Адміністрування справляння екологічних зборів за користування надрами та геологорозвідувальні роботи в надрах виконується державною податковою адміністрацією згідно наступних нормативно методологічних документів:

1. Постанова КМУ “Про затвердження базових нормативів плати за користування надрами для видобування корисних копалин та Порядку справляння плати за користування надрами для видобування корисних копалин [27].

2. Постанова КМУ “Про затвердження Порядку встановлення нормативів збору за геологорозвідувальні роботи, виконані за рахунок державного бюджету, та його справляння” [31]

3. Інструкція про порядок обчислення і справляння платежів за користування надрами для видобування корисних копалин [19].

4. Інструкція про порядок обчислення і справляння плати за користування надрами в цілях, не пов'язаних з видобуванням корисних копалин [23].

5. Інструкція про порядок справляння збору за геологорозвідувальні роботи, виконані за рахунок державного бюджету [30].

Порядок [27] встановлює єдині правила справляння плати за користування надрами для видобування корисних копалин загальнодержавного та місцевого значення на території України, в межах її континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони.

Плата за користування надрами для видобування корисних копалин справляється з усіх суб'єктів підприємницької діяльності незалежно від форм власності, які здійснюють видобування корисних копалин, включаючи підприємства з іноземними інвестиціями.

Об'єктом справляння плати за користування надрами для видобування корисних копалин є обсяг фактично погашених у надрах балансових та позабалансових запасів (обсяг видобутих) корисних копалин.

Нормативи плати за користування надрами для видобування корисних копалин встановлюються для кожного виду корисних копалин (групи корисних копалин, близьких за призначенням) як базові з подальшою їх диференціацією залежно від геологічних особливостей та умов експлуатації родовищ.

Розрахована за базовими нормативами плата за користування надрами для видобування корисних копалин є мінімальною величиною, яку користувачі надр сплачують незалежно від геологічних особливостей родовищ та умов їх експлуатації.

Базові та диференційовані нормативи плати за користування надрами для видобування корисних копалин можуть переглядатися у разі зміни умов господарювання (оподаткування, кон'юнктура ринку, інфляція) та в наслідок вичерпання запасів надр. Перегляд цих нормативів та коефіцієнтів до базових нормативів плати здійснюється Кабінетом Міністрів України за поданням Мінприроди, Мінекономіки та Мінфіну.

 За наднормативні втрати корисних копалин під час їх видобування, а також за обсяги видобування понад встановлені квоти (ліміти) плата справляється в подвійному розмірі із застосуванням базового, диференційованого нормативу*, а для мінеральних підземних вод із застосуванням середньозваженого диференційованого нормативу.

До наднормативних втрат нафти, конденсату та природного газу відносяться обсяги їх витрачання понад розрахункові (планові) власні технологічні потреби.

 Якщо користувачі надр видобувають позабалансові обсяги запасів корисних копалин, плата за відповідні обсяги запасів визначається як за балансові обсяги запасів і справляється з коефіцієнтом 0,5.

Якщо нафта, конденсат та природний газ видобуваються понад базові обсяги (рівні), плата за відповідні обсяги їх видобування справляється з коефіцієнтом 0,5. Базові обсяги (рівні) видобування встановлюються Держнафтогазпромом.

 На техногенних родовищах плата розраховується за нормативами, встановленими для відповідних видів корисних копалин, з коефіцієнтом 0,5.

Якщо піщано-гравійна сировина видобувається в акваторіях морів, водосховищ, у річках та їх заплавах, до встановлених нормативів плати застосовується коефіцієнт 2 (крім видобування, пов'язаного з очищенням фарватерів річок).

На родовищах вуглекислих мінеральних підземних вод (гідрокарбонатних) при визначенні обсягу води, що видобувається на свердловинах, не обладнаних стаціонарними газовідділювачами, застосовується коефіцієнт 0,85.

 Групи мінеральних підземних вод визначаються ДСТУ 87893 "Води мінеральні питні" та вносяться до протоколів Державної комісії по запасах корисних копалин і ліцензій, наданих на користування надрами.

Плата за обсяги видобутих корисних копалин та обсяги втрат у надрах, що не перевищують нормативні, відноситься до валових витрат виробництва та обігу.

Плата за обсяги наднормативних втрат корисних копалин, а також за обсяги їх видобування понад встановлені квоти (ліміти) справляється з прибутку, що залишається у розпорядженні підприємств.

Розрахунок платежів здійснюється згідно з інструкцією про порядок обчислення і справляння плати за користування надрами для видобування корисних копалин.

Розрахунки плати, базовий податковий (звітний) період якої дорівнює календарному кварталу, подаються користувачами надр протягом 40 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу, органам державної податкової служби за місцезнаходженням родовища корисних копалин, а за видобування корисних копалин у межах континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони за місцем податкової реєстрації платника.

Користувач надр, зареєстрований в органі державної податкової служби іншого району (міста), ніж місцезнаходження родовища корисних копалин, протягом 40 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу, додатково подає (надсилає) копію розрахунку до органу державної податкової служби, у якому він зареєстрований, з відміткою органу державної податкової служби, яка прийняла розрахунок.

Плата вноситься до бюджету користувачами надр протягом 10 календарних днів, наступних за останнім днем граничного терміну подання розрахунку плати, за місцезнаходженням родовища корисних копалин, а за видобування корисних копалин у межах континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони за місцем податкової реєстрації платника.

Користувач надр, зареєстрований в органі державної податкової служби іншого району (міста), ніж місцезнаходження родовища корисних копалин, протягом 10 календарних днів, наступних за останнім днем граничного терміну подання розрахунку плати, додатково подає (надсилає) до органу державної податкової служби, у якому він зареєстрований, копію платіжного документа про її внесення.

