Дослідження релігії Батаєм представлено в таких його роботах, як "Теорія релігії" (1948) і "Сума атеології" (1972). При розгляді релігії мислитель, як і інші представники постмодерністської філософії, заперечує традиційні релігійні вчення й культи й атеїстичні концепції, вбачаючи в них, у першу чергу, форми примусу, що придушують "суверенність" людини. Батай не прагне дати закінчене тлумачення релігії, демонструючи свою думку у всієй її мобільності й парадоксальності. У концепції Батая сполучаються різні підходи до осмислення релігії, які можна звести до двох основних - психологічного й соціологічного. Він намагається доповнити марксистське трактування релігії соціологічними ідеями М.Мосса й Е.Дюркгейма, а також психоаналізом З.Фрейда, досліджуючи ірраціональні факти соціального життя. Батай у значній мірі опирається на антропологічне трактування релігії Фейєрбахом і в той же час вводить у свою концепцію далекі німецькому мислителеві елементи містики.

Значеннєвим ядром світоглядної позиції Батая є поняття "інтимного". Відчуття "інтимного", на думку мислителя, було властиво людині, коли вона ще не вийшла із тваринного стану й не мала виразної свідомості. Живучи в єднанні із природою, людина, згідно Батая, не знала насильства й підпорядкування, споживала те, що щедро давала природа, відчувала кожну прожиту мить, не мала потребу в знаряддях праці, абстрактних поняттях, а також і в релігійних віруваннях і культах. Мислитель ідеалізує тваринний стан, що навряд чи задовольняв древню людину, оскільки вона його переборола. Він ігнорує блага, які несла людству цивілізація, життя без яких було б суворим й нетривалим.

Батай зводить сутність будь-якої релігії до прагнення знайти відчуття "інтимного", що втрачається людиною в міру розвитку суспільства. "Інтимне", на думку Батая, не піддається чіткому визначенню. Проте, мислитель вказує на деякі риси, властиві "інтимному". "Властиво інтимним можна вважати те, що у своїх проявах не відзначено печаткою індивідуальності: те, як нечутно струменіє вода в ріці, як прагнуть в нескінченну височінь неозорі у своїй прозорості небеса". Розчинення особистості в безособовому, згідно Батая, веде не до синтезу, що примиряє протилежності, а до їх "змикання", тому що "загальне по-справжньому виявляється лише через сукупність особливостей". "Сукупність особливостей" Батай відмовляється зводити до протилежностей або тотожності, не приймаючи гегелівського діалектичного заперечення. Це положення мислителя одержало подальшу розробку в постмодерністському розумінні розходжень і їх взаємин. Батай відкидає найважливіший принцип гегелівської філософії, стверджуючи тотожність буття й мислення, і в дусі постмодерністської філософії обґрунтовує думку про неможливість раціонального пізнання "інтимного". "Інтимне", на думку мислителя, виявляє себе в поетичній творчості. Поезія, згідно Батая, "не описує нічого, що не зісковзнуло б в область непізнаваного". У фантастичному світі поезії Батай знаходить порятунок від розважливого й усередненого суспільства споживання і від релігії, що пристосовується до його насущних потреб. Батай виступає проти претензій суб'єкта на засноване на раціональному знанні панування над навколишнім світом і на повний контроль своїх дій і вчинків, при цьому абсолютизуючи залежність людини від впливу соціальних сил. [17, 74]

Розчинення особистості в безособовому, на думку Батая, породжує екстатичний стан, який мислитель протиставляє смерті або атараксії, що є станом, подібним смерті. Екстатичний стан він розглядає як шлях повернення з "світу речей", під яким Батай має на увазі соціальну реальність із її утилітарними проектами й цілями, у лоно "інтимного". "Людина являє собою істоту, що втратила, і навіть відкинула те, що вона неусвідомлено собою персоніфікує – те, що не піддається чіткому визначенню інтимне". Сутність людини не зводиться, на думку мислителя, ані до властивостей людського роду, як думав Л.Фейєрбах, ані до сукупності суспільних відносин, як уважав К.Маркс, ані до несвідомого, як затверджував З.Фрейд. Сутність людини, на його думку, не піддається чіткому визначенню й містить у собі всі прояви буття. Розчарування Батая в можливості пізнання людської сутності обумовлено, на нашу думку, глибоким вторгненням у неї розуму на сучасному етапі розвитку знання. Спробою вирватися з утилітарного "світу речей" і знайти "інтимне" Батай пояснює й зміст релігійних обрядів і уявлень. За допомогою жертвопринесення "людина переборює стан внутрішнього розриву, у якому виявляється в силу свого залежного становища в трудовому процесі". Батай виявляє переважно соціальні детермінанти релігії, недооцінюючи залежність людини від сил природи особливо на ранніх етапах існування людського суспільства, що докладно досліджував Фейєрбах. У жертвопринесенні людина заперечує реальність жертви як об'єкта, що, на думку Батая, допомагає виконати покладену на цей ритуал функцію руйнування жертви як речі.

