Указания о развертывании массовых репрессий давались "сверху": вождями, руководящими партийными и государственными органами, в особенности ОГПУ-НКВД. Реализация репрессивных акций в основном возлагалась на местное руководство и на бюрократические структуры отдельных ведомств. Руководители среднего и нижнего ранга могли несколько усилить репрессивный нажим, пытаясь показать служебное рвение, либо несколько сбить волну репрессий, с риском для своей жизни защищая своих подчиненных.

Массовые репрессии были результатом прежде всего преступной деятельности сталинского Политбюро ЦК ВКП(б). В течение 1934-1937 гг. Сталин и Политбюро неоднократно давали наркомам внутренних дел установки об ужесточении деятельности. На заседаниях Политбюро принимались решения о репрессиях в отношении бывших кулаков, отдельных народов (поляков, немцев и т.д.), бывших оппозиционеров и т.п. Общие установки Политбюро трансформировались в конкретные приказы НКВД, наиболее значимые из которых, в свою очередь, утверждались Политбюро. Политбюро утверждались лимиты репрессированных, характер и сроки проведения карательных операций, контрольные цифры для расстрелов и т.д.

Уже в 1957 г. Жуков предъявил Пленуму ЦК КПСС документ, доказывающий, что только Каганович, Молотов и Сталин лично дали санкции на расстрел 38 679 руководящих работников. Только в один день 12 декабря 1938 г. Сталин и Молотов отдали указание о расстреле 3 167 руководителей.

Наиболее изуверские методы борьбы с "врагами народа" чекисты стали применять по инициативе Сталина и Политбюро. 10 января 1939 г. Сталин направил секретарям обкомов, крайкомов, нацкомпартий, начальникам управлений НКВД и наркомам республиканских НКВД шифротелеграмму, в которой говорилось: "ЦК ВКП(б) разъясняет, что применение физического воздействия в практике НКВД было допущено с 1937 года с разрешения ЦК ВКП(б)... метод физического воздействия должен обязательно применяться и впредь".

Роль карающего меча партийной олигархии по-прежнему играла тайная политическая полиция. Формальные изменения статуса ее органов служили лишь камуфляжем возрастания реальной власти НКВД. 10 июля 1934 г. ЦИК СССР принял решение об образовании общесоюзного народного комиссариата внутренних дел (включавшего ОГПУ). Судебная коллегия ОГПУ была упразднена, дела, касающиеся государственной безопасности, передавались в Верховный Суд, особо важными государственными преступлениями (измена Родине, шпионаж и т.д.) занималась военная коллегия Верховного Суда или военные трибуналы. На деле органы госбезопасности все более и более выходили из-под контроля партийных и государственных органов, переходя под' личный контроль Сталина.

НКВД был нацелен на выявление максимального количества врагов для того, чтобы оправдать свое существование. С 1936 г. руководство страны не только снимает ограничение на "накручивание" показателей, но и подталкивает карательные органы к увеличению масштабов репрессий. В ряде регионов органы НКВД устраивали даже соцсоревнование. Например, в Киргизии в 1938 г. отделы НКВД соревновались по числу арестов, разоблаченных шпионов, законченных дел на врагов народа и т.д. Карательный аппарат с помощью репрессий за недостаточное рвение был превращен в бездушное орудие в руках Сталина. На время "большого террора" 1937-1938 гг. Сталин вывел органы НКВД из под контроля государства, он подчинил им даже партию, превратил их в свою личную опричнину, в орудие расправы над всем, что вызывало опасение диктатора. Направление репрессий задавалось установками из Кремля. Местные органы должны были ответить кампанией ликвидации соответствующей группы "врагов". Например, в августе 1937 г. ЦК ВКП(б) разослал на места телеграмму о политической мобилизации колхозников на разгром врагов в сельском хозяйстве. Как следствие, по всей стране прокатилась волна открытых судов над "вредителями сельского хозяйства". По подобному сценарию разворачивался и ряд других кампаний.