Государственное регулирование отношений недропользования осуществляется через систему органов управления, определение задач, функций и полномочий которых базируется на законодательно закрепленном разграничении компетенции органов власти РФ, субъектов РФ и органов местного самоуправления в сфере отношений недропользования.

Законодательство о недрах определило, что государственное регулирование отношений недропользования осуществляется по трем основным направлениям — управление, учет и контроль.

Государственное управление в сфере недропользования осуществляется Президентом РФ, Правительством РФ, министерствами и ведомствами в пределах их полномочий, органами исполнительной власти субъектов РФ, федеральным органом управления Государственным фондом недр, в качестве которого в настоящее время выступает МПР. В соответствии со своим статусом МПР, как федеральный орган управления государственным фондом недр, и его территориальные органы не могут выполнять функции управления хозяйственной деятельностью предприятий, осуществляющих разведку и разработку месторождений полезных ископаемых либо строительство и эксплуатацию подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, и заниматься коммерческой деятельностью.

Специфическим, не единственным, но, пожалуй, наиболее действенным направлением государственного управления недропользованием является бюджетное регулирование, реализуемое через бюджетную систему, функционирование которой определяется ФЗ «О бюджетном кодексе» [95] и ФЗ «О бюджетной классификации» [97].

Действенность бюджетного регулирования обеспечивается тем, что годовой бюджет и Федерации и субъектов РФ принимается в форме закона. В расходной и доходной частях федерального бюджета, в бюджетах субъектов РФ, а также бюджетах органов местного самоуправления деятельность в сфере недропользования выделяется отдельными позициями. Перечень этих позиций периодически видоизменяется в зависимости от текущих задач отрасли.

В составе доходной части федерального бюджета в соответствии с [100] выделяются следующие виды поступлений.

1. В составе налоговых доходов:

— акцизы на природный газ;

— налог на добычу полезных ископаемых, платежи за проведение поисковых и разведочных работ, пользование недрами в целях, не связанных с добычей полезных ископаемых, платежи за пользование недрами при реализации СРП и др.

2. В составе неналоговых доходов:

— доходы от деятельности государственного совместного предприятия «Вьетсовпетро»;

— доходы от реализации СРП;

— возмещение инвестором прошлых затрат государства на проведение геологоразведочных работ при реализации СРП;

— стоимость реализованной прибыльной продукции, принадлежащей государству по СРП.

В составе расходной части федерального бюджета выделяются следующие статьи расходов, учитывающие затраты на недропользование:

— топливно-энергетический комплекс;

— пополнение государственных запасов драгоценных металлов и драгоценных камней;

— федеральный и территориальный фонды воспроизводства минерально-сырьевой базы.

В составе видов расходов функциональной классификации расходов бюджета выделяются следующие статьи расходов на недропользование:

— формирование и использование централизованного резервного фонда социальной поддержки работников ликвидируемых угольных шахт и разрезов;

— геологическое изучение недр, континентального шельфа и Мирового океана для федеральных нужд;

— расходы на управление Государственным фондом недр;

— геологоразведочные работы;

— расходы на ликвидацию особо убыточных и неперспективных угольных шахт и разрезов;

— научно-техническое и проектное обеспечение реструктуризации угольной промышленности;

— мероприятия социальной поддержки работников угольной промышленности;

— предоставление организациям угольной промышленности инвестиций и средств на разработку научно-технических программ;

— селективная поддержка угледобывающих предприятий;

— реализация отраслевых тарифных соглашений на предприятиях и в организациях угольной промышленности и шахтного строительства;

— расходы на управление угольной отраслью;

— формирование и использование централизованного резервного фонда реструктуризации угольной промышленности;

— мероприятия по созданию безопасных условий работы в угольной промышленности.

Перечень расходов бюджета показывает направления и наиболее значимые в настоящее время проблемы, в частности ситуация в угольной отрасли.

Другим направлением государственного управления и регулирования в сфере недропользования является лицензирование. Оно осуществляется с одной стороны в соответствии с ФЗ «О лицензировании отдельных видов деятельности» [106], с другой — в рамках системы государственного лицензирования пользования недрами, которая регламентирует организационно-правовые вопросы предоставления недр в пользование.