 Сума плати за користування надрами для видобування корисних копалин розраховується користувачами надр самостійно.

Контроль за правильністю обчислення і своєчасністю внесення плати за користування надрами здійснюється органами Державної податкової адміністрації.

Органи державного гірничого нагляду у місячний термін надсилають повідомлення обласним, міст Києва і Севастополя державним податковим адміністраціям (за місцем знаходження родовищ корисних копалин) про надання гірничого відводу для розроблення родовищ корисних копалин.

Контроль за правильністю визначення обсягів видобування і погашення запасів корисних копалин здійснюють органи державного гірничого нагляду в установленому порядку.

Інструкція [23] встановлює єдиний порядок обчислення і справляння плати за користування надрами в цілях, не пов'язаних з видобуванням корисних копалин та складання розрахунків плати за користування надрами в цілях, не пов'язаних з видобуванням корисних копалин, і їх подання до органів державної податкової служби.

Плата за користування надрами в цілях, не пов'язаних з видобуванням корисних копалин (далі плата), не звільняє суб'єктів господарської діяльності від справляння плати за користування надрами для видобування корисних копалин, збору за геологорозвідувальні роботи, виконані за рахунок державного бюджету, інших податків і зборів (обов'язкових платежів), якщо інше не передбачено чинним законодавством та міжнародними угодами України.

Платниками є юридичні та фізичні особи суб'єкти господарської діяльності усіх форм власності, їх філії, відділення та інші відокремлені підрозділи, нерезиденти та їх постійні представництва в Україні (далі платники), які користуються у межах території України ділянкою надр в цілях, не пов'язаних з видобуванням корисних копалин, для зберігання природного газу та газоподібних продуктів в пористих чи тріщинуватих геологічних утвореннях (пластах-колекторах), нафти та інших рідких нафтопродуктів, для витримування виноматеріалів, виробництва і зберігання винопродукції, вирощування грибів, овочів, квітів та інших рослин, зберігання харчових продуктів, промислових та інших товарів, речовин і матеріалів, провадження інших видів господарської діяльності в спеціально створених та існуючих гірничих виробках (відпрацьованих і пристосованих), а також природних порожнинах (печерах).

Плата справляється за обсяги наданого для використання підземного простору (ділянки) надр із урахуванням корисних властивостей надр і ступеня екологічної безпеки під час їх використання.

Річні нормативи плати встановлюються окремо для кожного виду користування надрами в гривнях до одиниці виміру залежно від корисних властивостей надр і ступеня екологічної безпеки під час їх використання.

Нормативи плати установлюються як:

 фіксована сума в гривнях за тисячу кубічних метрів активного об'єму використання підземного простору надр пористих чи тріщинуватих геологічних утворень (пластів-колекторів) для зберігання природного газу та газоподібних продуктів;

 фіксована сума в гривнях за кубічний метр використання підземного простору спеціально створених та існуючих гірничих виробок (відпрацьованих і пристосованих), а також природних порожнин (печер) для зберігання нафти та інших рідких нафтопродуктів;

 фіксована сума в гривнях за квадратний метр використання підземного простору спеціально створених та існуючих гірничих виробок (відпрацьованих і пристосованих), а також природних порожнин (печер) для витримування виноматеріалів, виробництва і зберігання винопродукції, вирощування грибів, овочів, квітів та інших рослин, зберігання харчових продуктів, промислових та інших товарів, речовин і матеріалів, провадження іншої господарської діяльності.

Порядком [31] встановлюються єдині правила обчислення і справляння збору за геологорозвідувальні роботи, виконані за рахунок державного бюджету.

Збір за виконані геологорозвідувальні роботи справляється з надро-користувачів незалежно від форми власності, включаючи підприємства з іноземними інвестиціями, які видобувають корисні копалини на раніше розвіданих родовищах, а також на розташованих у межах території України, її континентального шельфу та виключної (морської) економічної зони родовищах з попередньо оціненими запасами, які за згодою заінтересованих надро-користувачів передані їм для промислового освоєння.

Збір за виконані геологорозвідувальні роботи в повному обсязі зараховується до державного бюджету і спрямовується на розвиток мінеральносировинної бази.

Нормативи збору за виконані геологорозвідувальні роботи встановлюються окремо для кожного виду корисних копалин чи групи близьких за призначенням корисних копалин у гривнях до одиниці видобутку чи погашення у надрах запасів корисних копалин.

Збір за виконані геологорозвідувальні роботи справляється з дати видобутку корисної копалини.

Збір за виконані геологорозвідувальні роботи обчислюється надро-користувачами самостійно відповідно до вимог Інструкції про порядок справляння зборів за геологорозвідувальні роботи, виконані за рахунок державного бюджету.

Розрахунки збору, базовий податковий (звітний) період для якого дорівнює календарному кварталу, подаються надро-користувачами протягом 40 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу, органам державної податкової служби за місцезнаходженням родовища корисних копалин.

Надро-користувач, зареєстрований в органах державної податкової служби іншого району (міста), ніж місцезнаходження родовища корисних копалин, що ним експлуатується, протягом 40 календарних днів, наступних за останнім календарним днем звітного (податкового) кварталу, додатково подає (надсилає) до органу державної податкової служби, в якому він зареєстрований, копію розрахунку збору за геологорозвідувальні роботи з відміткою органу державної податкової служби, яка прийняла розрахунок.

Збір сплачується протягом 10 календарних днів, наступних за останнім днем граничного терміну подання розрахунку збору.

Надро-користувачі сплачують авансові квартальні внески збору до 20 числа третього місяця звітного кварталу і до 20 числа місяця, наступного за звітним кварталом, у розмірі однієї третини суми збору, визначеної у попередньому розрахунку.

Суми збору за виконані геологорозвідувальні роботи відносяться на валові витрати.