В период своего пребывания в Сирии султан Селим I созвал собрание представителей различных сирийских городов и областей. Он лично выслушивал пожелания собравшихся, разбирал жалобы и улаживал конфликты. По распоряжению султана были значительно снижены налоги и торговые пошлины, произведена перерегистрация земель, сняты некоторые наиболее одиозные ограничения с немусульманских общин. Христианам и иудеям османские правители разрешали свободно отправлять свой культ и даже даровали права религиозно-юридической автономии, позволяя христианским епископам и иудейским раввинам самим собирать налоги со своих единоверцев и разбирать свои внутриобщинные дела в своих религиозных судах.

В первые годы после разгрома мамлюков Сирия сохраняла в составе Османской империи значительную долю внутренней автономии. Интеграция Сирии в военно-административные структуры империи происходила постепенно. В 1518 г. правителем Сирии от имени османского султана был назначен Джанберди аль-Газали — один из мамлюкских военачальников, перешедший на сторону османов. Поначалу он проявлял по отношению к османскому султану полную лояльность, но

после смерти Селима I в 1520 г. аль-Газали отказался присягнуть новому султану Сулейману I (1520—1566) и поднял мятеж. Его войскам удалось изгнать османские гарнизоны из Дамаска и ряда других городов Сирии, но взять Халеб мятежники не смогли, а затем потерпели сокрушительное поражение от подошедших из Анатолии свежих османских войск. Сам аль-Газали пытался спастись бегством, но был схвачен и казнен, а автономия Сирии упразднена. Страна была разделена на три провинции (эйалета) — Дамаск, Халеб и Триполи (Тараблюс — город на побережье нынешнего Ливана). Позднее, в XVII в. из прибрежных округов эйалетов Дамаск и Триполи была создана еще одна провинция — Сайда. В целом, можно сказать, что в XVI в. на Сирию была распространена система османского провинциального управления.

Во главе каждой провинции стоял назначенный Портой губернатор (вали). Эйалет делился на более мелкие административно-территориальные единицы — санджаки, а те, в свою очередь, — на казы, административно-судебные округа. Минимальной судебно-податной единицей в составе каза являлась нахийя, объединявшая несколько деревень; иногда каза и нахийя совпадали. В Сирии каза и нахийя управлялись, как правило, представителями местной родовой знати с титулами шейхов. Границы административных единиц всех уровней неоднократно менялись. Так, например, в состав эйалета Халеб (Алеппо) иногда включались некоторые районы южной Анатолии, еще более неопределенными были восточные и юго-восточные границы эйалетов Дамаск и Алеппо. Фактически установить надежный и эффективный контроль над кочевой и полукочевой периферией османским властям вплоть до второй половины XIX в. не удалось.

Горный Ливан обладал особым статусом. Он представлял собой вассальное территориальное образование, пользовавшееся значительными правами автономии и управлявшееся своими собственными правителями — эмирами, хотя формально северные округа Горного Ливана (Джэбэль-Любнан) входили в состав эйалета Триполи, а южные — в состав эйалета Сайда. Особая ситуация сложилась в Палестине, хотя официально ее территория входила в состав Дамаскского и Сайдского эйалетов. Округ Иерусалим (аль-Кудс) иногда состоял под управлением мутасаррифа — чиновника в ранге паши, подчинявшегося непосредственно Порте, а не губернатора (вали) Дамаска, хотя официально территория округа продолжала оставаться в составе Дамаскского эйалета.

Каждый губернатор провинции (вали) являлся полномочным представителем Порты (так европейцы именовали центральное правительство Османской империи). Вали в сирийских провинциях носили, как правило, титул паши и приравнивались по рангу к везирю — министру султанского правительства. Срок полномочий вали формально ограничивался одним годом, по истечении которого поступало распоряжение о продлении срока пребывания в должности, либо же паша оставлял свой пост. Прерогативы вали были весьма обширны. Высокопоставленный чиновник, занимавший этот пост, руководил провинциальной администрацией, обеспечивал регулярный сбор налогов и отправку податных сумм в султанскую казну. Кроме того, в качестве главнокомандующего войсками на территории вверенной ему провинции, вали отвечал за поддержание общественного порядка на территории эйалета и оборону границ от внешней опасности. Кроме того, вали осуществлял ряд судебных функций: рассматривал дела по наиболее важным уголовным и государственным преступлениям и выносил по ним приговоры в соответствии с султанскими канунами (законодательными установлениями). Вали провинции Дамаск помимо этого отвечал за организацию и проведение ежегодного паломничества мусульман к святым местам Мекки и Медины (хадж), носившего статус общегосударственного мероприятия.

Вторым человеком после вали в иерархии провинциальной администрации являлся кади (мусульманский судья), осуществлявший функции судьи и арбитра по уголовным и гражданским делам в соответствии с мусульманским правом. Помимо судебных функций, кади осуществлял также контроль над деятельностью различных религиозных учреждений и учебных заведений.

На одну ступень ниже кади по степени влияния стоял муфтий административного центра провинции, выносивший официальное религиозно-правовое заключение по поводу принимаемых администрацией провинции (в первую очередь губернатором) решений. Муфтий «по совместительству» нередко возглавлял диван — временный консультативный совет, куда, помимо кади и муфтия, входили также дефтердар (глава провинциального финансового ведомства), накыб алъ-ашраф —

глава объединения потомков Пророка, сирдар — командир янычарского гарнизона, субаши — начальник нерегулярных полицейских формирований, а также ряд других лиц — представителей провинциальной знати (аянов). Диван не был постоянно действующим органом и обладал лишь совещательными правами. При особе вали состоял личный советник в помощник — кетхуда, а также мутасаллим, выполнявший все функции вали во время его отсутствия в административном центре эйалета.