Начиная с 1018 г., Византия предпринимала меры по укреплению своей власти в завоеванных болгарских землях. Для лучшего контроля Болгария была разделена на три части (капетаната): Западную, Северо-Восточную, Юго-Западную. Верхушка болгарских феодалов переселялась в Армению и Константинополь. Оставшиеся болгарские войска были переведены на границу империи с Ираном. Частично переселялось в Азию и простое болгарское население. На все посты византийской администрации в Болгарии назначались только греки или представители малоазиатских народов (армяне и др.).

Царские земли, земли выселенных феодалов и крестьян были включены в императорский фонд для дальнейшей раздачи византийским воинам, чиновникам и церкви. Охридская патриархия была низведена до положения автономного архиепископства. Болгарские епархии подчинялись Константинополю. Без санкции византийского императора архиепископ не мог рукополагать епископов и созывать церковные соборы. Вместе с тем византийцы считали церковь своей опорой в Болгарии и сохранили некоторые имущественные права и льготы духовенства. Первоначально во главе Охридской архиепископии был оставлен прежний патриарх, болгарин Иван Дербский. После его смерти в 1037 г. место архиепископа в городе Охриде занимали только греки. Официальным языком в Болгарии и в болгарской церкви стал греческий. На всей территории Болгарии были размещены византийские войска.

В первые годы византийского владычества в Болгарии сохранялись налоги времен Самуила, как по размерам, так и по форме (натуральные). В конце 30-х гг. XI в. поборы в Болгарии выросли и стали взиматься деньгами. Эта реформа послужила поводом к первому крупному восстанию в Болгарии против Византии под руководством боярина Петра Деляна (1040-1041). Восстание началось в районе города Скопье (Македония) и охватило всю территорию Первого Болгарского царства, кроме северо-востока страны, разоренного печенежскими набегами. К болгарам примкнули сербы, албанцы, влахи и греки района города Никополя. Восставшие ставили цель возродить Болгарское государство во главе с потомками Самуила. Петр Делян выдававший себя за внука Самуила был избран царем. Однако против самозванца выступил настоящий внук Самуила - Алусиан, претендовавший на титул царя. Петр Делян был предательски ослеплен и попал в плен к византийцам. Восстание потерпело поражение.

Второе крупное антивизантийское восстание в Болгарии произошло в 1072 г. Поводом к нему опять послужило увеличение налоговых сборов. Восстание, во главе которого стал Георгий Войтех, началось в городе Скопье. Так как потомков Самуила уже не было, восставшие обратились к правителю сербского княжества Дукля (Черногория) Михаилу, который был в далеком родстве с последней болгарской царской династией Самуила. Он прислал в Болгарию своего сына Константина Бодина с военным отрядом. Бодина короновали болгарским царем под именем Петра. Однако и это восстание, охватившее северную и среднюю Македонию, было разгромлено.

Значимую роль в борьбе болгар против Византии играли богомилы. В период ее господства социальная база болгарских богомилов несколько расширилась. В богомильство обращались некоторые мелкие феодалы, монахи, рядовое духовенство. Богомильство стало символом борьбы с византийцами, исповедовавшими официальное православие. На рубеже XII-XIII вв. богомилы неоднократно поднимали восстания против Византии, которые жестоко подавлялись.

В XII в. в юго-западной части бывшего Первого Болгарского царства (Македония) происходил рост византийского землевладения, уменьшался слой свободных крестьян - основы антивизантийских восстаний. Македонские феодалы стали придерживаться лояльных позиций по отношению к Византии. В конце XII в. они образовали собственные самостоятельные княжества, положившие начало средневековой македонской государственности.

Центр борьбы против Византии переместился из Македонии в собственно болгарские земли, в центр и северо-восток Первого Болгарского царства. В этой части страны не было сильной византийской администрации, сохранилось свободное крестьянство, принимавшее участие в освободительной борьбе. Местные феодалы, в основном мелкие, также были заинтересованы в восстановлении независимости болгарского государства.

Второе Болгарское царство

Освободительное восстание братьев Асеней. Образование Второго Болгарского царства. В 80-е гг. XII в. на северо-востоке Болгарии началось крупное антивизантийское восстание. Внешнеполитическое положение Византийской империи было крайне тяжелым. В 1180 г. ее владычество сбросили сербы, в этом же году венгры захватили у империи значительную часть Боснии. В этих условиях весной 1186 г. в Болгарии вспыхнуло восстание во главе с братьями-боярами из города Тырново - Петром, Асенем и Иваном из рода Асеней. Византийский император Исаак II Ангел предпринял против восставших три похода, но сломить их не смог. В 1187 г. империя фактически признала существование независимого болгарского государства с центром в городе Тырново. В историографии это государство получило название Второго Болгарского царства. В Болгарии стали править два брата - Петр и Асень. Последний был коронован царем, а Петр признан его соправителем. Младший брат Иван отправился в Византию заложником и гарантом спокойствия в болгаро-византийских отношениях. Официально венчание на царство Асеня, как и власть братьев в целом, Византия не признала. Петр и Асень не являлись законными болгарскими царями, так как не принадлежали к царским династиям Первого Болгарского царства.

Восстание победило по следующим внутри - и внешнеполитическим причинам. В период византийского владычества болгарские земли не слились с провинциями империи в одно целое, как Македония, и всегда стояли особняком. Это было вызвано тем, что к этому времени уже сложилась раннефеодальная болгарская народность с собственным политическим обликом, самосознанием и культурой. Наличие этих характеристик побуждало болгарский народ к освободительной борьбе. Воспользовавшись тяжелым внешним положением империи, и вступив в союз с задунайскими половцами, Асени сумели изгнать византийцев.

В 1189 г., во время III крестового похода, проходившего через земли южных славян, болгары вели переговоры с лидером крестоносцев германским королем Фридрихом I Барбароссой о признании над собой его власти и заключении совместного союза против Византии. Взамен крестоносцы должны были официально признать за Асенями царские титулы. Для укрепления будущего союза болгары предложили крестоносцам помощь в войне с Византией - 40 тысяч конницы.

Соглашение с крестоносцами не было достигнуто, но отношения с Византией резко обострились. В 1189 г. Иоанн Асень бежал из Константинополя на родину. Император Исаак II Ангел во второй раз попытался подчинить болгар, но войны 1190-1195 гг. не принесли византийцам успеха. В Болгарии против Асеней возник заговор провизантийски настроенных феодалов. В результате, в 1196 г. от рук наемных убийц Петр и Асень погибли. К власти в Болгарии пришел их младший брат - Иван Асень, прозванный византийцами Калояном (от греческого "колоссальный Иван").