Исторически природный мир конституировал первые версии объектов познания, и первоначально именно природа явилась основной предметной областью познания и сферой реализации познавательного интереса человека.

В рамках онтологической проблематики в истории классической философии важную роль играл субстанциальный подход. Суть его состояла в поиске основания бытия — субстанции, под которой понималось то, что существует в себе самом и благодаря самому себе, а не в другом и не благодаря другому. Наряду с понятием «субстанция» в данном подходе использовались такие категории, как «субстрат», «модус», «атрибут», «акциденция». Под субстратом понималась основа конкретного проявления бытия, т. е. модуса. В содержании категории «модус» фиксировалось свойство предмета, присущее ему не постоянно, а лишь в некоторых состояниях — в отличие от понятия «атрибут», характеризовавшего свойство предмета, без которого он не может ни существовать, ни мыслиться. В свою очередь акциденция выступала как констатация преходящего, случайного свойства предмета, которое может быть элиминировано без изменения его сущности. Системообразующее основание многих субстанциальных онтологических концепций — понятие «материя», содержание которого претерпело существенную трансформацию в процессе развития философского знания. Эволюция понятия «материя» может быть представлена сквозь призму триады «вещь — свойство — отношение». В античной философии имели место различные трактовки понятия материи. С одной стороны, понимание материи первоначально связывалось с поиском некоторой конкретной, но всеобщей первоосновы всего сущего, роль которой отводилась тому или иному субстрату, затем оно переориентировалось на выявление субстанции, представленной бесконечным числом неизменных атомов (Анаксагор, Левкипп, Демокрит, Эпикур). С другой — в философии Платона материя играла роль одного из начал, наряду с абсолютным беспредпосылочным источником идей (эйдосов), творящим вещи по своему образу и подобию. Еще одна версия понимания материи в античности представлена Аристотелем, рассматривавшим материю наряду с движущей причиной в качестве возможности сущего как такового, реализующейся лишь при наличии формальной и целевой причин. В новоевропейской философии материя наделялась рядом атрибутивных свойств, представления о которых во многом были навеяны развитием классической науки этого времени — массой, протяженностью, неделимостью, непроницаемостью. Носителем этих свойств выступали различные проявления первовещества (элементы, корпускулы, атомы). Такое понимание материи в философии коррелировало с вещественно-субстратным подходом, служившим методологическим основанием научного поиска, и аналитическими методами исследования, господствовавшими в естествознании этой исторической эпохи. Критическое отношение к сведению материи исключительно к миру природы в виде вещественных образований продемонстрировала философия марксизма. В контексте этой философской концепции акцентировалось внимание на дефинитивном аспекте учения о материи. Марксизм трактовал материю как философскую категорию, содержание которой может быть спроецировано не только на мир природы, но и на социальную реальность.

В диалектико-материалистической традиции были окончательно разведены конкретно-научный и философский подходы к пониманию материи, а в ее определении, сформулированном В. И. Лениным, из всего многообразия свойств в качестве самого главного было выделено свойство материи быть объективной реальностью, т. е. не зависеть от сознания человека.

Данное определение материи, продолжая традицию, уже обнаруживавшуюся в новоевропейской философии (например, у Дж. Локка и П. Гольбаха), задало ее дефиницию через отношение к сознанию. В методологическом плане такая трактовка материи продемонстрировала сопряженность со структурно-функциональным подходом, все более интенсивно входившим в практику научных исследований этого исторического периода.