У якості однієї з головних причин збереження релігійних обрядів Батай, слідом за Фейєрбахом, проголошує потреби людини. "Обрядовість як така зберігається в силу того, що вона персоніфікує собою потреби світського світу". Іншу причину відповідно до установки на заперечення пізнаванності об'єктивної дійсності, Батай вбачає "у нездатності людської свідомості перейнятися його (ритуалу) істинним значенням". [17, 74-75]

Батай критикує точку зору (не називаючи при цьому ніяких імен), відповідно до якої жертовне вмертвіння тварини вирішує протиріччя між життям і смертю. Людина, на думку мислителя, може відчути інтимну сутність життя тільки в момент її втрати. Після смерті людини суспільство втрачає не стільки свого члена, скільки істинний зміст свого існування. "Смерть відкриває нам очі на повноту життя й засуджує на небуття реальну світобудову". Жертвопринесення подібно смерті в тому, що відновлює втрачену цінність шляхом зречення від цієї цінності.

У міркуваннях про смерть Батай буквально відтворює думки Фейєрбаха, однак не приймає його матеріалістичних ідей. Батай, на відміну від Фейєрбаха, зв'язує страх смерті із приналежністю людини до "світу речей". Страх смерті, згідно Батая, починає переслідувати індивіда, коли уклад його життя перетворюється в суцільний проект, що характерно для суспільного існування людини або, по термінології Батая, для існування в "світі речей". Мислитель невиправдано гипертрофує роль релігії в суспільстві, а в самій релігії - значення жертвоприношення. Обґрунтовуючи соціальну природу релігії, мислитель показує, як міняється зміст жертвоприношення залежно від зміни суспільного укладу. В архаїчному суспільстві виробництво, на думку мислителя, підлягало потребам  непродуктивного руйнування. Жертвопринесення супроводжується марнотратством, сексуальними оргіями, убивством людей. В архаїчному суспільстві світобудова речей, необхідних для людей, що організується у виробництво, продуктів, сприймалася ними в якості того, що здатне покласти кінець ритуальному насильству. Для імперії, що втрачає характер тісного людського співтовариства, недостатньо моралі, яку запозичила, на думку Батая, у релігії частина проголошених нею законів. Правда, Батай не розкриває їхній зміст. Для забезпечення життєдіяльності імперії необхідне право, що прибігає на відміну від моралі до насильницьких способів впливу. За відмовою від застосування людських жертв пішло приношення в жертву божества, яке проповідується в християнстві. Приношення в жертву божества, з погляду Батая, з'явилося марною спробою вирватися зі "світу  речей" за допомогою піднесення Бога. Капіталістичне суспільство затверджує примат виробничої діяльності над іншими сферами життя суспільства, що, на думку Батая, остаточно позбавляє обряд жертвоприношення, як і інші елементи релігії, змісту. Батай абсолютизує залежність змісту релігійних ритуалів від соціально-психологічних факторів, ігноруючи гносеологічні детермінанти релігії.

Формування понятійного мислення, у тому числі релігійних понять і уявлень, Батай зв'язує з перетворювальною діяльністю людини, опираючись на ідею Маркса про обумовленість свідомості людини цією діяльністю. Формування понятійного мислення, на думку Батая, сприяло становленню суспільної людини й втраті іманентного стану, властивого тварині. Не маючи виразної свідомості, тварина, на думку Батая, нічого не сприймає в тимчасовій довжині, і тому споживається іншою твариною так, начебто її не було у світі.

