На оккупированных территориях фашисты создавали так называемый «новый порядок». При этом гитлеровцы стремились создать себе определенную опору среди местного населения. По подсчетам исследователей, около 1 млн советских граждан в той или иной форме сотрудничали с фашистами. Причины были разными: ненависть к Советской власти, страх за свою жизнь и жизни близких. На сторону врага сразу встала часть населения вновь присоединенных республик Прибалтики, где были созданы латвийские и эстонские воинские части СС, сражавшиеся против Красной Армии и выполнявшие полицйейские функции на оккупированной территории. Это были убежденные враги России и Советской власти.

Значительно меньше сторонников фашисты нашли среди славянского населения. Основная часть изменников служила в полиции и вспомогательных частях немецкой армии. Наиболее крупным воинским формированием стала созданная в основном из числа военнопленных так называемая Русская освободительная армия (РОА) во главе с генерал-лейтенантом А. А. Власовым, попавшим в плен летом 1942 г. на Волховском фронте. Среди «власовцев» было много тех солдат и офицеров, кто вступил в РОА под страхом смерти в концлагере. Гитлеровцы понимали ненадежность этих частей и стремились не использовать их на линии фронта.

Большинство мирного населения на оккупированной территории отвергло сотрудничество с окку­пантами, быстро осознав, что несет с собой новый порядок. С оккупированных территорий на принудительную работу в Германию было отправлено около 5 млн чел., из них 2 млн чел. там погибло.

Фашисты сразу ввели специальную про­грамму вывоза продовольствия, материальных и культурных ценностей. Для изъятия продовольст­вия во многих районах были сохранены колхозы. Их возглавили назначенные немцами старосты. Вывоз продовольствия обрекал на голодную смерть и болезни миллионы людей. Всего за период войны на временно оккупированных территориях от тяжелых условий оккупации и политики геноцида по отношению к славянскому и еврейскому населению погибло около 12 млн человек. Символом уничтожения еврейского населения стал Бабий Яр в Киеве, где было расстреляно свыше 100 тыс. чел. Помимо мирных жителей на оккупированной территории в концлагерях погибли около 3 млн советских военнопленных.

В этих условиях на захваченной врагом территории развернулось массовое партизанское движение. Для руководства им в Москве в мае 1942 г. был создан Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД). Его руководителем был назначен П. К. Пономаренко. ЦШПД устанавливал связь с партизанскими формированиями, координировал их деятельность, снабжал оружием, боеприпасами, медикаментами, осуществлял взаимодействие партизан с частями регулярной армии.

Наибольший размах парти­занское движение приобрело в Белорус­сии (около 400 тыс. чел.), ряде областей Украины (около 500 тыс. чел.), в Брянской, Ленинградской, Новгородской, Калининской областях РСФСР.

Летом–осенью 1943 г. в период Курской битвы и последующего наступления Красной Армии партизаны провели операции «Рельсовая война» и «Концерт». В них участвовало около 200 партизанских формирований. В результате действий партизан были уничтожены тысячи километров железнодорожных путей, паровозов, вагонов и платформ, что мешало противнику снабжать и перебрасывать свои войска.

Всего в годы войны в тылу врага действовало более 6 тыс. партизанских отрядов, в которых сражалось свыше 1 млн чел. В ходе проведенных операций партизаны уничтожили, ранили или захватили в плен более 1 млн немецких солдат и офицеров и их пособников.

Одновре­менно в тылу врага действовали подпольные организации, занимавшиеся разведкой, диверсиями, информированием населения о положе­нии на фронтах. Многие подпольные организации создавались комсомольцами. Широкую известность после войны получила комсомольская подпольная организация «Молодая гвардия», действовавшая в Краснодоне.