В системе государственного управления недропользованием МПР России занимает ведущее положение и находится в центре системы органов, имеющих строго специальные направления деятельности. В соответствии с Положением о Министерстве природных ресурсов и экологии Российской Федерации, утвержденным постановлением Правительства РФ от 29 мая 2008 года №404 (в ред. от 13.10.2008 N 753, от 07.11.2008 N 814, от 29.12.2008 N 1052, от 27.01.2009 N 43) Министерство осуществляет функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере изучения, использования, воспроизводства, охраны природных ресурсов, включая управление государственным фондом недр.

Министерство природных ресурсов и экологии Российской Федерации осуществляет координацию деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере природопользования, Федерального агентства по недропользованию, Федеральной службы по экологическому, технологическому и атомному надзору, Федеральной службы по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, Федерального агентства водных ресурсов.

Для осуществления возложенных полномочий Министерство природных ресурсов и экологии может образовывать в установленном порядке свои территориальные органы. В министерстве создаются структурные подразделения по различным направлениям деятельности. На сегодняшний день это – 8 депаратаментов.

Министерство природных ресурсов и экологии РФ осуществляет координацию и контроль деятельности находящихся в его ведении Федеральной службы по надзору в сфере природопользования и Федерального агентства по недропользованию. В этих целях министр осуществляет следующие функции: утверждает ежегодный план и показатели деятельности федеральной службы и федерального агентства, а также отчет об их исполнении; вносит в Правительство РФ по представлению руководителя федеральной службы и федерального агентства проект положения о федеральной службе, федеральном агентстве, предложения о штатной численности этих органов исполнительной власти и фонде оплаты труда их работников; вносит в Правительство РФ проекты нормативных правовых актов, относящихся к сферам деятельности Федеральной службы по надзору в сфере природопользования и Федерального агентства по недропользованию; во исполнение поручений Президента РФ, Председателя Правительства РФ дает поручения подведомственным федеральной службе и федеральному агентству и контролирует их исполнение; имеет право отменить противоречащее федеральному законодательству решение федеральной службы и др.

На основании и во исполнение Конституции Российской Федерации, федеральных конституционных законов, федеральных законов, актов Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации Минприроды России самостоятельно принимает следующие нормативные правовые акты в установленной сфере деятельности:

порядок государственного учета и ведения государственного реестра работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также в целях, не связанных с их добычей, и лицензий на пользование участками недр;

порядок постановки запасов полезных ископаемых на государственный баланс и их списания с государственного баланса;

порядок переоформления лицензий на пользование участками недр;

классификация запасов и прогнозных ресурсов полезных ископаемых по видам полезных ископаемых;

методики геолого-экономической и стоимостной оценок месторождений полезных ископаемых и участков недр по видам полезных ископаемых;

порядок и условия использования геологической информации о недрах, являющейся государственной собственностью;

форма бланка лицензии на пользование недрами;

региональные перечни видов полезных ископаемых, относимых к общераспространенным.

В соответствии с Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» министерство не вправе осуществлять в установленной сфере деятельности функции по контролю и надзору, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента РФ или постановлениями Правительства РФ. В соответствии с Положением о разграничении полномочии федеральных органов исполнительной власти в области подготовки, заключения и реализации соглашений о разделе продукции, а также по контролю за их реализацией на Министерство природных ресурсов и экологии РФ возложено осуществление следующих полномочий: участие в пределах своей компетенции в осуществлении контроля объемов добытого и подлежащего разделу минерального сырья в соответствии с условиями соглашений о разделе продукции, а также объемов минерального сырья, передаваемого государству в результате раздела продукции; участвует в пределах своей компетенции в осуществлении контроля объемов минерального сырья, передаваемого в собственность инвестора в качестве компенсационной и соответствующей части прибыльной продукции; осуществляет контроль за соблюдением условий соглашений о разделе продукции в части технологии производства работ по обустройству месторождений минерального сырья и их эксплуатации; осуществляет контроль за соблюдением условий соглашений о разделе продукции в части исполнения инвесторами и/или операторами обязательств по поиску и разведке, технологии производства поисково-разведочных работ; осуществляет контроль за соблюдением установленного законодательством Российской Федерации порядка пользования недрами; участвует в разработке проектов федеральных законов об участках недр и месторождениях, право пользования которыми может быть предоставлено на условиях раздела продукции, в подготовке обоснований целесообразности включения таких участков недр и месторождений в указанные перечни; участвует в подготовке предложений по включению участков недр и месторождений в перечни участков недр и месторождений, право пользования которыми может быть предоставлено на условиях раздела продукции.