 Здатність виготовити знаряддя праці за своїм розсудом в відповідності із наміченими результатами свідчить, на думку Батая, про встановлення порядку "світу речей", який мислитель розглядає в якості антипода світу тварин. В "світі речей" свідомість знаходить виразність, дійсність сприймається в часі, виникає відношення супідрядності. "Світ речей" накладає відбиток на того, хто його створив. Знаряддя праці перетворює як природу, так і людину. Вслід за Фейєрбахом Батай стверджує, що "якщо людина й скоряє світ, то лише в тому ступені, у якому вона випустить із уваги, що цей світ і є вона сама: вона відкидає цей світ, але виходить, що відкидає самого себе". Але на відміну від Фейєрбаха Батай зводить буття не тільки до його матеріальних проявів. Релігійні уявлення, на думку мислителя, формувалися в відповідності з потребами, обумовленими способом життя людей в "світі речей". Поява уявлень про "Вищу Істоту", згідно Батая, продиктовано потребою визначити якусь цінність, що перевершувала б інші цінності. Але подібне прагнення до звеличення, на думку мислителя, навпроти, привело до приниження "Вищої Істоти", оскільки воно було уособлено. "Уособлення "Вищої Істоти" об'єктивно приводить до того, що її положення у світобудові виявляється в ряді інших уособлених сутностей однієї з нею природи, які сполучають у собі ознаки як суб'єктів, так і об'єктів". [35, 81]

Уявлення про "Вищу Істоту", на думку Батая, має двоїстий характер. З одного боку, мислитель, слідом за Фейєрбахом, вважає, що людина вподібнює "Вищу Істоту" самому собі, а з іншої сторони, думає, що вона "несе в собі божественні риси знеособленого смутно помітного й іманентного існування". Батай стверджує, що поняття "Вищої Істоти" зводить невимовну й безмежну у своїх проявах божественну реальність до об'єкта, наділеного відмінними рисами й чітко помітними межами. Під впливом зміни суспільного укладу поняття "Вищої Істоти", що виникло в первісних народів, на думку мислителя, трансформувалося в поняття християнського Бога. Розкриваючи зв'язок християнства з первісними віруваннями, Батай критикує ідею християнського Бога. Наділення божественного певними якостями применшує, з точки зору Батая, його природу. Християнські уявлення про "Вищу Істоту", на думку Батая, свідчать не про зрілість світовідчування християн, а про "цілком певне й нічим не заповнене ослаблене сприйняття світу, властиве тваринам", подібні уявлення зародилися ще в первісних народів як перше усвідомлення свого Бога. Батай критикує властиве християнству протиставлення духу й тіла. Це уявлення, на думку мислителя, виникло з невиправданого протиставлення ілюзорного містичного світу, населеного безтілесними парфумами, і світу світського, що складається з речей і тіл.

Дуалістичне світосприймання, на думку Батая, формувалося по мірі взаємопроникнення суспільної моралі й уявлень про божественний світ. Духовний світ, з погляду мислителя поступово став розглядатися як божественний, набуваючи при цьому раціональність і моральне забарвлення. Матеріальному світу почали приписувати поділ на пагубне й доброчесне. Божество в християнстві наділили здатністю впливати на дійсність, що вело до підпорядкування сакрального світу реальному. Християнство, з погляду Батая, за допомогою моралі підкоряє реальну світобудову універсальному порядку розуму.

Опираючись на ідею Фейєрбаха про те, що в християнстві обожнюються духовні сили людини, Батай стверджує, що наділення християнського Бога здатністю діяти раціонально, виходячи з моральних міркувань, відповідає потребам реального світу й веде від світу інтимного. Іманентним для людини стає реальний світ. Людина не знаходить в християнських обрядах втраченого інтимного навіть на час їхнього здійснення. Дуалістичний світогляд, на думку мислителя, не дозволяє людині піднятися над "світом речей", змушуючи розум покоритися верховенству зла, що проривається в сплесках насильства.

У роботі "Внутрішній досвід" (1943), що ввійшла першою частиною в "Суму атеології", Батай критикує християнську мораль порятунку. Мислитель будує заперечливу саму себе теологію - атеологію, виходячи з передумови про вичерпаність традиційних релігій, у яких Батай, слідом за просвітниками, бачить у першу чергу засіб поневолення. Він формулює ряд принципів, на яких базується атеологія. [35, 84]

