В 30-е гг. таможенная система теряет свое значение, которое оно приобрела в 20-е гг. Связано это со свертыванием НЭПа, снижением внешнеторгового оборота (почти в три раза к середине 30-х гг.). Таможенная служба выполняла по сути функцию контролера, регистрирующего и пропускающего товары и пассажиров через государственную границу. В связи со снижением нагрузки наблюдается сокращение штата таможенной службы – к середине 30-х гг. число таможенных служащих насчитывало около двух тысяч человек.

Нападение фашистской Германии на СССР существенно изменило данную ситуацию. Таможенной системе был нанесен серьезный ущерб. 24 таможни, расположенные на западных границах, оказались захваченными гитлеровцами. С началом войны в ряды Красной Армии, ополчение и партизанское движение ушло 9/10 личного состава.

На таможни возлагались новые задачи, в основном пропуск грузов, поступающих по ленд-лизу и по линии Международного Красного креста. И если в первый год войны эти грузы поступали в небольших количествах, то начиная с 1945 г. они шли массовым потоком, что накладывало на личный состав таможен дополнительную нагрузку. Основное количество грузов проследовало через Архангельскую, Мурманскую, Владивостокскую, Бакинскую, Джульфинскую, Гауданскую таможни, Красноводский таможенный пост.

Разгром гитлеровской Германии открыл широкие возможности для восстановления таможен на западных границах и в целом для укрепления таможенной системы. В первые послевоенные годы таможенная система состояла из Главного таможенного управления, в составе которого имелись следующие отделы: кадров, транзитно-грузовой, почтово-пассажирский, борьбы с контрабандой, таможенной статистики, таможенной информации, тарифов и кодификации, финансовый, снабжения. При ГТУ имелась инспекция отделения Главного таможенного управления, таможни, таможенные посты. Таможни подразделялись на 3 класса. В союзных республиках, краях, областях находились уполномоченные Министерства внешней торговли.

В связи с расширением связей СССР со странами – участницами СЭВ, с каждым годом увеличивался объем товарооборота и поток транспортных средств через государственную границу. За 20 лет число транспортных средств, следующих через границу, возросло почти в 9 раз. Если перевозки грузов судами увеличились в 5 раз, то железно-дорожным транспортом – лишь в 1,5 раза. Следовательно, увеличилась нагрузка на портовые таможни, хотя штатная их численность в рассматриваемый период оставалась практически неизменной. Количество иностранных туристов, следующих в СССР, составило в 1951 г. – 5 3764 чел., а в 1966 г. – 2 546 864 чел.

Правовое регулирование таможенных отношений в 60-х гг. осуществлялась в соответствии с положениями нового Таможенного кодекса СССР, принятого 5 мая 1964 г. Кодексом предусматривались три главные задачи таможенных учреждений: осуществление контроля за соблюдением государственной монополии внешней торговли, совершение таможенных операций и борьба с нарушениями таможенных правил и контрабандой. Соответственно этим задачам была построена структура Таможенного кодекса, то есть его разделы, содержащие правовые нормы таможенного дела.

Управление таможенным делом возлагалось на Министерство внешней торговли СССР через Главное таможенное управление, которое являлось частью государственного аппарата в сфере управления таможенным контролем. Общие положения кодекса и его отдельные разделы свидетельствуют о принципе централизации таможенного дела в СССР на основе передачи прав в этой сфере союзных республик центральной власти. Как и ранее, кодекс закреплял принцип, согласно которому таможенные пошлины рассматривались как инструмент внешнеторговой политики. Впервые министру внешней торговли предоставлялось право издавать приказы и инструкции по таможенному делу, обязательные для всех организаций и граждан.

В последующие годы ряд положений Таможенного кодекса был пересмотрен и уточнен. В частности, Указом Президиума Верховного Совета СССР в 1971 г. была усилена административная ответственность за контрабанду валюты и валютных ценностей. Дополнительно к мере наказания в виде конфискации выявленной контрабанды пассажиры могли быть подвергнуты дополнительной санкции – штрафу. Ряд таможенно-правовых документов был пересмотрен в связи с принятием Конституции СССР 1977 г. В частности, были приняты новые Правила таможенного контроля за вещами лиц, следующих через государственную границу. Эти правила упростили процедуру таможенного досмотра. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 февраля 1978 г. была уточнена статья 57 Таможенного кодекса о разрешении пропуска в СССР переселяющихся на постоянное место жительства. Некоторые права по определению перечня предметов, ввозимых при переезде с соответствующей пошлиной, предоставлялись МВТ СССР.