Евсевий (Церк. ист., 6, 22), бл. Иероним (О знаменитых мужах, 61), Фотий (Библиотека, № 121) и сам св. Ипполит (Философумена, 1, 20) упоминают о сочинении Ипполита под названием «Синтагма», или «Против всех ересей». Согласно патриарху Фотию, речь в произведении шла о 32 ересях вплоть до ереси Ноэта. Сочинение утрачено, однако о его содержании можно судить как по ремарке Фотия, так и по приложению к трактату «Об отводе иска еретиков» Тертуллиана и трактату «Панарион» св. Епифания Кипрского: автор приложения и св. Епифаний пользовались «Синтагмой» св. Ипполита в качестве источника. «Синтагма» принадлежит к раннему периоду творчества св. Ипполита: трактат написан при жизни папы Зефирина (199 — 217).

Наиболее существенным из полемических трудов св. Ипполита является «Обличение всех ересей», известное также под названием «Философумена». Оба названия принадлежат св. Ипполиту, но первое относится ко всем 10 книгам произведения, тогда как второе — лишь к его первым четырем книгам, в которых речь идет о греческой философии. Ни в одном из известных перечней произведений св. Ипполита, в том числе у Евсевия (Церк. ист., 6, 22), бл. Иеронима (О знаменитых мужах, 61) и на памятнике из Латеранского музея, не упоминаются эти названия. Патриарх Фотий знал это сочинение под названием «Лабиринт» (Библиотека, № 48). Книга 1 «Философумен» известна науке с 1701 г., однако долгое время она приписывалась Оригену; книги 2 и 3 утрачены; книги 4 — 10 открыты М. Миноидисом в 1942 г. в афонской греческой рукописи XIV в. Цель трактата — доказать антихристианский характер ересей путем выявления их зависимости от языческой философии. В кн. 1 излагается история античной философии от Фалеса до Гесиода; в утраченных кн. 2 — 3 речь шла, вероятно, о языческих культах и обрядах, о мифологии греков и варваров. Кн. 4 посвящена астрологии и магии. В кн. 5 —9 св. Ипполит говорит о ересях, указывая на прямую зависимость каждой из 33 гностических сект от того или иного течения в античной философии. Эти книги являются важнейшим источником по истории гностицизма, поскольку св. Ипполит цитирует гностические писания, не сохранившиеся до настоящего времени. В кн. 10 говорится о ветхозаветной истории и истинной христианской вере. Трактат написан после смерти папы Каллиста, т. е. после 222 г.

Трактат «О Христе антихристе» является самым важным сочинением на данную тему во всей патриотической литературе. Он написан около 200 г. и адресован Феофилу, которого автор называет «возлюбленным братом». В первых главах трактата св. Ипполит говорит, что предметом его будет явление антихриста, его жизнь, деятельность, гонения на христиан, его конец, а также Второе Пришествие Христа, Страшный суд, оправдание праведников и осуждение грешников. Автор называет свой трактат «повестью страшной и исполненной ужаса». Многие современники св. Ипполита считали, что Римская империя есть царство антихриста, а гонение Септимия Севера является последней битвой антихриста с христианами; св. Ипполит, опровергая эти эсхатологические ожидания, доказывает, что Рим соответствует четвертому царству из видения Даниила (см. Дан. 7, 23) и явление антихриста должно произойти позднее. Жизнь «антихриста будет как бы пародией на земную жизнь Иисуса Христа: «Христос явился агнцем, и антихрист явится агнцем, будучи внутри волком; Спаситель был обрезан в мире, и тот подобным образом обрезан будет; Христос послал апостолов ко всем народам, и тот пошлет лжеапостолов». В некоторых утверждениях св. Ипполит следует св. Иринею Лионскому, в других расходится с ним. Трактат сохранился в греческом оригинале, а также в славянской, грузинской и частично армянской версиях.

Экзегетические

Святой Ипполит написал большое количество комментариев к различным книгам Ветхого и Нового Заветов. В них он в основном следовал экзегетическому методу александрийской школы. «Толкование на книгу пророка Даниила» сохранилось целиком в славянской версии и частично в греческом оригинале. Оно написано около 204 г. и представляет собой наиболее ранний комментарий на данную книгу Библии. Толкование состоит из четырех книг. В 1-й книге (видения 1 и 2) излагается история Сусанны, в которой автор усматривает аллегорию Церкви — невесты Христа. Во 2-й книге (видения 3 и 4) речь идет об истории Навуходоносора и трех отроках, а также о четырех царствах, упоминаемых Даниилом: это четыре царства — вавилонское, персидское, греческое и римское. В кн. 3 (видения 5 — 7) св. Ипполит говорит о видениях Навуходоносора — дерева и кисти руки, а также о том, как Даниил был ввержен в ров ко львам; обсуждается важный для современников св. Ипполита вопрос о взаимоотношениях Церкви и государства. В кн. 4 (видения 8 — 12) обсуждаются видение четырех зверей, тексты об овне и козле, о семидесяти седминах, о «царях южных и северных» и о трех персидских царях. В этой же книге содержится наиболее раннее в христианской письменности упоминание о том, что Христос родился 25 декабря, в среду, в 42-й год правления императора Августа. Предполагают, что это упоминание является интерполяцией, однако сделанной весьма рано.

