По природе условного раздражителя и сигнализируемой им реакции различают натуральные и искусственные условные рефлексы. К натуральным условным рефлексам относятся такие, которые образуются на естественные раздражители (например, запах мяса при кормлении им). Натуральные условные рефлексы по сравнению с искусственными вырабатываются легко и быстро, они прочные (однократный прием мяса собакой может сохранить у нее условный рефлекс на всю жизнь). Искусственными называют условные рефлексы, которые выработаны в лабораторных условиях на неадекватные раздражители, т.е. они обычно не имеют прямого отношения к подкрепляющему их безусловному стимулу (например, световой раздражитель, подкрепляемый пищей).

По рецепторам, на которые действуют условные стимулы, различают экстероцептивные, интероцептивные и проприоцептивные условные рефлексы. Экстероцептивные условные рефлексы, образуемые на стимулы, воспринимаемые внешними рецепторами тела, составляют основную массу условнорефлекторных реакций.

Интероцептивные условные рефлексы, вырабатываемые на физические и химические раздражения интерорецепторов, обеспечивают физиологические процессы гомеостатической регуляции функции внутренних органов. Проприоцептивные условные рефлексы на раздражение собственных рецепторов поперечнополосатой мускулатуры туловища и конечностей, составляют основу всех двигательных навыков животных и человека.

По биологическому значению выделяют пищевые, оборонительные и половые условные рефлексы.

В зависимости от сложности применяемого условного стимула различают простые и сложные (комплексные) условные рефлексы. В случае простого условного рефлекса в качестве условного стимула используется простой раздражитель (свет, звук и т.д.). В реальных условиях функционирования организма в качестве условных сигналов выступают, как правило, не отдельные, одиночные раздражители, а их временные и пространственные комплексы. В этом случае в качестве условного стимула выступает либо вся окружающая животное обстановка, либо части ее в виде комплекса сигналов. В частности, разновидностью такого комплексного условного рефлекса является динамический стереотип, образуемый на определенный временной или пространственный комплекс стимулов.

По эффекторам условные рефлексы подразделяются на секреторные (желудок, поджелудочная железа и др.), двигательные (простые двигательные реакции или целенаправленная двигательная деятельность), сосудодвигательные (условнорефлекторное изменение просвета сосудов, приводящее либо к повышению, либо к понижению артериального давления).

Следовые условные рефлексы формируются в том случае, когда безусловный подкрепляющий раздражитель предъявляется лишь после окончания действия условного стимула.

Условные рефлексы первого, второго, третьего и т.д. порядка. Если условный стимул (свет) подкрепляется безусловным (пища), образуется условный рефлекс первого порядка (свет + пища). Условный рефлекс второго порядка образуется, если условный стимул подкрепляется не безусловным, а условным раздражителем, на который ранее был образован условный рефлекс (свет + звонок +пища). Условные рефлексы второго и более сложного порядка образуются труднее и отличаются меньшей прочностью. К условным рефлексам второго и более высокого порядка относятся условные рефлексы, вырабатываемые на словесный сигнал (слово представляет здесь сигнал, на который ранее был образован условный рефлекс при подкреплении его безусловным стимулом).

Условные рефлексы на время. Если человек строго соблюдает режим в течение дня, то у него вырабатывается прочный стереотип, например, прием пищи в строго определенное время (в это время начинается условнорефлекторная секреция желудочного сока).