Во время войны действовали обычные общесоюзные, республиканские и местные органы власти и управления.

Верховный Совет СССР.

На срок войны были продлены полномочия ВС СССР, которые истекали осенью 1941 г. Выборы были проведены лишь в марте 1946 г.

За время войны было три сессии Верховного Совета, посвященные ратификации союзных договоров, бюджету и расширению прав союзных республик в области обороны и внешних сношений. Кроме того, создавались чрезвычайные органы. При СНК СССР был создан Совет по эвакуации и другие специальные органы: Комитет по учету и распределению рабочей силы, Управление по эвакуации населения, Управление по гособеспечению и бытовому устройству семей военнослужащих и др. В сентябре 1941 г. был создан Наркомат танковой промышленности, а в ноябре - Наркомат минометного вооружения.

Госплан.

С первых дней войны Госплан перешел к составлению военно-хозяйственных планов. Первый такой план на III квартал 1941 г. был представлен через неделю после начала войны, а в августе - уже план до конца 1942 г. Органы статистики регулярно проводили срочные переписи имеющихся в стране материалов и оборудования (за время войны было проведено 105 переписей). Создавались чрезвычайные хозяйственные организации.

Так, 8 июля 1941 г. были созданы особые строительно-монтажные части (ОСМЧ), которые быстро перебрасывались с места на место для строительства и монтажа оборонных предприятий. Было создано 100 крупных ОСМЧ с 400 тыс. человек (они находились на казарменном положении), а всего в ОСМЧ было преобразовано 90% организаций Наркомата строительства. За годы войны наркомат заново построил в восточных районах 3500 крупных предприятий и восстановил в европейской части 7500 предприятий.

Государственный Комитет Обороны.

Был учрежден Государственный Комитет Обороны (ГКО), сосредоточивший всю полноту власти в вопросах войны (возглавил его И.В. Сталин). Вначале в ГКО входило 5 человек, затем - 9. ГКО не имел своего аппарата и использовал аппарат СНК СССР и ЦК ВКП(б). В прифронтовых городах создавались городские комитеты обороны (всего более 60).

НКВД СССР.

В июле 1941 г. органы госбезопасности и охраны общественного порядка вновь объединились в один НКВД СССР. Когда в 1943 г. военная обстановка улучшилась, они были опять разделены. При этом органы военной контрразведки были выведены из состава НКВД и переданы в наркоматы обороны и военно-морского флота (Главное управление контрразведки СМЕРШ).

В местностях, объявленных на военном положении, все полномочия власти в области обороны, обеспечения порядка и госбезопасности передавались Военным Советам фронтов, армий, военных округов. Они могли издавать постановления, неисполнение которых влекло ответственность вплоть до уголовной.

ноября 1942 г. была образована Чрезвычайная государственная комиссия по установлению и расследованию злодеяний немецко-фашистских захватчиков и их сообщников и причиненного ими ущерба. В ее состав были введены видные общественные деятели (писатель А.Н.Толстой, академик Е.В.Тарле, митрополит Николай и др.).

Комиссия собрала и систематизировала огромный фактический материал. На оккупированной территории разными способами оккупанты непосредственно уничтожили 6,39 млн. человек гражданского населения; 5,62 млн. гражданских лиц были насильно вывезены на работы в Германию, из них более 2,8 млн. погибли в Германии и около 0,6 млн. скончались сразу после репатриации от тяжелых болезней и увечий.

Союзные республики.

Были расширены права союзных республик: в 1944 г. учреждены наркоматы обороны республик. Тогда же союзным республикам были предоставлены полномочия в области внешних сношений и созданы наркоматы иностранных дел. Белорусская и Украинская ССР участвовали в учреждении ООН и подписании ее Устава.

Вооруженные силы.

июня 1941 г. по решению СНК СССР и ЦК ВКП(б) для стратегического руководства вооруженными силами была создана Ставка Верховного Главнокомандования, в которую вошли члены Политбюро и руководители Наркомата обороны. С 10 июля ее возглавил И.В.Сталин. 19 июля И.В.Сталин был назначен Наркомом обороны, а 8 августа Главнокомандующим вооруженными силами. Генштаб был переподчинен Верховному Главнокомандующему и стал оперативным органом Ставки. При Ставке был также создан Центральный штаб партизанского движения.

С июля 1941 г. по октябрь 1942 г. в вооруженных силах существовал институт военных комиссаров, однако без права контроля над командным составом. В январе 1943 г. для личного состава Красной Армии были введены новые знаки различия - погоны; учреждены ордена: Победы, Славы, Отечественной войны, Суворова, Кутузова, Нахимова, Невского и др.

Военные трибуналы.

22 июня 1941 г. были учреждены военные трибуналы в районах военных действий и местностях, объявленных на военном положении. Они рассматривали все преступления, совершенные военнослужащими, а также все дела о преступлениях против обороны, общественного порядка и госбезопасности, хищениях социалистической собственности, разбоях, убийствах, уклонении от исполнения всеобщей воинской повинности. Жалобы и протесты на приговоры трибуналов не допускались. Лишь о приговорах к высшей мере сообщалось телеграммой председателю Военной коллегии Верховного Суда СССР, и если до истечения 72 часов она не истребовала дело, приговор приводился в исполнение. В 1943 г. было объявлено военное положение на железнодорожном, речном и морском транспорте. Работники транспорта объявлялись мобилизованными до конца войны.

По Приказу Наркома обороны СССР от 28 июля 1942 г. в армиях были сформированы по 3-5 заградительных отряда. Они ставились в тылу неустойчивых дивизий и обязаны были в случае паники и беспорядочного отхода расстреливать на месте паникеров и трусов. В публицистике последних лет эта мера представлена как неоправданная жестокость, хотя сведений о расстрелах заградотрядами не приводилось. На деле это была мера психологического воздействия. Она была введена после того, как опыт первого года войны показал, что самые большие потери войска несли при панике и беспорядочном отходе.