После смерти бездетного Федора I (Ивановича) (правил номинально с 1584 по 1598 г.) и трагической гибели царевича Дмитрия Ивановича (1591) в 1598–1605 гг. Московским государством правил царь Борис Федорович Годунов, первый выборный глава государства. Он был членом Опричного двора при Иване Грозном, был женат на дочери Малюты Скуратова, а его сестра была женой Федора Ивановича. Будучи сначала регентом при слабоумном Федоре I, а затем и самостоятельным правителем, Борис Годунов пытался проводить разумную, осторожную внутреннюю и внешнюю политику. В годы пребывания Бориса Годунова у власти были основаны Воронеж, Курск, Белгород, Тобольск, Тюмень и другие известные города.

Но в правление Бориса Годунова начался социально-политический кризис в развитии Московского царства, который получил название Смуты или Смутного времени. В 1603 году было подавлено первое восстание 17 века – восстание Хлопка Косолапа.

Причинами Смуты историки считают:

1. Тяжелый, затяжной хозяйственный кризис, который был вызван опричниной, но приобрел катастрофический характер в результате нескольких неурожайных лет в 1600–1603 гг. От голода умерли сотни тысяч людей. Попытки государства оказать помощь голодающим, регулировать цены успеха не имели. Массовый характер приобрело бегство крестьян на окраины страны, что резко отразилось на доходах землевладельцев.

2. Знатные княжеские семьи считали Бориса Годунова выскочкой, узурпатором власти, который воспользовался тем, что Федор Иванович был женат на его сестре Ирине. В народе распространялось мнение, что царевич Дмитрий был убит по заданию Бориса, что этот царь «не от Бога», «не настоящий», за что Бог наказал русский народ непогодой и голодом. Борис Годунов преследовал недоброжелателей, чем все больше изолировал себя от политической элиты.

3. Напряженность в русском государстве была выгодна соседям, Швеции и Польше в первую очередь. Швеция стремилась закрепиться на северо-западе, а Польша была не прочь поглотить все Московское государство.

4. Пресечение династии Рюриковичей-Даниловичей открывало большие возможности для борьбы за власть. Династическим кризисом первым воспользовался Борис Годунов, но было немало и других претендентов на трон.

5. В стране происходил процесс закрепощения крестьянства, ухудшалось положение простых людей, которые рассчитывали на «доброго царя», на «чудо».

Сильная царская власть на Руси способствовала распространению самозванческой утопии, вере в хорошего, «природного», законного царя. Крестьяне и казаки поддержали Григория Отрепьева, который выдавал себя за спасшегося царевича Дмитрия, сына Ивана Грозного. После внезапной смерти царя Бориса Годунова (апрель 1605 г.) царские войска перешли на сторону самозванца. В июне 1605 г. в Москве произошло восстание. Восставшие убили сына-наследника Федора Годунова, провозглашенного царем под именем Федора II. Боярская дума выразила покорность самозванцу и открыла перед ним ворота Кремля.

Самозванец вошел в историю страны под именем Лжедмитрия I. Он растратил государственную казну, женился на Марине Мнишек, дочери своего польского покровителя. Лжедмитрий I нарушал православные обычаи, был обвинен в тайном сговоре с папой римским и в мае 1606 г. убит.

Боярин Василий Иванович Шуйский был избран новым царем Василием IV (1606–1610). Он письменно обещал советоваться с Боярской думой, не казнить людей без суда и т. д., что означало определенное ограничение царской власти. Василий Шуйский продолжил политику закрепощения владельческих (вотчинных и помещичьих) крестьян. Соборное уложение о крестьянах, принятое в качестве закона в 1607 г., увеличило срок сыска беглых с 5 до 15 лет. Возврату владельцам подлежали все крестьяне, записанные в 1592 г. в писцовые книги. Одновременно запрещалось кабалить людей, добровольно поступивших на службу к боярам и дворянам. Шуйскому удалось подавить крупное восстание под предводительством Ивана Болотникова (1606–1607).

