Применение упрощенной системы налогообложения обладает рядом преимуществ по сравнению с традиционной системой налогообложения. Так, например, ряд таких налогов, как налог на прибыль организации, налог на имущество, НДС (за исключением налога уплачиваемого на таможне), ЕСН заменяются единым налогом с сохранением обязанности по уплате страховых взносов на обязательное пенсионной страхование организациями, прошедшими на УСН в порядке, установленном Федеральным законом от 15.12.2001 «167-ФЗ «Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации». Данное обстоятельство значительно упрощает ведение налогового учета и сдачу налоговой отчетности по каждому, указанному выше, налогу в отдельности заменяется необходимостью проведения указанных мероприятий только в отношении одного налога.

Немаловажным фактом является упрощение бухгалтерского учета для налогоплательщиков, применяющих УСН. Организации, применяющие УСН, могут не вести бухгалтерский учет, за исключением учета основных средств и нематериальных активов. Однако в некоторых случаях предприятия, находящиеся на УСН должны вести бухгалтерский учет в полном объеме, когда, например, выплачивают дивиденды. В случае утраты права на применение УСН или добровольного перехода на общий режим налогообложения организации, отказавшейся от ведения бухгалтерского учета, придется его восстанавливать.

Практика показывает, что не во всех случаях переход налогоплательщика на УСН приносит ему дополнительную выгоду за счет неуплаты ряда налогов, обязательных при традиционной системе налогообложения.

Для оценки экономической целесообразности выбора между различными системами налогообложения предпринимателю следует проанализировать множество факторов. Совершенно очевидно, что однозначного ответа на вопрос, выгодно ли применять упрощенную систему, быть не может, так как во многом это зависит от сферы предпринимательской деятельности конкретного налогоплательщика. Для этого ему нужно будет взять либо фактические показатели своих доходов и расходов за прошедший период, либо предполагаемые (прогнозируемые). Последний вариант будет менее точен, поэтому им следует пользоваться в том случае, если предприниматель только начинает свою деятельность. Также он применим и в случаях, когда есть основания считать, что фактические данные за прошедший (текущий) период существенно изменятся в силу каких-либо обстоятельств (изменение в объемах производства, сферах бизнеса и т.п.).

Чтобы выбрать оптимальный налоговый режим, одного только сравнения налоговых обязательств в рамках различных систем налогообложения недостаточно. Предпринимателям необходимо учесть, что при переходе к УСН они перестают платить НДС и, следовательно, не должны предъявлять его покупателям. Очень часто именно это обстоятельство может являться тем аргументом, который перечеркнет все остальные плюсы УСН. УСН не только дает возможность налогоплательщику не уплачивать НДС с сумм, получаемых от своих покупателей за реализованные им товары (работы, услуги), но при этом лишает его, а также покупателей, приобретающих его товары, работы или услуги для коммерческого использования, возможности зачета "входных" сумм НДС. Именно этот факт при определенных условиях может настолько существенно сузить круг потребителей товаров (работ, услуг) такого предпринимателя, что стоимостные потери от снижения общей выручки перекроют всю возникающую "налоговую" экономию.

Основополагающим при оценке эффективности перехода на УСН с учетом вышеизложенного будет принцип, что он неэффективен в тех случаях, когда освобожденные от НДС товары (работы, услуги) передаются на следующий цикл производства и (или) реализации. Ведь тогда контрагенты предпринимателя, приобретающие у него производственные ресурсы, товары работы или услуги, освобожденные от НДС, для процесса производства и (или) реализации других товаров (работ, услуг), которые облагаются НДС в общеустановленном порядке, фактически вынуждены уплачивать НДС и за себя, и за лиц, освобожденных от НДС на предыдущей стадии производства (реализации). В результате НДС, не уплаченный на одном цикле производства или реализации товаров, просто перекладывается на участников следующего цикла.

Единственным выходом для предпринимателя вэтом случае в борьбе за рынки сбыта в такой ситуации может быть только адекватное снижение цен на товары (работы, услуги), реализуемые таким контрагентам. Однако зачастую по объективным причинам это возможно далеко не всегда. Если это все же возможно, снижение цен практически всегда будет меньше, чем сумма НДС, которую предприниматель предъявил бы своим покупателям, являясь плательщиком данного налога. Причина в том, что "входной" НДС теперь включается в расходы, увеличивая тем самым себестоимость товаров (продукции, работ, услуг), в то время как в общем случае он включался в состав налоговых вычетов. Вследствие этого допустимое для самого продавца снижение цены, позволяющее сохранить прежний уровень рентабельности, не сможет в полной мере компенсировать покупателям отсутствие "входного" НДС.

Анализ эффективности перехода на упрощенную систему налогообложения с точки зрения НДС, а в конечном итоге и с точки зрения возможности сохранения прежних цен и объемов продаж, безусловно, необходим. Однако он будет лишь предварительным в ходе всего процесса выбора предпринимателем системы налогообложения своих доходов. Окончательный вывод можно сделать только после сравнения налоговых обязательств в рамках различных систем налогообложения, в том числе и двух возможных вариантов уплаты самого единого налога в рамках упрощенной системы, а также возможности применения "патентной упрощенки".

Преимуществом УСН является возможность переноса полученных убытков на последующие налоговые периоды. Также преимуществом является то, что возможно ускоренное списание расходов на приобретение объектов основных средств. Однако в правилах учета расходов на приобретение объектов основных средств есть и один недостаток, а именно необходимость уплаты дополнительной суммы налога и пени в случае продажи объекта основных средств ранее установленного срока.

В качестве еще одного недостатка УСН можно выделить необходимость возврата на основной режим в случае превышения установленных лимитов в отношении суммы полученного дохода в течение года, а также величины остаточной стоимости объектов основных средств. Налоговое законодательство устанавливает требование возврата на основной режим в случае нарушения указанных лимитов, начиная с того квартала, в котором произошло данное нарушение. В такой ситуации у налогоплательщика возникает сложность восстановления бухгалтерского и налогового учета за относительно большой промежуток времени.   

Одним из преимуществ при УСН является то, что налогоплательщик вправе выбрать объект налогообложения (доходи или доходы, уменьшенные на величину расходов), при этом налогоплательщик не может его изменять в течение всего срока применения УСН.