На федеральном уровне вопросами профилактики экстремизма, гармонизации межэтнических и межконфессиональных отношений занимаются различные государственные структуры. К ним относятся:

- Минрегион России - в сфере государственной национальной политики межнациональных отношений в Российской Федерации, защиты прав национальных меньшинств и коренных малочисленных народов Российской Федерации, взаимодействия с казачьими обществами;

- МВД России - в сфере внутренних дел, в том числе в сфере миграции;

- Минюст России - в сфере регистрации некоммерческих организаций, включая отделения международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественные объединения, политические партии и религиозные организации, а также правоприменительные функции и функции по контролю и надзору в сфере регистрации некоммерческих организаций, включая отделения международных организаций и иностранных некоммерческих неправительственных организаций, общественные объединения, политические партии и религиозные организации. Минюст России осуществляет функции по ведению, опубликованию и размещению в сети Интернет федерального списка экстремистских материалов;

- Минобрнауки России - в сфере образования;

- Минкультуры России - в сфере сохранения историко-культурного наследия народов осуществляется;

- Министерство спорта, туризма и молодежной политики - в сфере молодежной политики, а также во взаимодействии с общественными организациями и движениями представляющими интересы молодежи создает условия для обеспечения нравственного и патриотического воспитания молодежи.

- Минкомсвязи России - в сфере информационных технологий, массовых коммуникаций и средств массовой информации, в том числе электронных (включая развитие сети Интернет, систем телевизионного (в том числе цифрового) вещания и радиовещания и новых технологий в этих областях), печати, издательской и полиграфической деятельности;

- МИД России - в сфере международных отношений Российской Федерации;

- Минэкономразвития России - в сфере формирования межгосударственных и федеральных целевых программ (долгосрочных целевых программ), ведомственных целевых программ;

- Минздравсоцразвития России - в сфере занятости и трудовой миграции.

- Генеральная прокуратура Российской Федерации осуществляет надзор за исполнением законов о федеральной безопасности, межнациональных отношениях, противодействии экстремизму и терроризму;

- ФСБ России выявляет, предупреждает и пресекает преступления, дознание и предварительное следствие по которым отнесены законодательством Российской Федерации к ведению органов федеральной службы безопасности; выявляет, предупреждает и пресекает акты терроризма.

В 2011г. Президентом Российской Федерации было принято решение о формировании Межведомственной комиссии по противодействию экстремизму в Российской Федерации (далее - межведомственная комиссия), которая является межведомственным органом.

Основная цель Межведомственной комиссии: обеспечение реализации государственной политики в области противодействия экстремизму (в том числе и регулирование межэтнических отношений), координации деятельности федеральных органов исполнительной власти и органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, участвующих в противодействии экстремизму, а также организационно-методического руководства этой деятельностью».

Для достижения данной цели перед комиссией поставлены следующие задачи:

- подготовка ежегодных докладов о проявлениях экстремизма в Российской Федерации и представление их президенту Российской Федерации не позднее второго квартала года, следующего за отчетным;

- разработка мер, направленных на противодействие экстремизму и на устранение способствующих ему причин и условий;

- разработка проектов концепций, стратегий, программ, планов и иных документов в области противодействия экстремизму.

- участие в международном сотрудничестве в области противодействия экстремизму, в том числе в подготовке проектов международных договоров и соглашений Российской Федерации.

В сферу деятельности межведомственной комиссии входят следующие полномочия:

- принимать решения по организации, координации, совершенствования и оценки эффективности деятельности федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов РФ, органов местного самоуправления в области противодействия экстремизму, а также осуществлять контроль за исполнением этих решений;

- вносить в установленном порядке предложения по вопросам, требующим решения Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации;

- создавать межведомственные рабочие группы и иные рабочие органы в целях изучения вопросов, касающихся противодействия экстремизму, в том числе для выездов в субъекты РФ, а также для подготовки проектов соответствующих решений Межведомственной комиссии.

Руководящий состав Межведомственной комиссии:

* Министр внутренних дел Российской Федерации (председатель Межведомственной комиссии);

* Директор ФСБ России (заместитель председателя Межведомственной комиссии);

* Министр культуры Российской Федерации;

* Министр обороны Российской Федерации;

* Министр образования и науки Российской Федерации;

* Министр регионального развития Российской Федерации;

* Министр связи и массовых коммуникаций Российской Федерации;

* Министр спорта, туризма и молодежной политики Российской Федерации;

* Министр юстиции Российской Федерации;

* Председатель следственного комитета Российской Федерации;

* Руководитель ФТС России;

* Директор СВР России;

* Директор ФМС России

* Руководитель Росфинмониторинга;

* Заместитель секретаря Совета Безопасности Российской Федерации;

* Начальник Главного управления по противодействию экстремизму МВД России (ответственный секретарь).

В деятельности Межведомственной комиссии проблемы межэтнических отношений занимают одно из ведущих мест.

В регионах полномочиями по профилактике экстремизма, гармонизации межнациональных и межрелигиозных отношений наделены государственные органы, входящие в структуру исполнительной региональной власти (аппараты глав субъектов Российской Федерации, администрации (правительства субъектов РФ), региональные министерства, департаменты, комитеты, управления и др.).

Так, в структуру органов исполнительной власти Республики Дагестан входит Министерство по национальной политике, делам религий и внешним связям.

В Красноярском крае - Агентство по реализации программ общественного развития Красноярского края, которое оказывает государственные услуги, управляет и распоряжается государственной собственностью в сферах государственной поддержки институтов гражданского общества, общественных и гражданских инициатив, национальных и межнациональных отношений.

Заметную роль в регулировании межэтнических отношений играет институт общественных советов при органах государственной власти.

В настоящее время сформированы и функционируют общественные советы:

* при Президенте Российской Федерации (Совет по взаимодействию с религиозными объединениями);

* при Правительстве Российской Федерации (Экспертно-консультативный совет Межведомственной рабочей группы по вопросам межнациональных отношений);

* при органах исполнительной власти на федеральном и региональном уровнях и при других органах государственной власти.

В 69 субъектах Российской Федерации созданы консультативные советы по межэтнических отношениям или взаимодействию с национально-культурными организациями. Общественные советы часто выступают в качестве действенного механизма профилактики проявлений этнополитического и религиозно-политического экстремизма, информируя органы государственной власти об этнической ситуации в стране, регионе, территории, разрабатывая рекомендации по профилактике проявлений экстремизма.

В органах местного самоуправления созданы и функционируют структурные подразделения, отвечающие за сферу межнациональных отношений. Во многих регионах созданы консультативные, экспертные, учебно-методические и межнациональные советы при органах государственной власти, объединяющие представителей власти, руководителей этнических общественных объединений и религиозных организаций, представителей научного сообщества.

Сформирован целый ряд организаций и движений, в основе деятельности которых лежат вопросы профилактики и предупреждения экстремизма.