За причинами виникнення бюджетний дефіцит поділяється на свідомий та вимушений. Свідомий дефіцит виникає в умовах достатніх ресурсів у суспільстві та високого рівня доходів фізичних і юридичних осіб. Він пов’язаний з помірним оподаткуванням, що сприяє зміцненню фінансової бази підприємницьких структур. Вимушений дефіцит зумовлений невеликим обсягом виробленого валово­го внутрішнього продукту і за умов навіть високого рівня оподаткування не може забезпечити фінансовими ресурсами здійснення видатків бюджету держави.

За напрямками фінансування бюджетний дефіцит може мати пасивне або активне спрямування. Пасивне спрямування дефіциту зумовлюється спрямуванням бюджетних ресурсів на фінансування поточних потреб держави, а активний — на фінансування інвестицій, і в першу чергу, капітальних вкладень у високоефективні інвестиційні проекти.

За наявності бюджетного дефіциту держава повинна обирати оптимальні заходи для його ліквідації. У світовій практиці застосовуються два методи подолання бюджетного дефіциту: емісійний і беземісійний.

Емісійний метод покриття бюджетного дефіциту пов’язаний з використанням грошово-кредитної емісії. Такий метод вважається недостатньо ефективним, оскільки може негативно вплинути на економічну ситуацію в країні. Бюджетним кодексом України визнано, що емісійні кошти Національного банку України не можуть використовуватися в якості джерела фінансування дефіциту Державного бюджету України. Держава повинна формувати свою бюджетну політику таким чином, щоб забезпечувати скорочення бюджетного дефіциту шляхом збільшення надходжень до бюджету та зменшення його видатків.

Більш обґрунтованим вважається вирішення проблеми бюджетного дефіциту неемісійним методом за рахунок внутрішніх джерел, шляхом збільшення податків чи інших доходів або скорочення видатків. Водночас зменшення дефіциту шляхом збільшення податків у ряді випадків виявляється або недоцільним, або неможливим, а скорочення видатків також неможливе через досягнення критичної межі. Варіантом податкового наповнення бюджету в Україні можна вважати запровадження державної монополії на виробництво й реалізацію алкогольних напоїв і тютюнових виробів. Це сприятиме насамперед поліпшенню здоров’я нації, а потім — збирання прямих і непрямих податків. За інших обставин покриття дефіциту Державного бюджету значною мірою може практикуватися шляхом залучення фінансових ресурсів у формі внутрішніх та зовнішніх кредитів.

У межах суми, яка надійшла на рахунок, відкритий Головному управлінню Державного казначейства в НБУ, це управління перераховує платіжними дорученнями кошти своїм територіальним органам. Перерахунок грошових коштів зі зазначених рахунків здійснюється тільки в межах кредитового сальдо. Дебітове сальдо за бюджетними рахунками органів Державного казначейства недопустиме. По суті це пасивні рахунки. В сукупності всі бюджетні рахунки, що відкриті органами Державного казначейства, створюють бюджетний рахунок єдиного казначейського рахунку.

Видача банками грошових коштів з бюджетних рахунків органів казначейства здійснюється за грошово-розрахунковими документами (платіжні доручення, розрахункові чеки тощо), які повинні бути оформлені згідно з правилами проведення безготівкових розрахунків, затверджених Національним банком України. Установи казначейства оформляють свої грошово-розрахункові документи на підставі розрахункових документів, які їм надають розпорядники бюджетних коштів. Останні до розрахункових документів додають документи (рахунки, рахунки-фактури, накладні, акти тощо), що підтверджують виконання робіт або надання послуг згідно затверджених бюджетних кошторисів за витратами. Такий порядок дозволяє установам казначейства здійснювати попередній контроль за цільовим і раціональним використанням бюджетних асигнувань. Дозвіл на сплату оформляється у вигляді відбитку штампа казначейства на першому примірнику грошово-розрахункового документа розпорядника бюджетних асигнувань.

Видача з рахунків установ казначейства готівкових коштів на виплату заробітної платні, стипендій, витрат на відрядження здійснюється банками за грошовими чеками установ казначейства, які оформляються на довірену особу розпорядника бюджетних коштів. При цьому, якщо має місце неповне використання грошової готівки, остання підлягає поверненню на рахунок казначейства безпосередньо цією довіреною особою. При заповненні об'яв на внесення готівкових коштів довірена особа зобов'язана вказати номер реєстраційного рахунку, який відкритий бюджетній організації в територіальній установі казначейства.