Принципы экологической экспертизы в действующем российском законодательстве довольно хорошо проработаны и закреплены в Законе «Об охране окружающей природной среды» (ст. 35), выделяющем среди них принципы: обязательности, научной обоснованности, независимости (вневедомственности) в организации и проведении, широкой гласности и участия общественности, а также в законе «Об экологической экспертизе», добавляющем принципы презумпции потенциальной экологической опасности и приоритета экологической безопасности, комплексности оценки, достоверности и полноты информации, гласности, ответственности. Кроме того, в неявном виде существует и действует принцип «платности» экологической экспертизы. Остановимся на важнейших из указанных принципов.

1. Принцип обязательности. Являясь ведущим, гласит что «ГЭЭ является обязательной мерой охраны окружающей природной среды, предшествующей принятию хозяйственного решения (ст. 36), а финансирование и осуществление работ по всем проектам и программам производится только при наличии положительного заключения ТЭЭ...» (ст. 70). Закон «Об экологической экспертизе» добавляет и конкретизирует обязательность ТЭЭ моментом ее проведения до принятия решения о реализации объекта ЭЭ и обязательностью учета требований экологической безопасности. Кроме того, он закрепляет нормы, касающиеся обязательности заключения ГЭЭ и его исполнения (ст. 18): «... положительное заключение ГЭЭ является одним из обязательных условий финансирования и реализации объекта государственной ЭЭ...», а также то, что «... правовым последствием отрицательного заключения государственной ЭЭ является запрет реализации объекта ГЭЭ». Это касается и международно-правовой деятельности: «...несоблюдение требования обязательного проведения ГЭЭ проекта международного договора является основанием признания его недействительным». На практике обязательность ЭЭ проявляется в основном по отношению к проектам и 'программам, осуществление которых может оказывать вредное воздействие на окружающую природную среду.

2. Принцип научной обоснованности, объективности и законности заключений ГЭЭ. Рассматривается в законах в совокупности и означает, что ЭЭ представляют собой научно-исследовательский процесс и должны производиться на современном научно-техническом уровне с использованием новейших форм и методов научных исследований квалифицированными учеными-экспертами. При этом в результате должна быть осуществлена не столько- фиксация допущенных нарушений, сколько оценка их последствий, разработаны рекомендации органам или лицам, принимающим решения, а также выполнены необходимые прогнозы их реализации в действующих объектах.

3. Принцип независимости и вневедомственности. Относится в основном к ГЭЭ и означает, что непременным условием ее эффективности является функциональная и финансовая независимость организующих ЭЭ органов и проводящих ее экспертов (преимущественно внештатный статус последних, их надлежащее финансовое, организационное, материально-техническое и другое обеспечение). Это создает условия для свободного волеизъявления эколого-экспертной комиссии, которая в своей работе должна руководствоваться только фактами, научными методами их обоснования и действующими законами. Общественная ЭЭ в теории предполагает ещё большую её независимость, однако сегодня на практике оказывается вдвойне зависимой: один раз - от ГЭЭ (пока та не признает её результатов), а второй раз - от групповых общественных интересов (ведь её организуют и проводят как правило уже с заранее сформировавшейся целью — доказать невозможность принятия решения о реализации объекта). ОВОС также нельзя рассматривать как полностью независимую, т.к. лица, её проводящие, как правило, зависимы (причем финансово) от заказчика документации или ОВОСа.

4. Принцип широкой гласности и участия общественности. Предполагает доступность и достоверность информации о ходе проведения экспертизы, принятых решениях и их учете органом управления при реализации объекта экспертизы; возможность общественных организаций и граждан получать такую информацию доводить до сведения лиц, принимающих решения, свою позицию; обязательность для последних сообщать о принятых решениях и т.д. Этот принцип обеспечивается, в частности, ст. 84 и 86 закона, предусматривающими административную ответственность за отказ в предоставлении, или несвоевременное предоставление, или искажение экологической информации, а также возмещение причиненного таким правонарушением вреда. Гласность и достоверность экологической информации тесно связаны с привлечением общественности к участию в проведении государственной ЭЭ. Формы такого участия, подразумеваемые российским законодательством, многообразны: это рассмотрение предложений граждан и общественных объединений о самом проведении экологической экспертизы, возможное включение представителей общественности в состав экспертных комиссий, ознакомление населения с результатами государственной ЭЭ, проведение референдумов и т.д.