Перший принцип атеології - це звернення до "внутрішнього досвіду", який припускає відмову від існуючих авторитетів і цінностей, які, на думку філософа, для більшості людей не мають змісту. Батай намагається прорватися до невимовного, у зв'язку із чим у його концепції проявляються риси, властиві версіям негативної теології. Фокін справедливо вподібнює "внутрішній досвід" Батая руху свідомості за межі самого себе, від відомого до невідомого, від внутрішнього до зовнішнього, від життя до смерті. Основою досвіду Батай робить незнання. Мислитель уникає всіх устояних положень і раніше отриманих відповідей. Досвід позбавлений моральних, естетичних, практичних вимірів. Ані Бог, ані пізнання, ані буддійське рятування від страждань не є для Батая переконливими цілями. Екстаз, пережитий у досвіді, на думку Батая, відрізняється від християнської любові. Любов має на увазі володіння, - для неї необхідний об'єкт, який володіє суб'єктом. Саме по собі володіння, на думку мислителя, припускає насильство. Воно підкоряється диктату розуму. Не погоджуючись із насильством, що захлиснуло Європу в ХХ столітті, Батай заходить невиправдано далеко, вбачаючи його прояви навіть у християнській любові. У проголошуваному мислителем досвіді "немає більше ані суб'єкта, ані об'єкта, є зяючий пролом між ними".

Другим принципом атеології Батая є відмова від релігійної ідеї порятунку й всіх супутніх їй надій. Філософ викриває ідею порятунку як вершину будь-якого проекту. Батай гостро критикує протипоставлену ним авторитету й цінності внутрішнього досвіду християнську мораль порятунку.

Третім принципом атеології Батай називає самооспорювання. Мислитель протиставляє свою концепцію догматизму християнства,  який стверджує, на думку мислителя, субстанціональність і одиничність кожної особистості. Людське "Я", пише Батай, не зводиться до якоїсь певної й незмінної єдності. Мислитель, слідом за Ніцше, вважає, що християнство відбиває сподівання слабких і принижених людей. Разом з тим, на думку Батая, не що інше, як крайня приниженість, може стати заставою непомірної гордині, почуття вибраності. При цьому Батай, будуючи атеологію, сам підносить свою особистість на пінакль, тобто туди, де суверенно розташовувалася вища мета християнського знання. Мислитель думає, що "внутрішній досвід вимагає, щоб той, хто відчуває його, для початку підніс себе до небес". Але пінакль є тільки вихідною точкою зору Батая. У цьому місці досвіду мислитель уподібнює себе християнському Богові, запитуючи: "Якби Бог був, чи  не невдача не бути ним?" Розташувавшись на вершині, філософ не звертається до Бога, шукаючи в нього відповіді на хвилюючі його питання, хоча до цього, здавалося б, все розташовує: "Зі мною, ідіотом, Бог говорить із вуст у вуста!", але відвертає свою думку від традиційних форм релігійного знання. [35, 84-85]

Батай критикує догматичні передумови, які задають досвіду неналежні межі: той, хто знає, не може вийти за обрій знаного. Бог, Абсолют, Основа світу, визнані теологією, згідно Батая, - усього лише категорії розуму. На місці незбагненної невідомості виникає мертвий об'єкт теології, якому невідомість підкоряється, "тому що у вигляді Бога темна невідомість, що розкриває екстаз, поневолює себе завданням мого поневолення". Прагнення до пізнання Бога, навіть позбавленого форми й модусу, є зупинкою на шляху до невідомого.

Ми бачимо, що Батай приймає один з основних постмодерністських принципів, що стверджує неможливість раціонального пізнання об'єктивної дійсності. З властивої постмодернізму антитоталітаристською спрямованістю Батай намагається відчути досвід усього того в людині, що ухиляється від влади  знання і Бога, що розуміється мислителем як поняття, що втілює абсолютне знання. У відмові від прагнення до Бога як до ідеалу пізнання Батай знаходить об'єкт атеології. Мислитель переймається переконанням у смерті Бога як об'єкта теології. Смерть Бога уможливлює повернення людини до самої себе, яке, з погляду Батая, здійснюється через переживання смерті, коли думка знаходить можливість стати суверенною, тобто, коли свідомість не має інших об'єктів, крім самого себе.

Атеологія, згідно Батая, веде в "підпілля" людської істоти, призиває вдивитися в те, ким людина є насправді. Замість захвату осяйністю людини божественним світлом атеологія занурює її у хаос і дисгармонію, які властиві реальному життю, руйнуючи стрункість архітектурно-проектуючого мислення, спрямованого до ідеалів гармонії і порядку, яке веде в ілюзорний світ.

