Вступила на престол в 16-летнем возрасте, Аббас I (1587 - 1629) довольно рано начал проводить свою собственную политику. Своему воцарению (на тот момент было несколько претендентов на трон) Аббас был во многом обязан персидской гражданской бюрократии, среди которой он вырос. В 1587 году, в разгар войны с узбеками, Аббас, воспользовавшись отсутствием отца, занял столицу Казвин, где был поддержан кызылбашской и персидской знатью. Он был не прочь ликвидировать различия между гражданской персидской бюрократией и потомственным военно-феодальным сословием кызылбашей. Аббас сурово отомстил эмирам племен, которые были виновны в смерти его матери Махди Улья брата Хамзы: сразу после восшествия на престол строил казни заговорщиков в Казвине. Затем были казнены эмиры, выступившие против регента Муршидкули-хана Устаджлу. Был издан указ о поголовном истреблении противников хана в Казвине. Основную роль в ограничении традиционных прав кызылбашских военачальников на участие в управлении страной сыграла ликвидация дивана (военного совета), восстановления которого требовали выступившие против регента представители высших военных кругов. Ответ шаха, за которым последовала казнь дерзких эмиров, был короток и ясен: «В настоящее время следует позабыть тот порядок, право решать важнейшие государственные дела принадлежит падишаху».

Чтобы окончательно смирить кызылбашей, необходимо было расправиться с самим Муршидкули-ханом. В 1589 году он был убит, на следующий день был казнен другой претендент на регентский пост — Мухаммед-хан Туркман. Несмотря на внешнюю схожесть этих казней с политическими убийствами, имевшими место ранее, значение террора шаха Аббаса носило принципиально иной характер. Раньше речь шла только о перераспределении власти между кызылбашскими племенами, об их влиянии на монарха. Все эмиры при внешней почтительности к шахской власти, стремились править сами, ограничивая монарха. Шахи, в свою очередь, вынуждены были это учитывать и лавировать между племенами. Монархия была ограничена влиятельнейшим военно-феодальным кызылбашским сословием, неоднократно происходили заговоры и перевороты. Аббас же сделал свою власть по-настоящему неограниченной. В своей политике он опирался, прежде всего, на персидскую бюрократию, персидский торгово-промышленный элемент городов и лишь частично на лояльные слои кызылбашей.

При Аббасе происходило быстрое экономическое развитие внутренних, персидских районов страны, в то время как окраины, в том числе и Азербайджан, истощались и разорялись непрерывными военными действиями. Шахом был проведен порядок укомплектования войск ополчения по принципу племенной разнородности. Это разрушило основы племенных соединений, на которые, как на незыблемые столпы, опиралось ранее азербайджанское кызылбашское государство Сефевидов.

Аббас фактически заново объединил страну, отвоевав области у кызылбашских правителей, которые в начале 1580-х годов заявили о своей полной самостоятельности. По отношению к кызылбашским заговорщикам и сепаратистам следовали беспощадные казни. Всего погибло не менее половины общего числа влиятельных ханов и эмиров. Суровость и жестокость Аббаса имела во многом вынужденный характер. Персидская гражданская знать была освобождена от смертной казни.

Подавив смуту, Аббас стал готовиться к войне с Турцией для отвоевания утраченных в 1590 году территорий. Была реорганизована армия. Большую роль продолжала играть кызылбашская кавалерия, однако сюда были допущены и неазербайджанцы: курды, джагатаи и др. В 1629 году, кроме 37 кызылбашских эмиров, были 2 талыша, 17 курдов, 12 джагатаев и 8 др. Большую роль приобрела особая гвардия — куллары. Они вербовались главным образом из юношей армянского, грузинского и черкесского происхождения (черкесами назывались северокавказские горцы, в тот период — язычники), которые принудительно обращались в ислам и воспитывались при дворе по специальному режиму. Они были безоговорочно преданы шаху и использовалась как во внешних войнах, так и против заговорщиков Был создан специальный род войск — корпус мущ. кетеров-туфенгчиев. Это была пехота с огнестрельным оружием по европейскому образцу. В истории Сефевидов такого еще не было. Во главе корпуса при Аббасе стоял начальник (туфенгчи — агаси) Мир Фатах, видный полководец, перс. Огромное большинство туфенгчиев было персами из различных районов Ирана. Четвертым отрядом вооруженных сил стала артиллерия, причем пушки научились отливать в самом Иране. По некоторым данным, при Аббасе было 500 орудий. Пушки в основном отливались вблизи театра военных действий, обычно при осаде крепостей. Фактически Аббасом была создана регулярная армия (в основном из персов), тем самым подорвана монополия кызылбашей на военное дело, хотя кызылбашская конница еще имела большое значение.

В своей внутренней борьбе шах Аббас за счет конфискации земель сепаратистов создал огромный домен, который стал опорой его экономического могущества. За счет эксплуатации своих земель шах мог содержать большой бюрократический аппарат и армию. В 1598 году Аббас перенес столицу из Казвина со смешанным азербайджанско-персидским населением в чисто иранский город Исфахан.

В 1599 году иранская армия под Гератом разбила узбекское войско Дин-Мухаммед-хана Узбека, после чего распространила свое влияние на Мовер-нанахр, обеспечив себе возможность вмешиваться в дела назначения ханов. Было достигнуто спокойствие на восточных границах и созданы условия для целенаправленной войны на одном, западном направлении — против Турции.