При применении упрощенной системы существуют ограничения для предприятий (индивидуальных предпринимателей), ведущих определенные виды деятельности.

Не могут применять упрощенную систему:

1) банки;

2) страховщики;

3) негосударственные пенсионные фонды;

4) инвестиционные фонды;

5) профессиональные участники рынка ценных бумаг;

6) ломбарды;

7) организации и индивидуальные предприниматели, занимающиеся производством подакцизных товаров, а также добычей и реализацией полезных ископаемых, за исключением общераспространенных полезных ископаемых;

8) организации, осуществляющие деятельность по организации и проведению азартных игр;

9) нотариусы, занимающиеся частной практикой, адвокаты, учредившие адвокатские кабинеты, а также иные формы адвокатских образований;

10) организации, являющиеся участниками соглашений о разделе продукции;

11) организации и индивидуальные предприниматели, перешедшие на систему налогообложения для сельскохозяйственных товаропроизводителей (единый сельскохозяйственный налог) в соответствии с гл. 26.1 НК РФ;

12) казенные и бюджетные учреждения;

13) иностранные организации;

14) организации и индивидуальные предприниматели, не уведомившие о переходе на упрощенную систему налогообложения в установленные сроки;

15) микрофинансовые организации;

16) частные агентства занятости, осуществляющие деятельность по предоставлению труда работников (персонала).

Кроме ограничений, связанных с осуществлением организацией (ИП) определенных видов деятельности, НК РФ накладывает и иные ограничения, наличие которых не позволяет воспользоваться УСН.

Ограничения, связанные с организационной структурой предприятия

Налагается запрет на применение упрощенной системы для организаций, имеющих филиалы (если обособленное подразделение не является филиалом, то организация вправе применять упрощенную систему).

Ограничения по средней численности работников

Предел перехода на УСН для всех организаций (ИП) вне зависимости от отраслевой принадлежности составляет 100 человек. Средняя численность работников определяется в порядке, установленном приказом Федеральной службы государственной статистики от 24.10.2011г. № 435 «Об утверждении Указаний по заполнению форм федерального статистического наблюдения…».

В соответствии с п. 77 Указаний средняя численность работников включает в себя:

- среднесписочную численность работников;

- среднюю численность внешних совместителей;

- среднюю численность работников, выполнявших работы по договорам гражданско-правового характера.

Ограничение по участию в уставном капитале юридических лиц

Не имеют право применять УСН организации, в которых доля участия других организаций составляет более 25%. Данное ограничение не распространяется на ряд организаций, определенных п. 14 ст. 346.12 НК.

Ограничение по стоимости основных средств

Организации, у которых остаточная стоимость основных средств, определяемая в соответствии с законодательством РФ о бухгалтерском учете, превышает 150 млн. руб., не вправе применять УСН. В расчет принимаются основные средства, которые подлежат амортизации и признаются амортизируемым имуществом в соответствии с гл. 25 НК.

У ИП ограничения по стоимости амортизируемого имущества отсутствует (т. е. ИП вправе применять УСН независимо от стоимости имеющегося у него имущества).

Ограничение по доходу

а) для того, чтобы организация могла перейти на УСН, сумма всех доходов (доходы от реализации и внереализационные доходы) (без учета НДС) за 9 мес. того года, в котором организация уведомляет налоговый орган о переходе на УСН с 2017 года не должна превышать 112,5 млн. руб. (при переходе на УСН с 1 января 2018 года).

При этом для ИП условие относительно предельного размера дохода от предпринимательской деятельности для перехода на УСН отсутствует.

б) организации и индивидуальные предприниматели обязаны прекратить применение УСН и считаются перешедшими на общий режим налогообложения в случае, если по итогам налогового (отчетного) периода доход налогоплательщика с 2017 года превышает 150 млн. руб.

На 2017 - 2019 годы действие нормы об индексации предельной величины доходов приостановлено, а на 2020 год коэффициент-дефлятор будет равен 1.

При совмещении общей системы налогообложения и ЕНВД предельную величину доходов для целей перехода на УСН определяют только по видам деятельности, облагаемым в соответствии с ОСНО. Сумма доходов, полученных от облагаемых ЕНВД видов деятельности, при переходе на УСН не учитывается.

В случае, если налогоплательщик-ИП применяет одновременно упрощенную систему налогообложения и патентную систему налогообложения, при определении величины доходов от реализации, учитываются доходы по обоим указанным специальным налоговым режимам.

Если же до перехода на УСН организация уплачивала только ЕНВД, то на нее ограничение по лимиту дохода не распространяется.

Оформление перехода на упрощенную систему налогообложения

Организации и индивидуальные предприниматели, соблюдающие вышеуказанные критерии могут перейти на УСН в добровольном порядке. Перейти на УСН можно только с начала налогового периода, т.е. с 1 января очередного года. Особые положения установлены:

- для вновь созданных организаций (вновь зарегистрированных предпринимателей). Они вправе применять «упрощенку» с даты постановки на учет в налоговом органе;

- для налогоплательщиков, которые переходят на УСН в связи с упразднением другого спецрежима – ЕНВД. Они могут работать на «упрощенке» с начала того месяца, в котором прекратилась обязанность по уплате ЕНВД.

Для перехода на УСН необходимо не позднее 31 декабря года, предшествующего году применения УСН, в налоговый орган по месту нахождения (месту жительства) должно быть подано Уведомление о переходе на УСН. Если уведомление будет направлено позже установленного срока, применять УСН организация (ИП) не сможет. Рекомендуемая форма уведомления о переходе на УСН утверждена Приказом ФНС России от 02.11.2012 № ММВ-7-3/829@. Уведомление может быть подано в электронном виде.

В уведомлении указывается выбранный объект налогообложения. Организации указывают в уведомлении также остаточную стоимость основных средств и размер доходов по состоянию на 1 октября года, предшествующего календарному году, начиная с которого они переходят на УСН.

Вновь созданная организация и вновь зарегистрированный индивидуальный  предприниматель вправе уведомить о переходе на упрощенную систему налогообложения не позднее 30 календарных дней с даты постановки на учет в налоговом органе.

Налогоплательщики, применяющие ЕНВД, могут перейти на УСН в течение календарного года. Для осуществления такого перехода организациям и индивидуальным предпринимателям следует представить в налоговый орган:

- заявление о снятии с учета в качестве плательщика ЕНВД в течение пяти рабочих дней со дня прекращения деятельности;

- уведомление о переходе на УСН.

После того как предприятие (ИП) начинает работать по УСН, добровольно вернуться на прежний режим налогообложения до конца года нельзя.