Весной 1918 г. классовая борьба в стране резко обострилась. Необходимо было реорганизовать Революционные трибуналы, чтобы в новых условиях обеспечить судебное подавление активировавшейся контрреволюции. К тому же во многих губерниях и областях РСФСР к этому времени были созданы местные народные суды, и поэтому сокращение сети Революционных трибуналов было бы безболезненным для осуществления правосудия в республике. Одной из причин реорганизации Революционных трибуналов было осуществление задачи удешевления Советского государственного аппарата, кроме этого - нехватка кадров, так как небольшое количество трибуналов было легче обеспечить нужными работниками.

Проект декрета о Революционных трибуналах был разработан НКЮ и одобрен его коллегией. 30.03.18 г. НКЮ внес законопроект на утверждение СНК.

С этого времени активное участие в работе над проектом принял Ленин. В этом проекте наряду с нужными и важными положениями, которые затем вошли в текст Декрета «О Революционных трибуналах» от 04.05.18 г., были и положения, которые в тех условиях были неприемлемы, в частности предложение создать должность Советского трибуна на местах и в центре с довольно широкими правами в отношении Революционных трибуналов и следственных комиссий.

Ознакомившись с проектом, Ленин 30.03.18 г. направил членам НКЮ записку, копию председателю ЦИК: «Декрет о советских трибуналах, по моему мнению, совершенно направлен и подлежит коренной переделке». Ленин требовал «... создания действительно революционного, скорого и беспощадно строгого к контрреволюционерам, хулиганам, лодырям и дезорганизаторам суда».

СНК принял предложение Ленина о коренной переработки проекта декрета о Революционных трибуналах. НКЮ оперативно отреагировал на решение СНК от 30.03.18 г. и уже 31.03.18 г. коллегия НКЮ обсуждала этот вопрос.

02.04.18 г. СНК направил в НКЮ подготовленное Лениным постановление СНК от 30.03.18 г., поручив НКЮ переработать проект декрета в направлении «... сосредоточения центра тяжести не на мелких изменениях созданных с октября 1917 г. учреждений, а на практических результатах по созданию судов, действительно скорых и действительно революционно-беспощадных к контрреволюционерам, взяточникам, дезорганизаторам, нарушителям дисциплины.»

На первом Всероссийском съезде областных и губернских комиссаров юстиции 24.04.18 г. также рассматривался вопрос о Революционных трибуналах.

С учетом замечаний Ленина НКЮ переработал проект декрета о Революционных трибуналах, внес его в СНК. Коллегия НКЮ одобрила переработанный проект декрета 17.04.18 г.

4.05.18 г. проект декрета обсуждался в СНК. В ходе обсуждения в проект были внесены некоторые дополнения.

4.05.18 г. СНК принимает декрет «О Революционных трибуналах». Этот декрет сыграл важную роль в ликвидации теневых сторон практики Революционных трибуналов, созданием сравнительно небольшой, но четко действующей системы Революционных трибуналов.

В соответствии с этим декретом из ведения Революционных трибуналов изымались все обще уголовные дела и передавались в местные суды. Вместе с тем на Революционные трибуналы было возложено решение дел по борьбе с погромами, взяточничеством, подлогами, неправомерным использованием советских документов, хулиганством и шпионажем.

Резко сокращалась сеть Революционных трибуналов. Революционные трибуналы сохранялись лишь в крупных центрах: в столицах и промышленных центрах. Должны были быть упразднены все иные местные (уездные и волостные) и армейские Революционные трибуналы с передачей их дел в ближайшие Революционные трибуналы. Законодатель был сторонником единого революционного трибунала, исходя из принципа равного суда для всех.

Упорядочено обвинение в революционном трибунале. При каждом революционном трибунале учреждалась коллегия обвинителей в составе не менее 3 лиц, избираемых местными Советами рабочих и крестьянских депутатов непосредственно или по представлению революционного трибунала или НКЮ. Их деятельность была связана как со следственной комиссией революционного трибунала, так и с самим революционным трибуналом. Так, один из членов коллегии обвинителей участвовал в заседании следственной комиссии революционного трибунала при рассмотрении вопроса о придании суду революционного трибунала всех лиц, относительно которых возбуждалось обвинение. На коллегию обвинителей возлагалась обязанность дачи заключения следственной комиссии по вопросу о подсудности дел и полноте произведенного следствия, т.е. определенные контрольные функции в отношении следственной комиссии. Она давала предложение следственной комиссии возбудить обвинение против того или другого лица или группы лиц. На коллегию обвинителей возлагалась формулировка обвинительных тезисов по каждому делу в следственной комиссии при назначении дела к слушанию в Революционных трибуналах. И, наконец, на коллегию возлагалось публичное обвинение по всем делам в судебных заседаниях Революционных трибуналов. Создание коллегии обвинителей повышало качество работы следственной комиссии и улучшало дело государственного обвинения на судебных процессах в Революционных трибуналах. Обвинение по наиболее опасным преступлениям становилось теперь функцией государственного органа.

Декрет уделил внимание и следственным комиссиям Революционных трибуналов. Они разрешали все вопросы следствия в закрытых заседаниях. Следственные комиссии Революционных трибуналов по каждому делу сообщали свое заключение о предании суду революционного трибунала или о прекращении дела коллегии обвинителей. При отсутствии протеста со стороны коллегии в течение 3-х дней дело получало дальнейшее направление. Оконченное следственное производство по каждому делу предъявлялось обвиняемому или его защитнику, которым предоставлялось право делать свои замечания по поводу произведенного следствия. Вопрос о дальнейшем направлении дела разрешался следственной комиссией революционного трибунала.

Принятие этого декрета не в конце марта, а в начале мая 1918 г. дало возможность на местах использовать это время для создания местных народных судов там, где их не было, и укрепить те, что были созданы ранее.

Основной процесс реорганизации начался после 04.05.18 г. За май и июнь 1918 г. большинство волостных и уездных Революционных трибуналов было упразднено. Упразднялись также армейские и «все иные местные» Революционные трибуналы не предусмотренные декретом от 04.05.18 г.

Точных данных о количестве Революционных трибуналов в РСФСР после их реорганизации в соответствии с Декретом «О Революционных трибуналах» от 04.05.18 г. нет. Строительством судебных органов, в том числе и Революционных трибуналов, занимался НКЮ РСФСР.

Народный комиссар юстиции Н.И.Стучка, выступал в начале июля 1918 г. на II Всероссийском съезде областных и губернских комиссаров юстиции, говорил о том, что НКЮ не располагает данными о ходе судебного строительства в республике, что в распоряжениях НКЮ есть лишь данные по Москве и Петрограду.

В отчете НКЮ РСФСР VII Всероссийскому съезду Советов сказано: «В момент образования Кассационного Отдела в республике функционировало 48 Революционных трибуналов».