Федеральное агентство по недропользованию является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по оказанию государственных услуг и управлении государственным имуществом в сфере недропользования. Это агентство находится в ведении Министерства природных ресурсов РФ.

В установленной сфере деятельности Федеральное агентство по недропользованию осуществляет следующие полномочия: полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов, государственной власти в сфере недропользования, в том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятия, подведомственным Агентству; организует государственное геологическое изучение недр, экспертизу проектов геологического изучения недр, проведение в установленном порядке геолого-экономической и стоимостной оценки месторождений полезных, ископаемых и участков недр, проведение в установленном порядке конкурсов и аукционов на право пользования недрами, проведение государственной экспертизы информации о разведанных запасах полезных ископаемых, геологической, экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр; осуществляет отнесение запасов полезных ископаемых к кондиционным или некондиционным запасам, а также определение нормативов содержания полезных ископаемых, остающихся во вскрышных, вмещающих (разубоживающих) породах, и отвалах или в отходах горнодобывающего и перерабатывающего производства, по результатам технико-экономического обоснования эксплуатационных кондиций для подсчета разведанных запасов; предоставление в пользование за плату геологической информации о недрах, полученной в результате государственного геологического изучения недр; выдачу заключений об отсутствии полезных ископаемых в недрах под участком предстоящей застройки и разрешения на осуществление застройки площадей залегания полезных ископаемых, а также размещение в местах их залегания подземных сооружений; организационное обеспечение государственной системы лицензирования пользования недрами, учет поступающих заявок на получение лицензий, информирование о них органов исполнительной власти соответствующих субъектов РФ, принятие решений о предоставлении права пользования участками недр в установленном законодательством РФ порядке, принятие решений об утверждении итогов конкурсов или аукционов на право пользования участками недр в установленном законодательством РФ порядке, выдачу, оформление и регистрацию лицензий на пользование недрами, внесение изменений и дополнений в лицензии на пользование участками недр, а также переоформление лицензий, принятие, в том числе по представлению Федеральной службы по надзору в сфере природопользования и иных уполномоченных органов, решений о досрочном прекращении, приостановлении и ограничении права пользования участками недр; внесение представлений органу исполнительной власти субъекта РФ по конкретному размеру ставки регулярного платежа за пользование недрами по каждому участку недр, на пользование которым выдана лицензия; определение конкретного размере ставки регулярного платежа за пользование недрами по каждому участку, находящемуся на континентальном шельфе РФ, в исключительной экономической зоне РФ или за пределами Российской Федерации на территориях, находящихся под юрисдикцией Российской Федерации, а также арендуемых у иностранных государств или используемых на основании международного договора (если иное не установлено международным договором), в пределах минимальных и максимальных ставок, установленных законодательством Российской Федерации; рассмотрение и согласование проектной и технической документации на разработку месторождений полезных ископаемых; осуществляет ведение государственного кадастра месторождений и проявлений полезных ископаемых и государственного баланса запасов полезных ископаемых, обеспечение в установленном порядке постановки запасов полезных ископаемых на государственный баланс и их списание с государственного баланса; ведение государственного учета и обеспечение ведения государственного реестра работ по геологическому изучению недр, участков недр, предоставленных для добычи полезных ископаемых, а также в целях, не связанных с их добычей, и лицензий на пользование недрами; осуществляет экономический анализ деятельности подведомственных государственных унитарных предприятий и утверждает экономические показатели их деятельности, проводит в подведомственных организациях проверки финансово-хозяйственной деятельности и использования имущественного комплекса.

