Широкие спектры стратегии были изучены для графического синтении на уровне целого генома. Двумерные точечные графики, которые традиционно используются при анализе локального выравнивания, увидели современное возрождение в качестве мощного способа визуализации более доступного геномного выравнивания(DaGChainer, Vista-Dot MUMmer62,Genome Matcher и другие).

Геномы этих двух организмов представлены по осям х и у графика, с указанием линий сетки хромосомных границ. Точки на графике указывают на некоторую степень выравнивания, образуя 45 градусные линии на отдельном месте.

Геном реконструкции и дублирования сразу опознает их как, соответственно вне диагонали и идентифицирует линии как горизонтально так и вертикально сложенные. Dag- первое общедоступное средство для создания графиков, рассчитывает синтении на основе мета-выравнивании генов в родственных BLAST сочетаниях между двумя организмами.

Vista – диаграммы предложили точечный графический режим для просмотра синтении на основе геномного ДНК выравнивания (доп.рис.1). Эти средства имеют интерактивные карты типа Google интерфейса, позволяющие пользователям масштабировать и паномировать в пределах областей, а также на ссылку из соответствующего сегмента для просмотра в Vista или в геномном JGI браузере.

Точечные графики являются полезными не только при анализе синтении между готовыми геномами, но и геномной обработки. Например, OSLAY средство, которое автоматизирует все более распространенные методы использования точечных графиков и приводит коллекцию наборов генов из незавершенного ассемблирования с эталонной сборкой, и тем самым карту целого генома.

Глобальное сохранение может быть визуализировано и представлено ссылкой генома с использованием таблеточной формы идеограмм хромосом и ленточных для обозначения областей приведенных в соответствии, с каким либо геном. Группы имеют цветовую маркировку для обозначения хромосом в соответствии с геном, с которым они сравниваются.

Идеограмма представленных геномов выравнивания является самым предпочтительным выбором для индивидуального генерирования данных в публикациях новой последовательности геномов.

Три варианта являются доступными для автоматической генерации вариантов этой визуализации для определенных пользователей геномной информации:Cinteny,Apollo, « Градиент изображения» Сибилла использует инновационные визуализации, в которых гены отображаются по цвету по геномным ссылкам, эти цвета используются для обозначения гомологичных мест в наборе унифицированных геномов.

VISTA синтении изображения (доп.рис.2) используют основную идеограмму, которая описывает выравнивание родственных генома в качестве направляющего средства отбора хромосом в организме, в ссылках рассмотрено более детально. По сравнению с точечными графиками представление синтении с помощью диаграммы способствует утере информации о местонахождении унифицированных областей для сравнения геномов. Тем не менее, использование цветов в этих диаграммах способствует возможности с легкостью представлять себе, геном и сравнивать его с другими.

Кроме того, цветные сегменты в информационно-справочном геноме могут быть связаны с какими-то конкретными положениями хромосом и линии рисуются более мелкие по сравнению с хромосомными символами в организмах. Этот подход используется в «Apollo», а также в PhiGs веб сайте, который позволяет пользователям создавать синтении карт из 45 последовательностей грибов и многоклеточных.

Альтернативный эстетический подход к геномным изображениям представил Circos. Средства, представляющие из себя Circos, две или более геномные дуги на одном круге. Линии, которые пересекают центр круга, связывают и выравнивают соответствующие области.

В этом циркуляре систематизированы и уменьшены визуальные путаницы, которые вытекают из эквивалентных линейных представлений, в которых паутины соединяют отдаленные области во множестве геномов.

Этот инструмент также поддерживает анимацию выравнивания связей между отдельными геномами, а хромосомы могут быть просмотрены в последовательности и в дальнейшем путаницы сокращаются.

Циркуляционное геномное изображение также доступно в MEDEA и в Miz Bce.

Точечные графики, идеограммы и циркулярные изображения представляют собой оперативное исскуство (стратегию) для визуального изображения и обеспечивают сохранность геномных шкал. Инструменты для реализации этих изображений могут быть использованы для выявления областей синтении, дублирования и перемещения между геномами. После выявления таких областей исследователям необходимы средства, чтобы просмотреть их на более высоком уровне разрешения для визуальной ассоциации с аннотациями данных.