Назначение на должность и освобождение от должности руководителей территориальных органов осуществляются соответствующим федеральным органом исполнительной власти по согласованию с администрациями субъектов Российской Федерации. Руководитель территориального органа не может занимать какие-либо должности в других государственных или общественных органах, заниматься предпринимательской деятельностью, однако данные ограничения не распространяются на выполнение научной, педагогической или творческой работы.

Финансирование деятельности территориальных органов осуществляется, как правило, за счет средств федерального бюджета, а также соответствующих бюджетов субъектов Федерации и других источников финансирования, установленных законодательством Российской Федерации.

Органы исполнительной власти субъектов Федерации оказывают необходимую помощь территориальным органам федеральных органов исполнительной власти в выделении им помещений и создании необходимых условий для их работы и социального развития.

В случае передачи органами федеральной исполнительной власти части своих полномочий на региональный уровень или передачи органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации части своих полномочий на федеральный уровень условия финансирования и материально-технического обеспечения деятельности соответствующих территориальных органов определяются на основе взаимных соглашений.

Территориальные органы являются юридическими лицами, имеют свой расчетный и другие счета в отделениях банков, обособленное имущество, гербовую печать.

Основными принципами в деятельности территориальных органов являются:

· соблюдение законности;

· разделение законодательной, исполнительной и судебной властей;

· разграничение предметов ведения между федеральными органами исполнительной власти и органами исполнительной власти субъектов Федерации;

· персональная ответственность.

Основные задачи и функции территориальных органов определяются исходя из задач и функций соответствующих федеральных органов исполнительной власти с учетом конкретных особенностей регионов, в которых они осуществляют свою деятельность.

Территориальные органы имеют право:

· представлять соответствующие министерства и ведомства Российской Федерации в их отношениях с органами исполнительной власти краев, областей, автономной области, автономных округов, городов Москвы и Санкт-Петербурга;

· запрашивать и получать:

от соответствующих федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Федерации необходимую для осуществления своей деятельности информацию;

от предприятий, организаций и учреждений независимо от форм собственности сведения, необходимые для выполнения возложенных на них задач;

от органов статистики - информационно-аналитические материалы, экономико-статистические данные в установленном порядке;

· участвовать в работе соответствующих федеральных органов исполнительной власти;

· принимать участие в разработке программ, концепций, схем и других документов, связанных с вопросами реализации экономической реформы;

· вносить предложения соответствующим федеральным органам исполнительной власти и органам исполнительной власти субъектов Федерации.

Численность аппарата, структура, штаты и фонд оплаты труда территориальных органов определяются с учетом особенностей региона по согласованию соответствующих министерств и ведомств Российской Федерации с органами исполнительной власти субъектов Федерации.

Федеральные органы исполнительной власти могут иметь несколько разновидностей территориальных органов в зависимости от целей их создания. Так, обычно министерствами создаются региональные и межрегиональные территориальные органы, обеспечивающие различный уровень территориального управления, реже - специализированные органы, наделенные конкретными полномочиями, составляющими лишь часть компетенции всего органа. К таким органам, например, относятся территориальные органы финансово-бюджетного надзора Министерства финансов Российской Федерации.