Судебная защита местного самоуправления занимает особое место среди юридических гарантий, так как обеспечивает возможность защиты нарушенных прав, решения возникших споров с помощью независимого правосудия. Поэтому в статье 11 Европейской хартии местного самоуправления указано, что органы местного самоуправления должны иметь право на судебную защиту для обеспечения свободного осуществления ими своих полномочий и соблюдения закрепленных в Конституции или внутреннем законодательстве принципов местного самоуправления. Право на судебную защиту выделено в статье 133 Конституции Российской Федерации в качестве особой гарантии местного самоуправления. Более детально такая защита регламентируется федеральным процессуальным законодательством. Раньше оно закреплялось в статье 46 Федерального закона от 28 августа 1995 г. № 154-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», но, к сожалению, не получило отражения в аналогичном Федеральном законе № 131-ФЗ от 31.10.2003 г.

Судебная защита местного самоуправления может осуществляться всеми видами судов. Так, в п. 2 статьи 251 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации установлено, что с заявлением о признании нормативного правового акта противоречащим закону полностью или в части в суд вправе обратиться в том числе орган местного самоуправления, глава муниципального образования, считающие, что принятым и опубликованным в установленном порядке нормативным правовым актом нарушена их компетенция. Пленума Верховного Суда Российской Федерации в своем Постановлении от 20 января 2003 г. № 2 «О некоторых вопросах, возникших в связи с принятием и введением в действие ГПК Российской Федерации» со ссылкой на статью 133 Конституции Российской Федерации расширил эту норму, указав, что органы местного самоуправления и главы муниципальных образований вправе обращаться в суды с заявлениями об оспаривании нормативных правовых актов не только в случае, указанном в части 2 статьи 251 Гражданского процессуального кодекса Российской Федерации (когда нарушена их компетенция), но и в иных случаях нарушения оспариваемым актом прав местного самоуправления.

Помимо судов общей юрисдикции защита прав местного самоуправления осуществляется в арбитражном судопроизводстве. В частности, в соответствии с ч. 2 статьи 192 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации органы местного самоуправления вправе обратиться в арбитражный суд в случаях, предусмотренных данным Кодексом, с заявлениями о признании нормативных правовых актов недействующими, если полагают, что такой оспариваемый акт или отдельные его положения не соответствуют закону или иному нормативному правовому акту, имеющим большую юридическую силу, и нарушают права и законные интересы граждан, организаций, иных лиц в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности.

Судебная защита прав местного самоуправления от их нарушения в законах обеспечивается и конституционным правосудием. Конституционный Суд Российской Федерации вынес ряд решений, имеющих принципиальное значение для развития местного самоуправления. В 1995–2004 годах из 4062 обращений по вопросам организации публичной власти, на местное самоуправление приходится 1493 обращения, то есть больше трети[32]. А среди всех постановлений Конституционного Суда Российской Федерации доля постановлений по вопросам местного самоуправления составляет около 10%, то есть 258 (на 1 января 2008 года)[33]. Следует отметить, что сами органы местного самоуправления Конституцией Российской Федерации и федеральным конституционным законом «О Конституционном суде Российской Федерации» не наделены правом обращения в Конституционный Суд. Поэтому первоначально Конституционный Суд Российской Федерации отказывал органам местного самоуправления в принятии поступивших от них жалоб, так как органы местного самоуправления не подпадают под признаки общественного объединения граждан, имеющего право на обращение в Конституционный Суд Российской Федерации [34]. Но затем его позиция кардинально изменилась. Так, в постановлении по жалобам А.Г. Злобина и Ю.А. Хнаева Конституционный Суд, других решениях допускал возможность обращения муниципальных образований как территориальных образований граждан, коллективно реализующих право на осуществление местного самоуправления[35].

Конституционные (уставные) суды субъектов Российской Федерации создаются субъектом Федерации, в том числе и для рассмотрения вопросов соответствия актов органов местного самоуправления конституции (уставу) региона (статья 27 Федерального конституционного закона «О судебной системе Российской Федерации»). Во многих субъектах Российской Федерации органы местного самоуправления наделены правом обращения в конституционные (уставные) суды. В компетенцию конституционных (уставных) судов может входить и рассмотрение споров о компетенции между органами государственной власти и органами местного самоуправления. Но возможность защиты прав местного самоуправления органами конституционной юстиции субъектов федерации ограничена тем, что данный вид судов не получил большого распространения и на 2008 год существует только в 16 субъектах федерации.

На практике возникал вопрос о праве органов местного самоуправления обратиться с защитой нарушенных прав в Европейский Суд по правам человека. В Европейском суде рассмотрению подлежат лишь дела, вытекающие из нарушения прав и свобод человека, предусмотренных Конвенцией о защите прав человека и основных свобод от 4 ноября 1950 года. Однако в ней не нет права  на осуществление местного самоуправления, поэтому защита рассмотрение жалобы в Европейском Суде по правам человека возможно, если заявитель сможет доказать, что в сфере местного самоуправления нарушены права, предусмотренные Конвенцией: свобода собраний и объединений; право на эффективное средство правовой защиты; право на защиту собственности; право на свободные выборы. На сегодняшний день Европейский Суд по правам человека считает органы местного самоуправления ненадлежащими заявителями (дела « Клейфейт, Легрос против Бельгии» и «Бусс-Клибом против Соединенного Королевства»), а нарушение прав при проведении муниципальных выборов, по его мнению,  не подпадает под защиту Конвенции, так как последняя говорит о выборах в законодательные органы власти (дело бывшего мэра Владивостока В. Черепкова)[36].