Конституция РФ, закрепляя единую систему органов исполнительной власти в Российской Федерации, не дает их полного перечня, неясны конституционные термины "система" и "структура" федеральных органов исполнительной власти, отсутствует четкая научная классификация субъектов, нет законов о федеральных органах исполнительной власти. Ликвидация этих пробелов позволила бы на уровне субъекта Федерации разработать и внедрить различные модели их управленческих органов. При этом законы и положения о всех звеньях управления обязательно должны включать все элементы их правового статуса: цели, функции, связи, полномочия, ответственность, организацию работы.

В Российской Федерации создано множество органов исполнительной власти, различающихся по уровню их нахождения в структуре исполнительной власти, роли и масштабу деятельности, сферам управления, порядку принятия решений, способу образования, характеру компетенции, в связи с чем представляется важным вопрос классификации этих органов.

В зависимости от критерия, который лежит в основе классификации, можно выделить следующие виды органов исполнительной власти.

1. По уровню нахождения органа в системе исполнительной власти в Российской Федерации (в зависимости от федеративного государственного устройства страны):

а) федеральные органы исполнительной власти (Правительство РФ, федеральные министерства, федеральные службы и федеральные агентства);

б) органы исполнительной власти субъектов РФ: республик, краев, областей, городов республиканского значения (Москва и Санкт-Петербург), автономной области и автономных округов.

в) исполнительно-распорядительные органы муниципальных образований.

2. По субъекту, в ведении которого находится право формировать (учреждать) органы: Президент, Правительство РФ, федеральные министерства, высшие исполнительные органы субъектов РФ, глава муниципального образования.

3. По способу и процедуре формирования (учреждения) органов:

а) выборные (народом)

б) невыборные.

в) выборные (другими органами) органы.

4. По организационно-правовым формам:

а) правительства;

б) министерства (федеральные, республиканские, некоторых областей - субъектов РФ);

в) федеральные службы;

г) агентства (федеральные агентства);

д) администрации;

е) мэрии;

ж) департаменты, управления, главные управления, комитеты, отделы; они образуются в качестве структурных подразделений как на уровне федеральных органов исполнительной власти, так и в субъектах РФ.

5. По характеру компетенции (или содержанию деятельности):

а) органы исполнительной власти общей компетенции. Осуществляют управление на подведомственной территории всеми или большинством отраслей и сфер деятельности (управления) по всем основным вопросам их деятельности. Этим органам принадлежит так называемая общая компетенция, т.е. они могут решать общие вопросы социального, экономического, культурного, административно-политического строительства на соответствующей территории. К такого рода органам относятся Правительство РФ, а также правительства (администрации) субъектов Российской Федерации и в некоторых случаях губернаторы (президенты) субъектов Российской Федерации, названные в региональном конституционном законодательстве главами исполнительной власти соответствующего субъекта Федерации;

б) органы отраслевой компетенции. Осуществляют управление подчиненными им отраслями в различных сферах государственной деятельности.

в) органы межотраслевой компетенции призваны осуществлять координацию деятельности отраслевых органов исполнительной власти по отдельным вопросам.

Ранее эту роль в системе федеральных органов исполнительной власти играли государственные комитеты и федеральные комиссии, осуществляющие межотраслевую координацию, например, по вопросам рыболовства, физкультуры и спорта, рынка ценных бумаг и т.д. В субъектах Российской Федерации подобные структуры продолжают свое существование. Сейчас функции координации деятельности на федеральном уровне возложены в основном на федеральные министерства;

г) значительная часть федеральных органов исполнительной власти являются в настоящее время органами специальной компетенции, т.е. органами, осуществляющими различного рода разрешительные, контрольные, надзорные, регулятивные функции в различных сферах управленческой деятельности. Такие специализированные органы существовали и ранее (например, федеральные надзоры, российские агентства и т.д.). В современной системе органов исполнительной власти органами специальной компетенции являются федеральные службы и федеральные агентства.

6. По порядку принятия управленческих решений (правовых актов управления):

а) коллегиальные органы;

б) единоначальные органы.