Наиболее полный текст «Толкования на Песнь Песней» сохранился в грузинской версии, но существуют фрагменты на греческом, славянском, армянском и сирийских языках. Хотя грузинская версия заканчивается комментарием на Песн. 3, 7, по-видимому, она воспроизводит толкование св. Ипполита целиком. Толкование представляет собой серию бесед, вероятно произнесенных в церкви. Жених и невеста из Песни Песней рассматриваются в соответствии с александрийской экзегетической традицией как аллегорическое изображение Христа и Церкви или Бога и человеческой души. Толкование св. Ипполита оказало большое влияние на позднейшую западную письменность: бл. Августин использовал его в своем комментарии к 118 псалму.

Трактат «О благословлении Иакова» представляет собой комментарий на Быт. 49. Он сохранился в греческом оригинале, а также в армянской и грузинской версиях.

Трактат «О благословении Моисея» является комментарием к Втор. 33. Он сохранился в армянской и грузинской версиях; лишь два отрывка дошли в греческом оригинале.

«История Давида и Голиафа», представляющая собой комментарий на 1 Цар. 17, также сохранилась только на армянском и грузинском языках.

Из греческого оригинала «Толкования на псалмы», упоминаемого бл. Иеронимом (О знаменитых мужах, 61), сохранилось лишь три фрагмента в цитации бл. Феодорита. На сирийском языке сохранилось предисловие к псалмам, которым в качестве источника пользовался впоследствии Ориген.

Лишь незначительные фрагменты сохранились из сочинения бл. Ипполита «О шести днях творения», «О том, что было после этих шести дней», «О благословении Исаака», «О благословении Валаама», «На песнь Моисея», «На книгу Руфи», «На Элкана и Анну», «Об аэндорской волшебнице», «На Притчи», «На Экклезиаста», «На избранные места из Исайи», «На избранные места из Иезекии-ля и Захарии», «На избранные места из Матфея», «На двух разбойников», «На притчу о талантах», «На Апокалипсис».

Хронологические

«Хроника», написанная св. Ипполитом в 234 г., сохранилась в трех латинских и одном армянском переводах; из греческого оригинала сохранились лишь отдельные фрагменты. Трактат направлен против тех современников св. Ипполита, которые ожидали скорого наступления Судного дня и последующего тысячелетнего царства праведников (хилиазм). Святой Ипполит доказывает, что к моменту написания его книги от сотворения мира прошло только 5738 лет, тогда как конец мира должен произойти после исполнения шести тысячелетий. Значительная часть книги посвящена разделению земли между потомством Ноя (Быт. 10), а также описанию пути из Александрии в Испанию. В качестве источников св. Ипполит пользовался философскими и естественнонаучными трактами античных авторов, а также «Хроникой» Юлия Африкана и «Строматами» Климента Александрийского.

В списке св. Ипполита на его статуе содержится трактат под названием «Определение времени Пасхи». О нем упоминает Евсевий: «Тогда же Ипполит среди прочих "Памяток" написал книгу о Пасхе, где, высчитывая время, дает пасхалию на 16 лет, начиная первым годом царствования императора Александра [Севера]» (Церк. ист., 6, 22). Следовательно, сочинение было написано в 222 г. Сохранились лишь отдельные фрагменты его на греческом и сирийском языках. Святой Ипполит поставил перед собой цель освободить пасхальные вычисления от влияния иудейского календаря и научно вычислить время пасхального полнолуния. Однако не позднее 237 г. вычисления св. Ипполита разошлись с астрономическими данными. Около 243 г. анонимный автор с целью откорректировать пасхалию св. Ипполита, написал трактат «Об исчислении Пасхи»·, ошибочно приписанный св. Киприану Карфагенскому.

Беседы

Беседа «О Пасхе», о которой упоминают древние авторы, долгое время считалась утраченной, за исключением двух фрагментов на сирийском языке и одного на латыни в Актах Латеранского Собора. Однако в 1926 г. X. Мартэн установил, что одна из бесед Златоуста «На Святую Пасху», отнесенная в издании Миня к разряду неподлинных, принадлежит св. Ипполиту. 10 лет спустя ученый подтвердил свою гипотезу, опубликовав рукопись, датируемую VIII —XI вв. и содержащую значительную часть той же беседы под именем «святого Ипполита, епископа Римского и мученика». Однако некоторые детали беседы, напечатанной у Миня под именем Златоуста, в особенности ее антиарианская христология, указывают, что в своем окончательном виде она относится к IV в. По-видимому, проповедь св. Ипполита была прототипом этой беседы, переделанной в IV в. с учетом необходимости противостоять арианам. Беседа, так же, как ее предпологаемый прототип III в., посвящена описанию Ветхозаветной Пасхи как прообраза Новозаветной, прославлению искупительного подвига Иисуса Христа, Его сошествия во ад и победы над смертью.

Сохранился фрагмент «Беседы против ереси Ноэта», представляющий собой предположительно не беседу, а заключительную часть утраченной «Синтагмы». Фрагмент направлен против монархианского и патрипассианского модализма Ноэта.

Что касается «Беседы на Богоявление», то подлинность ее подвергается сомнениям.