Учреждение опричнины было непосредственно подготовлено событиями начала 60-х гг. XVI в. Иван IV стремился к активному продолжению Ливонской войны 1558 – 1583 гг., но натолкнулся на оппозицию некоторых лиц из своего окружения. Разрыв с Избранной радой и опалы на княжат и бояр в 1560 – 64 гг. вызывали недовольство феодальной знати, руководителей приказов и высшего духовенства; некоторые феодалы, не согласные с политикой Ивана IV, изменили царю и бежали за границу. После измены Курбского А.М. и его побега в Литву в Иване Грозном ещё сильнее развилась подозрительность: его воображению повсюду воображались тайные козни изменников и предателей.

Иван IV, борясь с мятежами и изменами боярской знати, видел в них главную причину неудач своей политики. Он твердо стоял на позиции необходимости сильной самодержавной власти, основным препятствием к установлению которой, по его мнению, были боярско-княжеская оппозиция и боярские привилегии. Вопрос состоял в том, какими методами будет вестись борьба. Острота момента и общая неразвитость форм государственного аппарата, а также особенности характера царя, бывшего, по-видимому, человеком крайне неуравновешенным, привели к установлению опричнины. Иван IV расправлялся с остатками раздробленности чисто средневековыми средствами.

В январе 1565 г. из подмосковной царской резиденции села Коломенского через Троице-Сергиев монастырь царь выехал в Александровскую слободу (ныне город Александров Владимирской области). Оттуда он обратился в столицу с двумя посланиями. В первом, направленном духовенству и Боярской думе, Иван IV сообщал об отказе от власти из-за измены бояр и просил выделить ему особый удел – опричнину. Во втором послании, обращенном к посадским людям столицы, царь сообщал о принятом решении и добавлял, что к горожанам у него претензий нет.

Это был хорошо рассчитанный политический маневр. Используя веру народа в царя, Иван Грозный ожидал, что его позовут вернуться на трон. Когда же это произошло, царь продиктовал свои условия: право неограниченной самодержавной власти и учреждение опричнины. Царь неожиданно покинул Москву и уехал с семейством и близкими людьми в Александровскую слободу в 1564 году; отсюда он написал митрополиту и народу о своём намерении оставить престол, потому что не хочет более сносить предательства вельмож, за которых притом заступается духовенство. Встревоженный народ умолял его не покидать царства. Царь согласился, но с условием, чтобы ему не мешали казнить изменников, и учредил в 1565 году опричнину. Так назывался новый двор царя, составленный из людей, вполне ему преданных и большей частью незнатных. На содержание этого двора он отделил часть Москвы и доходы с 20 городов. С января 1565 г. вся территория России была разделена на опричнину и земщину. Земщиной, по-прежнему, управляла Боярская дума. Там действовала старая система приказов. Опричнина управлялась особым «государевым двором», имела свою систему приказов, свою опричную казну и войско. Первоначально в состав опричного удела вошли дворцовые волости и некоторые другие уезды. В состав опричного удела дополнительно были включены Кострома, Старица, часть Новгорода, Обонежская и Бежецкая пятины и ряд других территорий. Позднее в опричнину были взяты обширные земли в разных районах страны, в основном земли, имевшие стратегическое значение. В нее вошли поморские города, города с большими посадами, а также наиболее экономически развитые районы страны. На этих землях поселились дворяне, входившие в опричное войско. Его состав вначале был определен в тысячу человек.

Всё остальное государство получило название земщины, управление которой было поручено временно старым земским боярам. Феодальная аристократия выселялась из опричных уездов. Земли бояр конфисковывались и вместе с крестьянами передавались опричникам. Опричники набирались из разных слоев населения: были среди них князья, дети боярские, дворяне, были и «худородные».

Как отмечают многие исследователи в том числе и Г.В. Вернадский, до приезда Филиппа в Москву не существовало причин для раздора. Взаимодействие Ивана Грозного с митрополитом Макарием не вызвало раздора.[13, с. 82 ] Как говорит С.Ф. Платонов, митрополит Макарий был стар и не решался противостоять начинаниям царя, он боялся за себя и не хотел перечить.[33, с.154] Следовательно можно сделать вывод – что причина конфликта митрополита и царя лежит в сфере личностно – моральных отношений. Как считает Иловайский, «Суть опричнины состояла в том, что Грозный применил к территории старых удельных княжеств, где находились вотчины старых служилых князей – бояр, тот порядок, какой обыкновенно применялся Москвой в завоёванных землях. И отец, и дед Грозного, следуя московской правительственной традиции, при покорении Новгорода, Пскова и иных мест выводили оттуда наиболее видных и для Москвы опасных людей в свои внутренние области, а в завоёванный край посылали поселенцев из коренных московских мест». [17, с. 98]  