Таким образом, можно отметить, что Федеральное агентство по недропользованию является самостоятельной структурной частью системы федеральных органов исполнительной власти. Его основные функции - управление государственным имуществом, оказание государственных услуг в сфере недропользования и осуществление других правоприменительных функций, за исключением функций по контролю и функций по нормативному правовому регулированию. Агентство осуществляет полномочия собственника в отношении федерального имущества, необходимого для обеспечения исполнения функций федеральных органов государственной власти в сфере недропользования, и том числе имущества, переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным государственным учреждениям и казенным предприятиям. Агентство организует деятельность подведомственных предприятий и организаций, утверждает экономические показатели их деятельности; осуществляет выдачу, оформление и регистрацию лицензий; ведет государственный кадастр месторождений и проявлений полезных ископаемых; ведет государственный учет работ по геологическому изучению недр.

Федеральная служба по надзору в сфере природопользования является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю надзору в сфере природопользования, в том числе и недропользования. Эта служба в области недропользования наделена следующими полномочиями: осуществляет контроль и надзор за геологическим изучением, рациональным использованием и охраной недр; за рациональным использованием минеральных и живых ресурсов на континентальном шельфе; выдаёт в установленном порядке лицензии (разрешения) на экспорт коллекционных материалов по минералогии и палеонтологии, полудрагоценных камней и изделий из них; экспорт информации о недрах по районам и месторождениям топливно-энергетического и минерального сырья, расположенным на территории Российской Федерации, и в пределах континентального шельфа и морской зоны Российской федерации; создание, эксплуатацию и использование искусственных островов, сооружений и установок, проведение буровых работ, связанных с геологическим изучением, поиском, разведкой и разработкой минеральных ресурсов, а также прокладку подводных кабелей и трубопроводов во внутренних морских водах, территориальном море Российской Федерации и на континентальном шельфе Российской Федерации в пределах своей компетенции.

В целях реализации полномочий в сфере недропользования Федеральная служба по надзору в сфере природопользования имеет право организовывать проведение необходимых исследований, испытаний, экспертиз, анализов и оценок, а также научных исследований по вопросам осуществления контроля и надзора в рассматриваемой сфере, применять предусмотренные законодательством РФ меры ограничительного, предупредительного и профилактического характера, направленные на недопущение и (или) ликвидацию последствий, вызванных нарушением юридическими лицами и гражданами обязательных требований в установленной сфере деятельности, с целью пресечения фактов нарушения законодательства РФ.

Помимо органов исполнительной власти, входящих в систему Министерства природных ресурсов РФ, в осуществлении функций государственного управления недропользованием принимают участие и иные органы государственной власти.

Полномочиями в сфере государственного управления недропользованием наделена и Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору. Положение об этой службе утверждено Постановлением Правительства РФ от 30 июля 2004 г. Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору является федеральным органом исполнительной власти, руководство которым осуществляет Правительство РФ.

В соответствии с Положением Служба является органом государственного горного надзора и осуществляет контроль и надзор за безопасным ведением работ, связанных с пользованием недрами, с целью обеспечения соблюдения всеми пользователями недр законодательства РФ, утвержденных в установленном порядке стандартов (норм, правил) по охране недр (в пределах своей компетенции), по безопасному ведению работ, а также с целью предупреждения и устранения их вредного влияния на население, окружающую среду, здания и сооружения; осуществляет лицензирование деятельности по эксплуатации пожароопасных производственных объектов в части, касающейся деятельности по эксплуатации объектов, на которых ведутся подземные и открытые горные работы по добыче и переработке полезных ископаемых, склонных к самовозгоранию, а также работы на других горных объектах, технология которых предусматривает ведение пожароопасных работ, в том числе не связанных с добычей полезных ископаемых; выдает разрешения на застройку площадей залегания полезных ископаемых в пределах горного отвода; согласовывает условия лицензий, технические проекты на пользование недрами, на разработку месторождений полезных ископаемых при их добыче и первичной обработке, материалов по созданию организаций горнодобывающей и перерабатывающей промышленности, предусматривающих использование природных ресурсов.