Николай Яковлевич Данилевский родился 28 ноября (старый стиль) 1822 г. в селе Оберец Орловской губернии Ливенского уезда, в родовом имении матери — Дарьи Ивановны Данилевской. Отец Н.Я.Данилевского — Яков Иванович — был армейским офицером, командовал гусарским полком, впоследствии в звании генерал-майора командовал бригадой.

В 1837 году Н.Я.Данилевский поступил в императорский Царскосельский лицей, где обучался за счет родителей. Окончив лицей в декабре 1842 г. Н.Я.Данилевский принял, видимо, давно обдумывавшееся решение посвятить себя изучению естественных наук, к которым он, по собственному признанию, “с самого детства чувствовал непреодолимую склонность”, которая “с новою силою возбудилась”, когда Н.Я.Данилевский проходил в лицее относительно краткий курс естественных наук. Видимо, ранний, с детского возраста, интерес Н.Я.Данилевского к естественным наукам формировался не без влияния отца, который “всегда любил науку и литературу, и даже сам писал комедии, оставшиеся в рукописи”. П.П.Семенов отмечает, что в лицее в своем классе Н.Я.Данилевский был “самым талантливым и самым разносторонне образованным из лицейских воспитанников”.

Как выпускник лицея Н.Я.Данилевский записался на службу в канцелярию Военного министерства, однако должности никакой не занял. Окончив полный курс лицея, в котором преподавание естественных наук, с точки зрения Н.Я.Данилевского, было недостаточно полным, и “чувствуя горячее влечение к естественным наукам”, он, используя предоставленное выпускникам лицея право, записывается вольным слушателем на физико-математический факультет Петербургского университета, где занимается в течение четырех лет (1843-1847).

Ботанику, которую избрал Н.Я.Данилевский главным предметом своих научных занятий, преподавал профессор, доктор Шиховский, которого П.П.Семенов характеризует как человека “не особенно даровитого и не умевшего достаточно связно излагать свой предмет, но глубоко преданного своей науке, хорошо ее знавшего и необыкновенно гуманного и доступного”.

Доцентом при Шиховском был преподаватель Ценковский, который читал “прекрасные и интересные лекции по физиологии растений, тогда как Шиховский был преимущественно систематиком”.

Шиховский предоставлял студентам возможность широкого доступа к пользованию гербарием, университетской библиотекой и его собственной, охотно давал всякого рода объяснения и таким образом “являлся идеальным руководителем самостоятельных занятий студентов”.

Летом, проживая в сельской местности, Н.Я.Данилевский и П.П.Семенов занимались составлением гербариев, а весной 1848 года они предприняли путешествие из Петербурга в Москву с целью сбора коллекции растений и минералов.

Материальное положение Н.Я.Данилевского во время обучения в университете было довольно трудным, он не имел никакого состояния. О годах учебы в университете он писал: “Имея лишь малые средства как для жизни, так и для учебных пособий, необходимых при занятии этими науками (имеются в виду ботаника и зоология. — С.Б.), я должен был себе отказать почти во всех удобствах жизни”. Некоторую материальную помощь Н.Я.Данилевскому оказывали его родственники, т.к. родители находились “в стесненных обстоятельствах” и не могли присылать ему деньги. Поэтому Н.Я.Данилевский был вынужден добывать средства к существованию главным образом литературным трудом — он писал “обширные” и, по мнению П.П.Семенова, “очень дельные” научные статьи, публиковавшиеся в журнале “Отечественные записки”.

Находясь в тяжелом материальном положении, Н.Я.Данилевский не полагался на литературный труд как на единственное средство улучшения своего материального положения. Вместе с П.П.Семеновым он составил “обстоятельный проект исследования черноземного пространства России, с определением его границ, физическим и химическим анализом почв и исследованием растительности на всем черноземном пространстве”.

Весь объем работ предполагалось осуществить за три или более чем за три года. Проект, представленный на рассмотрение в Вольно-экономическое общество, заинтересовал его руководство; авторы были избраны в действительные члены общества, им было дано поручение осуществить разработанный проект исследований.