По мнению Скрынникова, «опричнина не изменила политической структуры монархии, не уничтожила значение думы как высшего органа государства, не поколебала местнических порядков, ограждавших привилегии знати».[38,с.123] Обратившись к политическим советам Макиавелли в «Государе», мы найдём любопытное соответствие им в некоторых аспектах опричной практики. К ним принадлежат: переселение больших людских масс на новые земли, прямое обращение к народу за одобрением жестоких акций царя, расправа с первым поколением опричников с возложением на них ответственности за все жестокости и преступления. Но нужно сказать, что эти соответствия, даже не будучи случайными и позволяя предположить в основе опричнины некий продуманный план, не проливают света на её цель и конечный смысл.

Как предполагает С.О. Шмидт, опричнина была направлена не только против княжат и бояр, но и против лиц государева двора и верхушки недавно возвысившегося дьячества, то есть против существующей системы управления, существующих правителей, чему и предполагалось противопоставить новую систему управления в виде опричнины. Целью её Шмидт видит установление «вольного самодержавия», которое виделось Грозному единственной законной формой власти в христианском государстве.[50, с.48]

Нужно отметить, что ряд историков во главе с литературоведом С.В. Бушуевым, отмечают сходство между ролью игумена в её описании митрополитом Даниилом и ролью царя в трактовке самого Грозного. Автор делает вывод: государство – что-то вроде большой монастырской общины, царь - какой-то главный общеземский игумен.[12, с. 216]

Почти все писавшие об эпохе Грозного отмечают, что опричнина была организована наподобие монашеского ордена, однако при этом, оговаривают её пародийный игровой характер. [22, с.381] Но если отрешится от стереотипа и увидеть в ней не пародию, а вполне серьёзную попытку создать некий аналог западных духовно-воинских орденов, то получается вывод, что земли, зачисленные в опричнину – пожалование самому иерарху. Учитывая, что Стоглав утвердил не отчуждаемость этой земли, то получается, что будучи «игуменом» новоявленного монашеского братства, Иван мог повести дело так, что все частные дарения и вклады в монастыри фактически бы оказывались дарениями ему самому. Проблема церковной собственности получила, таким образом, вполне однозначное решение. И если царь становился «игуменом», то любая параллельно правящая иерархия, духовная или светская, оказывалась не просто лишней, но и прямой помехой. Отсюда и конфликт с митрополитом, который не побоялся обличить «царя – игумена». Данное предположение подтверждается текстом Жития редакции Милютинской минеи «царь со всем воинством нарядися в черном платьи, и ина же неудобь писанию придати».[5, с.101]

Несоответствие кровавых деяний опричников этому наружному благочестию вызывало резкое осуждение со стороны митрополита Филиппа. Митрополит был одним из немногих в окружении Грозного, кто раньше других понял, что такое опричнина и какую роль ей отводит царь в своих замыслах. Житие говорит: «В сем одеянии странном- не узнаю царя православного, не узнаю и в делах царства»[3, с. 48] Слова эти привели Ивана в ярость, так как митрополит посягнул на сферу, в которую запрещено было вступаться – сферу мирских дел и домового обихода слободского дворца. В этом поступке было явлено величие московского митрополита, понявшего истинную подоплёку царского замысла, и открыто выступившего против него. Именно поэтому ярость царя была столь велика, а расправа столь жестока. Надо отметить такой факт, что при вступлении на митрополичью кафедру, под царским нажимом, Филипп подписал Приговор об избрании на Московскую митрополью Соловецкого монастыря игумена Филиппа, в котором обещался « не вмешиваться в опришнину и в царский домовой обиход не вступаться,митропольи не оставлять и а советывал бы с царём и великим князем, как прежние митрополиты советовали с отцом его Василием и дедомИваном…».[5, c. 102] На основе документа можно сделать вывод, что царь хотел видеть в митрополите послушного своего последователя во всех делах. Предназначение митрополита сводилось к безоговорочному благословлению всех дел государя,в том числе и противоречащих нравственным и церковным канонам, что шло в разрез с личными взглядами Филиппа отсюда конфликт личностный между двумя иерархами. Данный документ был подписан семью епископами и подписан царём, его нарушение – обличительная речь митрополита, влезшего в дела опричнины, развязала руки Ивану Грозному. Рассмотрение положения церкви в эпоху правления Ивана Грозного, даёт ещё несколько причин для конфликта.[35, с.131]