Ідеям ідеальної гармонії, вічності, які проповідуються християнством, Батай протиставляє реальну дисгармонію людського існування. Гармонія заперечує реальний кінцевий час людського життя, гармонія вбиває бажання, гармонія нічого не знає про потяг до смерті, про роботу руйнівних сил. Смерть свідчить про ілюзорність віри у встановлення остаточної гармонії.

Таким чином, ми бачимо, що Батай у трактуванні релігії навмисно уникає послідовності, не довіряючи розуму, системам і ієрархіям. З однієї сторони, мислитель у дусі містичних навчань вважає якусь незбагненну й невимовну першооснову буття, - ностальгією за втраченою єдністю людини із цією першоосновою Батай пояснює зміст релігійних уявлень і обрядів. Відповідно до цього трактування, якщо людина намагається побудувати уявлення про Бога, воно неминуче буде відтворювати уявлення про сутність самої людини. У цих міркуваннях Батая проглядається вплив атеїстичних ідей філософів французького Просвітництва й Фейєрбаха. З іншого боку, мислитель веде людину з релігійного сну в реальний світ, за висловом Батая, в "місця блукання й без змісту». Філософ, на противагу східним містичним навчанням і християнському аскетизму, гіпертрофує невгамовне бажання, яке не знає спокою й пересичення, яке тягне людину одночасно до непомірного щастя й страждання. Батай, хоча й не заперечує існування абсолютного початку, маючи на увазі під ним щось невимовне словами й збагненне тільки містичними засобами, затверджує непізнаваність його сутності. Богові, по образному вислову Батая, "...відомо лише його Ніщо, от тому він переконаний атеїст: інакше в цю ж годину він перестав би бути Богом (якби він визнав себе Богом). На місці його моторошної відсутності виявилася б недоумкувата, і одуріла присутність". Батай піднімає страсті в протилежність християнському аскетичному ідеалу, що проголошує помірність і смиренність.

Мислитель покладає надії на виразне осмислення реальної світобудови (хоча, як ми знаємо, заперечує плодотворність розуму в пізнанні світу ), під яким має на увазі, у першу чергу, відмову від традиційних міфологій: "Свідомість, як би вона не відверталася від інтимної світобудови, яка у плані пізнання являє собою не що інше як світ міфології, не могла досягти виразності при осмисленні предметів доти, поки вона перебувала в полоні в міфічних уявлень". Батай хотів би, щоб свідомість вирвалася за межі міфічних уявлень, іншими словами, абстрактних понять теології й метафізики. Труднощі сполучення виразної свідомості з інтимною світобудовою, на думку мислителя, пов'язана з розходженням способів існування в часі. Прояви інтимного порядку швидкоплинні, пізнання - тривалий в часі процес. Незважаючи на заперечення Батаєм розуму, деякі його судження свідчать про приховане визнання мислителем значення раціонального пізнання дійсності.

Батай бачить ненадійність традиційних релігійних поглядів у тому, що вони переживають зміни під впливом світобудови речей, отже, віруючий і не думає про те, щоб впливати на цей порядок. Всі віровчення, замість того, щоб впливати на світ, висувають на противагу йому лише моральні обмеження. Мислитель думає, що світобудова інтимна не в змозі розвінчати світобудову речей. Проте, Батай вірить, що реальний світ, який досяг піку у своєму розвитку, може бути повалений шляхом переродження в напрямку "інтимного".

Таким чином, на відміну від традиційних релігій і атеїстичних вчень Батай пропонує своєрідний світогляд, який має на меті інтенсифікацію людського життя, неможливу в рамках існуючих соціальних і релігійних обмежень. Мислитель не згідний з пануванням над людиною різних форм примусу, які стали у сучасну епоху повсюдними. Хоча судження Батая про релігію є значною мірою відтворенням ідей попередників (в першу чергу, Фейєрбаха й Ніцше), заслуговує на увагу нетрадиційна постановка й рішення релігієзнавчих проблем. Мислитель уникає раціональної, системної, світоглядної, навіть суб'єктивної визначеності, не погоджуючись з будь-яким обмеженням. Думка Батая відбиває хаотичну й розірвану сучасну дійсність. Його стиль мислення в значній мірі засвоїли багато представників сучасної французької думки, вбачаючи в підході мислителя єдиний адекватний спосіб рішення сучасних проблем.