Преображенский приказ был учрежден Петром I еще в 1686, как канцелярское учреждение для управления Преображенским и Семёновским потешными полками. Постепенно, по мере усиления власти Петра I, приказ получал все новые функции — в 1702 году царь издал указ, согласно которому все доносившие о государственных преступлениях (измене, покушении на монарха) отправлялись именно в преображенский приказ. Таким образом, основная функция, которую выполняло данное учреждение — преследование участников антикрепостнических выступлений (около 70% всех дел) и противников политических преобразований Петра I.

Тайная Канцелярия была учреждена в феврале 1718 года в Петербурге. Она создавалось для следствия по делу царевича Алексея Петровича, затем её были переданы другие политические дела чрезвычайной важности; впоследствии оба учреждения слились в одно

Оставалась старая система приказов. Боярская дума существенно уже не правила. В юности главную роль играли родственники Петра 1. А Его воспитатель руководил Поволжьем.

В 1694 г Петр 1 отстранил их от власти и сам начал руководить. В 10 марта 1697г отправился в Великое посольство и оставил во главе государства Федора Романовского - стольник, был главой, он пытал людей. Это был человек скудный в рассудках. Все время пил в том числе и на рабочем месте. При всех своих недостатках, был предан царю 6 января 1698 г отделившись от Великого посольства, царь отправился в Англию, в Лондон, где также работал на верфи. Всюду он изучал технику, обычаи и нравы коренных народов, посещал музеи,театры, проявлял себя как человек любопытный, необычный и порой казался англичанам весьма странным,гениальным варваром. Вернувшись через Австрию домой в августе 1698 г, он почти сразу же начал свои преобразования. Из них более всего запомнилось людям насильственное бритье бород и обрезание длиннополх немодных кафтанов. Великое посольство помогло Петру I ознакомиться с европейской системой административных органов, на основе которой он решил проводить собственные преобразования.

В 1699 году при царе была организована Ближняя канцелярия, и в её помещении позже собирались Консилии (Совет) министров, в которые входило до 15 доверенных лиц, управлявших отдельными приказами. В Консилии с 1708 г. был установлен определённый режим работы: каждый министр имел особые полномочия, появляются отчётность и протоколы заседаний.

В 1711- возникновение Сената. Первоначально он должен был заменить царя. Позднее Петр отлучался из Москвы и Сенат сохранил свое существование. В нем было 9 человек. Это были люди доверенные: боярин Т. Н. Стрешнев, князь П. А. Голицын, граф И. А. Мусин-Пушкин, князь М. В. Долгоруков, князь Г. И. Волконский, генерал-кригсцальмейстер М. М. Самарин, князь Г. А. Племянников, генерал-квартирмейстер В. А. Апухтин и Н. П. Мельницкий. Роль обер-секретаря исполнял А. Щукин.

Сенат стал высшим органом управления. Учреждение Сената прежде всего связано со стремлением Петра I управлять государством единолично (форма абсолютистской монархии) при содействии лично преданных людей на ключевых постах. Подготовка к созданию Сената началась еще с 1701 года, когда функции Боярской думы, как правительственного органа высшей инстанции, стала выполнять «Консилия министров» — собрание из глав наиболее значимых правительственных ведомств (многие из которых не были боярами). Именно на основе этой «Консилии» Петр I отобрал людей для заседаний в Сенате, который был учрежден 5 марта 1711. Решения в Сенате принимались коллегиально, на общем собрании и подкреплялись подписями всех членов высшего государственного органа. Таким образом Пётр I делегировал часть своих полномочий Сенату, но в то же время возложил на его членов персональную ответственность.

Одновременно с Сенатом появилась должность фискалов. Обязанность обер-фискала при Сенате и фискалов в провинциях состояла в негласном надзоре за деятельностью учреждений: выявляли случаи нарушения указов и злоупотреблений и доносили Сенату и царю. С 1715 года за работой Сената следил генерал-ревизор, с 1718 переименованный в обер-секретаря. С 1722 года контроль над Сенатом осуществляют генерал-прокурор и обер-прокурор, которым подчинялись прокуроры всех других учреждений. Никакое решение Сената не имело силы без согласия и подписи генерал-прокурора. Генерал-прокурор и его заместитель обер-прокурор подчинялись напрямую государю.

Ближайшие сотрудники Петра он назначил их принципалами: Меньшиков; Шереметьев.Они имели право писать указы от имени царя. Петр распорядился, чтобы Сенат проверял принципалов. Основал двоевластие, при этом Петр 1 не ограничивал ничего.