Но в 1609 г. появился новый самозванец — Лжедмитрий II. Он встал лагерем в Тушине, под Москвой, Марина Мнишек «признала» своего «спасшегося мужа». Центральная власть в государстве распалась. Образовалось двоевластие: Шуйский — в Кремле, Лжедмитрий II, или «тушинский вор», — на Тушинском лугу. Оба управляли частью государства, раздавали земли, собирали налоги, вели международную переписку. Самозванщина к этому времени достигла апогея.

Смута объединила в одном потоке дворян, казаков, холопов, наемников и просто асоциальные, маргинальные силы. Лжедмитрий II был убит в 1610 г. при невыясненных обстоятельствах. Личность самозванца даже не удалось точно установить. Всего известно более 20 самозванцев.

Шуйский быстро терял поддержку. Поляки осадили Смоленск. Шведы вместо обещанной помощи заняли значительные территории на северо-западе, включая Новгород. Началась иностранная интервенция и оккупация значительной части русских земель. Возникла реальная угроза российской государственности.

В июле 1610 г. московские бояре сместили В. Шуйского с престола, сформировали временное правительство, которое получило название семибоярщина. Шуйский был отправлен в Польшу, где через два года умер. Бояре пригласили на русский престол польского королевича Владислава, сына польского короля Сигизмунда III. Его прибытие определялось рядом условий, важнейшим из которых был переход из католической веры в православную. Москву заняли польские отряды, прибывшие якобы для встречи Владислава. Ему даже присягнули, но сам он приезжать не спешил. Сигизмунд III хотел воспользоваться ситуацией и установить контроль над всей Московией. Менять веру Владислав не собирался. Русское посольство было взято под стражу. Польские и шведские войска фактически оккупировали часть страны. Восстание против поляков в Москве в марте 1611 г. было подавлено из-за отсутствия единства и общего руководства.

Православная церковь в 1589 г. стала автокефальной, то есть была признана самостоятельной Константинопольским патриархом. Патриарх Игнатий помогал Лжедмитрию I и полякам. Но патриарх Гермоген призвал русских людей к борьбе с поляками. По его призыву сформировалось сначала первое (во главе с Ляпуновым, Трубецким и Заруцким), а потом и второе (во главе с К. Мининым и Д. Пожарским) ополчение. Смута стала приобретать характер национальной борьбы против иноземного вмешательства.

Князь Пожарский был военным руководителем. Земский староста Нижнего Новгорода К. Минин стал гражданским руководителем, обеспечивая формирование и снабжение войска (свыше 100 тыс. чел.). В процессе движения на Москву войско второго ополчения росло. Претензии Лжедмитрия III были отвергнуты. В августе 1612 г. русские патриоты осадили Кремль и разбили поляков, пытавшихся помочь осажденным. 27 октября 1612 г. земские воеводы приняли капитуляцию польского гарнизона. 27 ноября 1612 г. волостной староста деревни Домнино (родовое имение Романовых) Иван Осипович Сусанин ценой жизни спас своего господина — Михаила Федоровича Романова, кандидата в цари. Он завел польский отряд, имевший задачу уничтожить претендента на престол, в гущу леса.

Cмута стала тяжелым испытанием для страны. Гермоген, Сусанин и многие русские патриоты погибли. Население страны сократилось на треть. Экономическое положение было тяжелым. По Столбовскому договору со шведами (1617) был потерян выход в Балтийское море. По Деулинскому  перемирию с Польшей (1618) были утрачены Смоленские и другие земли.

Только благодаря самоорганизации, достигнутому единству всех патриотических сил во главе с настоящими гражданами и патриотами К. Мининым и Д. Пожарским удалось сохранить суверенитет, независимость Московского государства.

В 1634 г. после русско-польской войны удалось вернуть в состав России Смоленск. Владислав, который к этому времени стал польским королем, отказался от своих формальных прав на русский престол. Смутное время ушло в историю.