Стаpый же Валаам на долгие годы был обречен на забвение. Осенью 1944 года на опустевший остров прибыли несколько девушек, бойцов тылового подразделения, для обеспечения фронта молочными продуктами. Для Валаама начиналась новая жизнь: без церквей и службы, без колокольного звона и молитвы, жизнь суетная и хлопотливая. В 1949 году на острове был создан совхоз. В течение тридцати двух лет (1952–1984) здесь находился дом-интеpнат для инвалидов войны и престарелых.

В Спасо-Преображенском соборе из-за коденсата и протечек кровли осыпалась живопись. В нижней церкви собора, где когда-то иноки преклоняли колена пред мощами великих Валаамских подвижников, хранились овощи. В алтаре Успенской церкви открыли магазин. В Воскpесенском скиту обосновалась туристическая база. "На кирпич разбирались каменные скиты, а деревянные использовались как легкодоступное топливо", – пишет современный автор В.Р. Рывкин. По воспоминаниям островитян, "директор дома инвалидов разбирал и сжигал деревянные часовни – отапливал ими свинарник и коровник; председатель сельсовета жег старые церковные книги и иконы". В 1950-е годы был сожжен деревянный храм Ильинского скита на острове Лембос. Погибли Назариевская пустынь и около 20 деревянных часовен на островах. От строений Коневского скита к середине 1950-х годов остались только фундаменты.

Последняя, Покровская часовня, как и многие другие, сгорела не во время военных действий, а в мирное лето 1982 года (ныне, как и Владимирская, отстроена заново).

Возрождение обители

Конец 80-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то столпом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (ныне Патриарха Московского и всея Руси, священноигумена Валаамского монастыря Алексия II) 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил "передать в пользование" Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскpесенского и Гефсиманского. Наместником обители был определен архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.

Первые шесть насельников – иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил), прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов ("Морской дом").

С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990-1991 годах.

С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть он перешел в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, Святейший Патриарх почти ежегодно отмечает день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения Валаамского монастыря Его Святейшество подробно знакомится с жизнью братии, как в монастыре, так и в скитах, беседует с братией.

С января 1993 г. монастырскую братию возглавляет игумен Спасо- Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой Лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.

В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище – нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калоподешта, подвизался на Святой Горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный Синод Румынской Православной причислил к лику святых Румынской Православной Церкви преподобного Антипу Калаподештского. По благословению Его Святейшества в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы русской Православной Церкви (память 10/23 января). Отныне Валаамская обитель получила еще одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.

В 1996 году престольный праздник монастыря – день памяти преподобных Сергия и Германа, был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама – глава Поместной Православной Церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосий, который передал монастырю бесценный дар – частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх – большую икону святого.

17 июля 2002 года в Валаамском монастыре состоялось духовное торжество – встреча игумена афонского монастыря Ватопед архимандрита Ефрема с братией и паломниками. Архимандрит Ефрем привез в дар обители храмовый образ, список с чудотворной иконы "Пантанасса" ("Всецарица"), который был специально написан для монастыря и освящен на Святой Горе Афон. Архимандрит Ефрем принес в дар Валаамской обители мощи почитаемого Афонского подвижника благочестия старца Иосифа Исихаста.

В силу сложившихся исторических обстоятельств, почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни – креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона – родовая святыня бояр Нащокиных.

По благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители. Одно из значительных событий для обители произошло летом 2000 года, когда на юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви были прославлены 34 преподобномученика XVI в.; новомученики и исповедники XX века: святитель Феофан Соликамский (Ильменский), преподобномученики Арефа (Митренин) и Иеремия (Леонов). 27 декабря 2000 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было принято решение включить в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века от Спасо-Преображенского Валаамского монастыря имена иеромонахов Патрикия (Петрова) и Сергия (Гальковского), иеродиакона Андроника (Барсукова), монаха Тавриона (Толоконцева). 11 мая на заседании Синодальной комиссии по канонизации святых было принято решение о включении имени преподобного Назария (Кондратьева), местночтимого святого Тамбовской епархии в Собор Валаамских святых. В октябре 2004 года по благословению Святейшего Патриарха в Собор Валаамских святых были включены имена новомученика и исповедника Афанасия (Егорова), преподобномученика Иувеналия (Говорухина), канонизированного Американской Православной Церковью и преподобного старца Илии (Чеботарева), канонизированного 29 декабря 2003 году в Екатеринбургской епархии.

В 2002 году Святейшим Патриархом была освящена первая в России церковь, посвященная в честь Валаамской иконы Божией Матери, устроенная после усердных молитв всего братства в помещении некогда упраздненного Никольского храма во внутреннем каре монастыря, где в 1897 году и была обретена чудотворная икона. В 1997 году, через сто лет, в связи с постоянным почитанием верующими этого образа, Его Святейшество установил совершать празднование иконы Божией Матери "Валаамская" 14 июля. Сейчас Валаамская икона Божией Матери является одной из главных святынь Спасо-Преображенского Валаамского монастыря. Перед иконой служатся молебны, происходят исцеления.

Новым этапом в истории возрожденной обители стало создание Попечительского совета по восстановлению Спасо-Преображенского Валаамского монастыря, которое возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч м². Освящение главной святыни монастыря было совершено Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II 19 августа 2005 года, в день Преображения Господня – престольный праздник обители.

В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлены одиннадцать скитов.