Стационарная экспертиза проводится, когда возникает необходимость в клиническом наблюдении и проведении дополнительных исследований для уточнения степени психических нарушений или установления диагноза. Согласно Инструкции срок стационарного наблюдения не должен превышать 30 дней. Иногда он может продлеваться при условии предоставления в орган, назначивший экспертизу, мотивированного заключения о необходимости увеличения сроков наблюдения. Стационарная СПЭ проводится при необходимости более глубокого обследования подэкспертного, когда оценка психического состояния представляет дифференциально-диагностические сложности; при необходимости выполнения лабораторных исследований; в тех случаях, когда в связи с тяжестью правонарушения требуется длительное время для изучения и анализа материалов дела и сопоставления их с данными клинического наблюдения. 

Стационарная СПЭ для лиц, содержащихся под стражей, проводится в психиатрических больницах в специально оборудованных, охраняемых судебно-психиатрических отделениях, причем исключается совместное содержание подследственных и осужденных, а также лиц, привлекаемых к ответственности по одному и тому же делу.

Если обвиняемый не был арестован или был освобожден из-под стражи, его следует помещать в судебно-психиатрические отделения для лиц, не содержащихся под стражей. Такие экспертные отделения существуют во многих региональных психиатрических больницах. В эти отделения могут помещаться потерпевшие (при необходимости их стационарного обследования) и лица, направленные на стационарную экспертизу в связи с гражданским делом.

При отсутствии такого специального экспертного отделения в больнице или диспансере, последние могут быть госпитализированы в общее отделение психиатрической больницы. Для помещения обвиняемого на стационарную экспертизу в отделение для лиц, не содержащихся под стражей, или в общее психиатрическое отделение обязательным условием является санкция прокурора или определение суда.

Потерпевшие, истцы и лица, в отношении которых решается вопрос дееспособности, должны помещаться в общие лечебные психиатрические отделения больниц. Они могут быть госпитализированы для проведения экспертизы с санкции прокурора, определения суда или на добровольных началах. 

Во время стационарной экспертизы нецелесообразно разрешать какие-либо действия органов следствия с обследуемым.

Допросы, предъявление каких-либо документов, фотографий и т.д., имеющих отношение к уголовному делу, не допускается, так как это нарушает контакт врачей не только с данным подэкспертным, но и с его соседями по палате и может нежелательно воздействовать на психическое состояние обследуемых.

В работе стационарных комиссий основную работу выполняет курирующий испытуемого врач, который должен не только знакомиться, проанализировать материалы уголовного или гражданского дела, имеющуюся медицинскую документацию, но и осуществлять систематическое наблюдение за испытуемым, его психическим состоянием. При необходимости следует провести лабораторные исследования, осмотр врачами-консультантами различных специальностей.

Следует помнить, что заключения консультантов-специалистов (терапевта, невропатолога, окулиста и других) не имеют экспертного значения, они должны учитываться психиатрами-экспертами в совокупности с другими данными.

Стационарная экспертиза проводится в фиксированные дни, на комиссии присутствуют все ее члены. Освидетельствование испытуемых в условиях стационарной экспертизы проводится тремя врачами-экспертами: председателем комиссии, членом комиссии и врачом-докладчиком.

Председателем комиссии обычно является главный врач больницы или его заместитель по медицинской части, членом – заведующий судебно-психиатрическим отделением. Результаты экспертизы, которые содержат в себе обобщенные данные, оформляются "Актом экспертизы" (заключение), который подписывается всеми членами комиссии при наличии у них единого мнения.