Система управления инновациями предполагает наличие ряда организационных структур: Спецподразделений в виде Советов, комитетов для определения направлений инновационного процесса и внесения предложений Центральные службы развития новых продуктов, которые координируют инновационную деятельность. Отделения новых продуктов–самостоятельное подразделение, осуществляет координацию ИД в рамках фирмы в целом, согласование целей технического развития, разработка планов и программ ИД, наблюдение за ходом разработки новой продукции и ее внедрение, а также рассмотрение проектов создания новых продуктов. Проектно-целевые группы  по проведению научных исследований, разработке и производству новой продукции, т.е. осуществление инновационного процесса от идеи до серийного производства. Они создаются на среднем уровне управления, и подчиняются непосредственно высшему руководству фирмы. Может быть образована как на постоянной, так и на временной основе на разные сроки от 2,3 до 10 лет. Существует и предпринимательский подход по созданию проектно-целевых групп, при которых изобретатель, создатель нового продукта, становится руководителем целевой группы и непосредственно отвечает за разработку и внедрение нового продукта, в этом случае реализует принцип гибкого, сквозного управления нововведениями. Проектно-целевые группы  не обязаны согласовать свои действия с другими подразделениями фирмы, обычно первоначально создаются небольшие группы (10-15), а затем преобразовываются в самостоятельные научно-производственные подразделения по развитию новых сфер бизнеса до 400 человек. Центры развития предполагают создание хозяйственных самостоятельных подразделений, не связанных с основной деятельностью фирмы. Стимулирование руководителей и персонала центра осуществляется следующим образом: заработная плата сотрудников и вознаграждения управляющих непосредственно зависит от коммерческих результатов деятельности центра, в то же время коммерческие риски и неудачи, связанные с производством и сбытом новой продукции, не влекут за собой административных санкций или штрафов. Отделы НИОКР- осуществляют не только поиск и разработку новых идей, но и быстрое доведение до стадии освоения, производства и сбыта, поэтому они стали более заинтересованы в создании научно-технических заделок для следующего поколения продукции. За последние годы значительно увеличился объем финансирования отдела НИОКР. Венчурные фирмы, которые предполагают наличие идей инноваций, общественной потребности, рискового капитала, воплотителя идеи. Венчурные фирмы, как правило, не прибыльны, т.к. не занимаются организацией производства продукции, а передают свои разработки другим фирмам. Венчурный капитал представляет собой вложение средств не только крупных компаний, но и банков, государства, страховых, пенсионных и других фондов, сферы с повышенной степенью риска в новом расширении или претерпевающий резкие изменения бизнес. Специализированные централизованные формы стимулирования нововведений – эти фонды создаются за счет части прибыли компаний и используются на ускорении внедрения новой продукции в серийное производство. Из этих средств создаются в последующем фонды внедрения или венчурные фонды, которые могут использоваться как инвестиции в независимые венчурные фирмы.

Технопарк- место соединения идей и инвесторов предоставлять новые продукты, новую технику и др. Технополис- город, ориентированный на развитие идей (Зеленоград, Новосибирский городок). Бизнес-инкубатор, предоставление соответствующей мощности на развитие идей.