Если рассматривать структуру методологии науки "но вертикали", то можно выделить следующие ее уровни: 1) уровень философской методологии; 2) уровень общенаучных принципов и форм исследования; 3) уровень конкретно-научной методологии; 4) уровень методики и "техники" исследования.

Философская методология имеет форму философского знания, добываемого с помощью методов самой философии, примененных к анализу процесса научного познания. Разработка этого уровня методологии осуществляется, как правило, профессиональными философами и связана с анализом наиболее общих принципов познания и категориального строя науки в целом. Философия выполняет двоякую методологическую роль: осуществляет конструктивную критику научного знания с точки зрения условий и границ его применения, адекватности его методологического фундамента и общих тенденций его развития; дает мировоззренческую интерпретацию результатов науки (в том числе и методологических результатов) с точки зрения той или иной картина мира.

Уровень общенаучных принципов и форм исследования получил широкое развитие в XX в., и этот факт предопределил выделение методологических исследований в самостоятельную область современного научного знания. К нему относятся:

• содержательные общенаучные концепции типа теоретической кибернетики как науки об управлении, концепции ноосферы В. И. Вернадского;

• универсальные концептуальные системы: тектология А. А. Богданова, общая теория систем Л. фон Берталанфи и т.п.;

• собственно методологические или логико-методологические концепции: структурализм в языкознании и этнографии, структурно-функциональный анализ в социологии, системный анализ, логический анализ и др. Они выполняют функцию логической организации и формализации специально-научного содержания. К концепциям третьего типа относится и ряд разделов математики.

Общенаучный характер концепций этого уровня методологического анализа отражает их междисциплинарную природу, т.е. они относительно безразличны к конкретным типам предметного содержания, будучи направленными на выделение общих черт процесса научного познания в его развитых формах. Именно в этом состоит их методологическая функция по отношению к конкретно-научному знанию.

Следующий уровень – уровень конкретно-научной методологии – применим к ограниченному классу объектов и познавательных ситуаций, специфических для данной области знания. Обычно вытекающие из него рекомендации носят выраженный дисциплинарный характер. Разработку этого уровня методологического анализа осуществляют как методологи науки, так и теоретики соответствующих областей знания (второе встречается чаще). Можно сказать, что на этом уровне (иногда называемом частной или специальной методологией) определенный способ познания развивается или адаптируется для более узкой сферы знания. Но эта "адаптация" происходит отнюдь не механически и осуществляется не только за счет движения "сверху вниз", движение также должно идти от самого предмета данной науки.

Как правило, философско-методологические принципы не прямо соотносятся с принципами, формулируемыми на уровне специально-научной методологии, они прежде преломляются, конкретизируются на уровне общенаучных принципов и концепций.

Уровень методик и "техник" исследования наиболее близко примыкает к исследовательской практике. Он связан, например, с описанием способов, конкретных приемов получения релевантной информации, требований к процессу сбора эмпирических данных, в том числе проведения эксперимента и методов обработки экспериментальных данных, учета погрешностей. Регламентации и рекомендации этого уровня наиболее тесно связаны со спецификой изучаемого объекта и конкретными задачами исследования, т.е. методологическое знание здесь является наиболее специализированным. Оно призвано обеспечить единообразие и достоверность исходных данных, подлежащих теоретическому осмыслению и интерпретации на уровне частно-научных теорий.

Одна из важных функций дифференциации уровней методологического знания заключается в преодолении ошибок двоякого рода:

1) переоценка меры общности знаний более низких уровней; попытка придать им философское и мировоззренческое звучание (часто встречается философская интерпретация методологии структурализма, системного подхода и других общенаучных концепций);

2) непосредственный перенос положений и закономерностей, сформулированных на более высоком уровне обобщений без преломления, конкретизации их на материале частных областей знания; например, иногда делается вывод о конкретных путях развития того или иного объекта на основе применения к нему закона "отрицания отрицания" и т.п. Конкретным примером выступает рассмотренная в п. 9.3.2 проблема прямого прочтения термина "диалектическое мышление".

Кроме дифференциации методологического знания по уровням, все более выраженным становится процесс консолидации его по содержательным основаниям вокруг доминирующих методологических принципов и даже мировоззренческих установок. Этот процесс приводит к формированию более или менее выраженных методологических подходов и даже методологических теорий. За ними стоят особые методологические ориентации. Многие из них строятся по дихотомическому принципу и противостоят друг другу (диалектический и метафизический, аналитический и синтетический, атомистический и холистический, качественный и количественный, энергетический и информационный, алгоритмический и эвристический).

Понятие подхода применимо к разным уровням методологического анализа, но чаще всего такие подходы охватывают два верхних уровня – философскую и общенаучную методологии. Поэтому для выполнения ими конструктивной функции в специальных науках необходима "переплавка" этих подходов с тем, чтобы они перестали быть внешними по отношению к той или иной дисциплине, а были имманентно связаны с ее предметом и сложившейся в ней системой понятий. Простой факт прогрессивности и очевидной полезности того или иного подхода не гарантирует успешности его применений. Если частная наука не подготовлена "снизу" для применения, например, системного подхода, то не происходит, образно говоря, "зацепления" между материалом частной науки и концептуальным аппаратом этого подхода, а простое наложение его "сверху" не обеспечивает содержательного продвижения.

Тот или иной подход не всегда осуществляется в явной и рефлектируемой форме. Большинство сформулированных в современной методологии подходов были результатом ретроспективного выделения и осознания постфактум того принципа, который был реализован в наиболее успешных конкретно-научных исследованиях. Наряду с этим наблюдаются случаи прямого переноса методологических подходов и научных категорий из одной науки в другую. Например, понятие поля в гештальтпсихологии, в том числе и теория психологического поля К. Левина (1890–1947), несут на себе явные следы влияния физической теории поля.