Вопрос о племенном происхождении башкир является в науке весьма спорным. Одни Штраленберг, Гумбольдт и др., а в новейшее время Уйфальви) признают их за народ угро-финского племени, только впоследствии принявший монгольский тип; киргизы называют их истяк (остяк), из чего также выводят заключение о финском их происхождении; некоторые историки производят их от булгар. В простонародии, особенно в Пермской губернии, башкир называют татарами и вообще не отличают их от татар. Д.А.Хвольсон производит башкир от вогульского племени, составляющего отрасль угорской группы народов, или часть большой алтайской семьи и считает их родоначальниками мадьяр. Путешественники XIII века, посещавшие страну башкир, называли ее "Великой Венгрией". Один из них, Рубруквис, рассказывает, что великая река Ягаг (Яик) течет с севера из земли Паскатир (башкир), что язык у этих паскатиров один и тот же с венграми, и что из этой страны паскатиров вышли некогда гунны, прозванные впоследствии венграми. Само имя башкиры, Д.А.Хвольсон, основываясь на сказаниях восточных писателей, производит от баджгард (башгард, башкарт, башкирт, башкир), также как и название мадьяр (баджгард, баджгар, моджгар, маджгар, мадьяр). Согласно этому взгляду древние башкиры говорили на мадьярском языке, и только впоследствии, под влиянием татар, отуречились и приняли свой нынешний язык, весьма близкий к татарскому (казанско-оренбургскому). О сновываясь на языке и других этнографических признаках (одежда, пища, жилища, развлечения) В.М.Флоринский приходит к тому заключению, что башкиры - племя тюркского происхождения, и даже не отличает их от татар (которых не следует смешивать с монголами). Что башкиры весьма близки татарам, подтверждается и анатомическими данными и краниологическими исследованиями Н.Малиева (см.ниже). Название же башкир многие производят от татарского слова баш - голова и тюрко-татарского - курт, означающего многих насекомых, например пчелу, или же от башка-юрт - отдельное племя. Первое об'яснение считается более правдоподобным на том основании, что башкиры лесистых и горных местностей исстари занимались пчеловодством. Заняв новый край, башкиры разделили землю по родам. Одним достались горы и леса, другим привольные степи. Страстные охотники до лошадей, они держали у себя и бесчисленные стада рогатого скота, а степные - и верблюдов. Кроме того лесные башкиры занимались и звероловством и бортничеством. Лихие наездники, они отличались смелостью и безграничным удальством; всего выше ставили личную свободу и независимость, были горды и вспыльчивы. У них были князья, но с весьма ограниченной властью и значением. Все важные дела решались не иначе как в народном собрании (джиин), где всякий башкир пользовался правом голоса; в случае войны или набега джиин никого не принуждал, а каждый шел по доброй воле. Такими были башкиры до Батыя, такими остались и после него. Найдя в Башкирии соплеменников, Батый дал им тамги (знаки) и разные преимущества. Вскоре при хане Узбеке (1313-1326) в Башкирии утвердился ислам, который еще раньше проник сюда. Позднее, когда Золотая Орда распалась на отдельные царства, башкиры платили ясак различным властителям: одни, жившие по рекам Белой и Ику, - царям казанским, другие, кочевавшие по реке Узеню, - царям астраханским, а третьи, обитатели гор и лесов Урала - ханам сибирским. Сбором одного ясака и ограничивались отношения ордынцев к башкирам; внутренний быт и самоуправление остались неприкосновенными. Горные башкиры еще более развили свои силы и всецело сохранили свою независимость; степные обратились в мирных кочевников, а те из них, которые породнились с уцелевшими от татарского погрома болгарами (волжскими), начали даже привыкать к оседлой жизни. Киргизы, непримиримые враги башкир, трепетали при одном имени "горцев", а на степняков делали набеги часто с успехом. Это обстоятельство дало возможность ногаям утвердиться в степной Башкирии, над которой они господствовали и которую они защищали от киргизов. С русскими башкиры пришли в соприкосновение еще задолго до покорения Казани. Несомненно, что предприимчивые новгородцы завели торговые сношения с башкирами, так как соседняя Вятская страна стала заселяться новгородскими выходцами еще в 12 веке, а реки Вятка, Кама и Белая служили лучшим естественным путем для сношений между народами, по ним обитавшими. Но, чтобы новгородцы имели на берегах Камы постоянные селения - это сомнительно. Затем имеется известие, что в 1468 г. в царствование Иоанна III, воеводы его, "воюючи казанские места", ходили воевать и в Белую Воложку, т.е. проникли до реки Белой. После похода 1468 г. нет никаких указаний, чтобы русские вторгались в Башкирию и только в 1553 г., по завоевании Казани, русская рать усмиряла народы, зависевшие от Казанского царства, и разоряла татарские жилища до отдаленных пределов башкирских. Тогда-то, вероятно, башкиры, теснимые набегами киргиз-кайсаков с одной стороны, с другой же, видя усиливающуюся власть московского царя, добровольно приняли русское подданство.