Начиная с первых лет царствования Екатерины II, шло постепенное уменьшение пошлин. В 1782 г средний размер пошлин составлял 11 %, а самая низкая 2 – 3,5 %. Однако в период её правления очень страдала внутренняя и заграничная торговля. Тариф 1766 г. был проникнут идеями умеренного протекционизма, а 1782 г. – физиократизма. Эти быстрые перемены не позволяли устраивать фабрики и заводы т. к. был риск потерпеть убытки. Это свидетельствует так же о том, что таможенная политика в рассматриваемый период характеризуется непоследовательностью и нестабильностью. Однако все принятые меры способствовали усилению товарооборота и росту внешнеторговых центров, хотя доля России во внешней торговле не соответствовала её потенциалу.

Тем не менее существенное влияние на изменение таможенной политики России в конце XVIII века оказали революционные события во Франции. 10 августа 1792 г. там была свергнута монархия, через два дня семья короля оказалась под стражей; 20 сентября войска интервентов, вторгшиеся во Францию, потерпели сокрушительное поражение при Вальме; 21 января 1793 г. состоялась казнь бывшего короля Людовика XVI. Это событие потрясло монархическую Европу.

8 февраля 1793 г. Екатериной II был подписан указ «О прекращении сообщения с Францией, по случаю произшедшаго в оной возмущения и умерщвления короля Людовика XVI, и о высылке французов из России, изключая тех, которые под присягою отрекутся от революционных правил, во Франции распространившихся», прекративший действие российско-французского торгового договора 1786 г. и наложивший запрет на заход в российские порты судов под французским национальным флагом. Равным образом российским купцам и судовладельцам запрещалось посылать их торговые суда во французские порты.

Спустя два месяца, 8 апреля, правительство Екатерины II было принято решение о пресечении ввоза в Россию «французских товаров как на российских и на иностранных судах, так и сухим путем». Одновременно под предлогом точного и неукоснительного исполнения указа, предотвращения злоупотреблений и подлогов «в привозе запрещаемых товаров, под названием будто бы в других местах выделываемых», утверждалась роспись иностранных товаров, которые были запрещены к привозу в Россию через портовые и сухопутные таможни.

Императрица также приняла меры к организации новой антифранцузской коалиции. В марте 1793 г. была подписана конвенция между Россией и Англией об обоюдном обязательстве оказывать друг другу помощь в борьбе против Франции, согласно которой запрещался отпуск во Францию хлеба и других продовольственных товаров, закрыть свои порты для французских судов и препятствовать торговле Франции с нейтральными странами. Эти меры были также распространены на торговлю с Голландией и другими государствами, оказавшимися в зависимости от Франции. Указом от 20 мая 1796 г. голландским судам закрывался доступ в российские порты. Это было первым в истории страны 18 века случаем, что политические соображения повлияли непосредственно на постановления о заграничной торговле. Таким образом, Екатерина II отказалась от фритредерского курса, которого придерживалась большую часть своего правления. При этом следует отметить, что политические соображения тесно переплетались с экономическими. Это ярко проявилось на примере торговых отношений с Англией. Сблизившись с англичанами в борьбе с французской революцией Екатерина возобновила торговый договор с Британией 1766 г., не высказав при этом требований к англичанам признать принципы вооруженного нейтралитета. С другой стороны, она запретила всякую торговлю с Францией, но воспользовалась также возможностью ограничить ввоз в Россию большого количества импортных товаров из других стран, подрывавших российскую промышленность благодаря либеральному тарифу 1782 г. Жертвой этого нового протекционизма пала английская полосатая ткань для нижних юбок, а вместе с ней фарфор, зеркала, карты и многие предметы роскоши – дорогая одежда, шляпы, перчатки и т.п.

Составленный в 1795 г. тариф должен был вводиться с 1 января 1797 г., но был пересмотрен. В 1796 году пошлины вновь стали взиматься ефимками, были отменены льготы, как русским, так и иностранным купцам. Тариф 1797 г. практически повторил положение 1792 г. с небольшим повышением пошлин на некоторые иностранные товары, которые составили с пуда персидского шелка сырца – 16,32 коп., китайского – 40 руб. 80 % коп. Незначительной пошлиной были обложены русские мануфактурные изделия.

Пошлины взимали ефимками, считая в фунте по 14 ефимков, или русскими серебряными деньгами, считая каждый ефимок 1 руб. 25 коп., а другую половину – российской ходячей монетой. В 1796 году таможенный доход составил 7 млн. 500 тыс. руб., а в 1802 г. поступления в государственный банк от таможни достигли 8 млн. 750 тыс. рублей.