Н.Я.Данилевский отмечал, что успешным исполнением этого поручения он надеялся “проложить себе дорогу в жизни и доставить себе большие средства к продолжению ученых занятий — принести пользу отечеству и честь себе”. Однако летом 1849 года, находясь в Тульской губернии вместе с П.П.Семеновым и проводя по поручению Вольно-экономического общества запланированные исследования, Н.Я.Данилевский был арестован по делу М.В.Петрашевского и заключен в Петропавловскую крепость, где провел более трех месяцев. Причиной ареста было его участие в деятельности кружка М.В.Петрашевского.

После того, как члены Судной комиссии ознакомились с показаниями Н.Я.Данилевского, он был оправдан. Впоследствии Я.И.Ростовцев, высокопоставленный жандармский чин, член Судной комиссии, говорил в шутку, что по прочтении увлекательных объяснений Н.Я.Данилевского все члены Судной комиссии сделались сами более или менее фурьеристами.

В докладе царю Судная комиссия отозвалась с “похвалой об уме и разносторонней образованности Данилевского”, однако царь посчитал, что “чем умнее и образованнее человек, тем он может быть опаснее, а потому наложил резолюцию об административной ссылке Данилевского в Вологду”.

Летом 1850 года Н.Я.Данилевский был выслан из Петербурга и направлен в административную ссылку в Вологду, где был зачислен на службу в канцелярию губернатора. Через два года, по ходатайству бывшего председателя суда по делу М.В.Петрашевского Перовского, Н.Я.Данилевский был переведен в канцелярию самарского губернатора.

Летом 1853 года Н.Я.Данилевский, будучи членом-сотрудником Русского географического общества, в которое вступил вместе с П.П.Семеновым еще в студенческие годы, был избран Советом общества на должность статистика экспедиции, снаряжавшейся Географическим обществом совместно с Министерством государственных имуществ с целью исследования состояния рыболовства на Волге и в Каспийском море в техническом, статистическом и естественно историческом отношении.

Зимой 1857 года, Н.Я.Данилевский был зачислен “чиновником, состоящим при департаменте сельского хозяйства”, а через год был назначен на должность младшего инженера.

В 1858 г. Н.Я.Данилевский был выдвинут на должность начальника экспедиции “для исследования рыболовства в Белом и Ледовитом морях”, которая продолжалась три года. Две упомянутые поездки Н.Я.Данилевского были самыми дальними из всех, которые он совершил, во время первой поездки он побывал “в Персии, на южном берегу Каспийского моря”, а во время второй он посетил Норвегию.

В 1862 г. ездил на “Псковское и Чудское озера для разъяснения жалоб на правила рыболовства”. В 1863 г. началась “самая продолжительная и важная” работа Н.Я.Данилевского по рыболовству — он был назначен “начальником экспедиции для исследования рыболовства в Черном и Азовском морях”, экспедиция продолжалась пять лет.

В 1870-1871 гг. Н.Я.Данилевский работал начальником экспедиции “для исследования рыболовства в северо-западных озерах России”. В 1872 г. он был командирован в Крым как председатель комиссии “для составления правил о пользовании проточными водами в Крыму”, работа комиссии затянулась в результате неблагоприятной политической обстановки, связанной с угрозой войны.

Н    есколько месяцев в 1879 и 1880 гг. Н.Я.Данилевский замещал находящегося в отпуске директора Никитского ботанического сада.

В 1880 г. Н.Я.Данилевский открыл филоксеру в Крыму и руководил проведением мероприятий по борьбе с ней. В 1885 г., находясь в командировке для “изучения причин уменьшения рыболовства на озере Гохте”, Н.Я.Данилевский умер от приступа болезни сердца в возрасте 63 лет в г.Тифлисе 7 ноября (старый стиль).

Н.Я.Данилевский был два раза женат — первый раз в 1852 г. (его жена умерла от холеры в 1853 г.) и в 1861 г., имел пятерых детей.