневые и дрожжевые грибы, микоплазмы и др. Постоянные обитатели слизистых оболочек носоглотки, зева –кокковые формы: стрептококки, стафилококки, микрококки. На слизистой гортани, трахеи численность микробов резко уменьшается, а в паренхиме легких их обычно не бывает. У здоровых животных на слизистой носа, гортани нередко находят патогенные микроорганизмы (туберкулезная палочка, мытный стрептококк и др.). При снижении резистентности организма патогенные микроорганизмы могут стать причиной болезни.

Микрофлора полости рта. Наиболее обильна и разнообразна. К постоянным относятся – диплококки, стафилококки, стрептококки, сарцины, микрококки, дифтероиды, анаэробы, и аэробы, спирохеты, грибы, дрожжи. Спирохета дентум вызывает кариес зубов. Разнообразие микроорганизмов зависит от типа кормов (кормление молоком, сочными, грубыми кормами).

Микрофлора желудка. Микрофлора однокамерного желудка относительно бедна, объясняется бактерицидным действием кислого желудочного сока. Наиболее устойчивы в кислой среде – молочнокислые бактерии, актиномицеты, энтерококки, споровые и др. Из патогенных переносят кислую среду микобактерии.

При понижении кислотности, а также при заболевании желудка в содержимом находят богатую микрофлору - гнилостные бактерии, дрожжи, грибы, и др.

Микрофлора рубца жвачных более богата. Здесь много гнилостных бактерий. С кормом в рубец попадает огромное количество разнообразных видов. В рубце происходят сложные биохимические процессы, связанные с расщеплением питательных веществ. Целлюлозоразрушающие микробы: Ruminococcus flavafaciens, образующий желтый пигмент и Ruminococcus albus - белый, Cl.cellolyticum и др. Эти микроорганизмы переваривают клетчатку до глюкозы, которая легко усваивается организмом. Стрептококки (фекальный, бовис) сбраживают крахмал, глюкозу с образованием кислоты. Пропионовокислые бактерии сбраживают лактаты с образованием пропионовой кислоты, продуцируют витамины группы В. Бифидобактерии в процессе жизнедеятельности образуют молочную, уксусную и другие кислоты, снижают рН среды до 4,0-3,8 и тем самым тормозят развитие гнилостных и патогенных микробов. Синтезируют многие витамины (до 12), которые используются макроорганизмом.

Микрофлора тонкого кишечника наиболее бедна. Встречаются – ацидофилные, споровые, энтерококки.

Микрофлора толстого кишечника наиболее богата микроорганизмами. Постоянные обитатели – энтерококки, стрептококки, стафилококки, целлюлозоразлагающие бактерии, плесневые грибы, актномицеты, термофилы, споровые, гнилостные. Из анаэробов, которые составляют большую часть микроорганизмов, бактероиды, бифидобактерии, пептококки, вейлонеллы и др. Обилие микроорганизмов в толстом кишечнике объясняется наличием в нем больших объемов переваренной пищи.

У новорожденных животных ЖКТ не содержит микроорганизмов. Через несколько часов организм заселяется микрофлорой. К постоянной относят - молочнокислые стрептококки, молочнокислые палочки, кишечную палочка.

У здоровых животных наряду с нормальной микрофлорой обнаруживают патогенные микроорганизмы – возбудители столбняка, ботулизма, сибирской язвы, рожи свиней, пастереллеза, сальмонеллеза и др. болезней.

Микрофлора мочеполовых органов. На слизистой оболочке половых органов встречаются стафилококки, стрептококки, микрококки, микобактерии (M.smegmae). Основной обитатель слизистой оболочки влагалища – вагинальная бактерия, которая обладает выраженным анатагонизмом к др. микроорганизмам. Матка, яичники, семенники, мочевой пузырь стерильны.

Таким образом, микрофлора ЖКТ многообразна и имеет большое значение в жизни животных: образует аминокислоты, витамины (К, ряд витаминов группы В), биологически активные вещества, оказывает влияние на работу многих органов и организма в целом. Нормальная микрофлора выполняет защитную функцию: формирует естественный иммунитет, своими продуктами жизнедеятельности (антибиотики, органические кислоты) подавляет рост возбудителей некоторых болезней.

Нарушение видового состава нормальной микрофлоры под влиянием инфекционных, соматических заболеваний, а также в результате длительного и нерационального использования антибиотиков приводит к состоянию дисбактериоза (дисбиоза). Дисбактериоз это количественное и качественное изменение бактерий, входящих в состав нормальной микрофлоры. Для восстановления нормальной микрофлоры применяются препараты –эубиотики (пробиотики). Эубиотики получают из лиофильно высушенных живых бактерий, представителей нормальной микрофлоры кишечника (т.к. дисбактериоз чаще всего бывает кишечника)- бифидобактерий, кишечной палочки, лактобактерий и др.

В настоящее время развивается такая отрасль биологии – гнотобиология, изучающая безмикробную жизнь макроорганизмов.

У безмикробных животных (гнотобиотов), которых получают и выращивают в стерильных условиях, обычно меньше масса внутренних органов, понижено содержание антител в сыворотке крови, недоразвита лимфоидная ткань, а это может понижать сопротивляемость и при контакте с микробами способствовать развитию инфекционной патологии.

Гнотобиология позволяет выяснить роль нормальной микрофлоры в процессах синтеза витаминов, аминокислот, проявления врожденного и приобретенного иммунитета. Получены животные, свободные только от патогенных микроорганизмов (СПФ-животные). Установлено, что СПФ-поросята развиваются на 30% быстрее обычных, снижается смертность.